Μη βασισμένη στην αναφορά mRNA Sequencing-Illumina
Χαρακτηριστικά
● Ανεξάρτητο από οποιοδήποτε γονιδίωμα αναφοράς,
● Τα δεδομένα θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν για την ανάλυση της δομής και της έκφρασης των μεταγραφών
● Προσδιορίστε τοποθεσίες αποκοπής μεταβλητών
Πλεονεκτήματα εξυπηρέτησης
● Παράδοση αποτελεσμάτων με βάση το BMKCloud: Τα αποτελέσματα παραδίδονται ως αρχείο δεδομένων και διαδραστική αναφορά μέσω της πλατφόρμας BMKCloud, η οποία επιτρέπει τη φιλική προς τον χρήστη ανάγνωση εξόδων σύνθετης ανάλυσης και προσαρμοσμένη εξόρυξη δεδομένων βάσει τυπικής ανάλυσης βιοπληροφορικής.
● Υπηρεσίες μετά την πώληση: Οι υπηρεσίες μετά την πώληση ισχύουν για 3 μήνες μετά την ολοκλήρωση του έργου, συμπεριλαμβανομένης της παρακολούθησης έργων, της αντιμετώπισης προβλημάτων, των αποτελεσμάτων Q&A κ.λπ.
Απαιτήσεις δειγμάτων και παράδοση
Απαιτήσεις δειγμάτων:
Νουκλεοτίδια:
| Συμπ.(ng/μl) | Ποσότητα (μg) | Καθαρότητα | Ακεραιότητα |
| ≥ 20 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Περιορισμένη ή καθόλου μόλυνση πρωτεϊνών ή DNA που εμφανίζεται στο gel. | Για φυτά: RIN≥6,5; Για ζώα: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; περιορισμένη ή καθόλου βασική ανύψωση |
Ιστός: Βάρος (ξηρός): ≥1 g
*Για ιστό μικρότερο από 5 mg, συνιστούμε να στείλετε δείγμα ιστού κατεψυγμένου (σε υγρό άζωτο).
Εναιώρημα κυττάρων: Αριθμός κυττάρων = 3×107
*Συνιστούμε την αποστολή κατεψυγμένων κυτταρολυμάτων.Σε περίπτωση που αυτό το κελί μετράει μικρότερο από 5×105, συνιστάται η κατάψυξη σε υγρό άζωτο.
Δείγματα αίματος:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol και 2mL αίματος (TRIzol:Blood=3:1)
Συνιστώμενη παράδοση δειγμάτων
Δοχείο:
Σωλήνας φυγοκέντρησης 2 ml (δεν συνιστάται αλουμινόχαρτο)
Επισήμανση δείγματος: Ομάδα+αντίγραφο π.χ. A1, A2, A3;Β1, Β2, Β3... ...
Αποστολή:
1. Ξηρός πάγος: Τα δείγματα πρέπει να συσκευάζονται σε σάκους και να ταφούν σε ξηρό πάγο.
2.Σταθεροί σωλήνες RNA: Τα δείγματα RNA μπορούν να στεγνώσουν σε σωλήνα σταθεροποίησης RNA (π.χ. RNAstable®) και να αποσταλούν σε θερμοκρασία δωματίου.
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Σχεδιασμός πειράματος
Παράδοση δειγμάτων
Εκχύλιση RNA
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλουχία
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Βιοπληροφορική
1.mRNA(denovo) Αρχή συναρμολόγησης
Από το Trinity, οι αναγνώσεις κατακερματίζονται σε μικρότερα κομμάτια, γνωστά ως K-mer.Αυτά τα K-mers χρησιμοποιούνται στη συνέχεια ως σπόροι που θα επεκταθούν σε contigs και στη συνέχεια ως συστατικά που βασίζονται σε contig επικαλύψεις.Τέλος, ο De Bruijn εφαρμόστηκε εδώ για την αναγνώριση μεταγραφών στα συστατικά.
mRNA (De novo) Επισκόπηση του Trinity
2.mRNA (De novo) Κατανομή Επιπέδου Γονιδιακής Έκφρασης
Το RNA-Seq είναι σε θέση να επιτύχει μια εξαιρετικά ευαίσθητη εκτίμηση της γονιδιακής έκφρασης.Κανονικά, το ανιχνεύσιμο εύρος έκφρασης μεταγραφών FPKM κυμαίνεται από 10^-2 έως 10^6
mRNA (De novo) Κατανομή της πυκνότητας FPKM σε κάθε δείγμα
3.mRNA (De novo) Ανάλυση εμπλουτισμού GO των DEGs
Η βάση δεδομένων GO (Gene Ontology) είναι ένα δομημένο βιολογικό σύστημα σχολιασμού που περιέχει ένα τυπικό λεξιλόγιο λειτουργιών γονιδίων και γονιδιακών προϊόντων.Περιέχει πολλαπλά επίπεδα, όπου όσο χαμηλότερο είναι το επίπεδο, τόσο πιο συγκεκριμένες είναι οι λειτουργίες.
Ταξινόμηση mRNA (De novo) GO των DEG σε δεύτερο επίπεδο
Θήκη BMK
Μεταγραφική ανάλυση του μεταβολισμού της σακχαρόζης κατά τη διόγκωση και την ανάπτυξη του βολβού στο κρεμμύδι (Allium cepa L.)
Δημοσίευσε: σύνορα στην επιστήμη των φυτών,2016
Στρατηγική αλληλουχίας
Illumina HiSeq2500
Συλλογή δειγμάτων
Σε αυτή τη μελέτη χρησιμοποιήθηκε η ποικιλία Utah Yellow Sweet Spain "Y1351".Ο αριθμός των δειγμάτων που συλλέχθηκαν ήταν
15η ημέρα μετά το πρήξιμο (DAS) του βολβού (διάμετρος 2 cm και βάρος 3–4 g), 30η DAS (διάμετρος 5 cm και βάρος 100–110 g) και ~3 στο 40ο DAS (διάμετρος 7 cm και 260–300 γραμμάρια).
Βασικά αποτελέσματα
1. Στο διάγραμμα Venn, ανιχνεύθηκαν συνολικά 146 DEG και στα τρία ζεύγη αναπτυξιακών σταδίων
2. «Μεταφορά υδατανθράκων και μεταβολισμός» αντιπροσωπεύονταν μόνο από 585 unigenes (δηλαδή, το 7% του σχολιασμένου COG).
3. Τα Unigenes που σχολιάστηκαν με επιτυχία στη βάση δεδομένων GO ταξινομήθηκαν σε τρεις κύριες κατηγορίες για τα τρία διαφορετικά στάδια ανάπτυξης λαμπτήρων.Οι περισσότεροι που εκπροσωπούνται στην κύρια κατηγορία «βιολογική διεργασία» ήταν οι «μεταβολικές διεργασίες», ακολουθούμενες από τις «κυτταρικές διεργασίες».Στην κύρια κατηγορία της «μοριακής λειτουργίας» οι δύο κατηγορίες που αντιπροσωπεύονται περισσότερο ήταν η «δεσμευτική» και η «καταλυτική δραστηριότητα».
 Ταξινόμηση ιστόγραμμα συστάδων ορθολογικών ομάδων (COG). |  Ταξινόμηση ιστόγραμμα γονιδιακής οντολογίας (GO) για μονογονίδια που προέρχονται από βολβούς σε τρία αναπτυξιακά στάδια |
 Διάγραμμα Venn που δείχνει γονίδια που εκφράζονται διαφορετικά σε οποιαδήποτε δύο στάδια ανάπτυξης βολβού κρεμμυδιού |
Αναφορά
Zhang C, Zhang Η, Zhan Ζ, et αϊ.Μεταγραφική Ανάλυση του Μεταβολισμού Σακχαρόζης κατά τη Διόγκωση και Ανάπτυξη Βολβών στο Κρεμμύδι (Allium cepa L.)[J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
