BMKCloud Log in
条形 banner-03

Νέα

ΕΞΕΛΙΞΗ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΟΣ

Genome De novo
Συναρμολόγηση|Προσδιορισμός φύλου Ολόκληρες οι εργασίες αλληλουχίας και οι μερικές βιοπληροφορικές υπηρεσίες παρέχονται από τη Biomarker Techonologies.

Αφηρημένη

"Ο εμβληματικός φαινότυπος των θαλάσσιων δράκων περιλαμβάνει εξαρτήματα που μοιάζουν με φύλλα, ένα σωληνοειδές στόμα χωρίς δόντια και ανδρική εγκυμοσύνη που περιλαμβάνει επώαση γονιμοποιημένων ωαρίων σε ανοιχτό «μπάλωμα γόνου».Αναλύσαμε de novo-αλληλουχία αρσενικών και θηλυκών γονιδιωμάτων του κοινού θαλασσοδράγου (Phyllopteryx taeniolatus) και των στενά συγγενών του ειδών, του αυλόψαρου αλιγάτορα (Syngnathoides biaculeatus).Τα προφίλ μεταγραφής από μια εξελικτική καινοτομία, τα προσαρτήματα που μοιάζουν με φύλλα, δείχνουν ότι έχει επιλεγεί ένα σύνολο γονιδίων που συνήθως εμπλέκονται στην ανάπτυξη πτερυγίων καθώς και ένας εμπλουτισμός μεταγραφών για πιθανά γονίδια επιδιόρθωσης ιστού και ανοσολογικής άμυνας.Τα μεταλλαγμένα ψάρια zebra για scpp5, τα οποία χάνονται σε όλες τις συγγναθίδες, βρέθηκαν να μην έχουν ή να έχουν παραμορφωμένα φαρυγγικά δόντια, υποστηρίζοντας την υπόθεση ότι η απώλεια του scpp5 συνέβαλε στην απώλεια δοντιών στις συγγναθίδες.Ταυτοποιήθηκε ένας υποτιθέμενος καθοριστικός τόπος φύλου που κωδικοποιεί ένα αρσενικό-ειδικό γονίδιο amhr2y που μοιράζεται ο κοινός θαλασσοδράκος και ο αλιγάτορας. 

Υλικά και μέθοδοι:

Υλικά

Fο κοινός μας θαλασσοδράκος (P. taeniolatus) και δύο αυλόψαρα αλιγάτορες (S. biaculeatus) δείγματα.Δύο κοινά άτομα θαλασσοδράγου (ένας αρσενικός και ένα θηλυκό) και δύο σωλήνες αλιγάτορες (ένα αρσενικό και ένα θηλυκό) χρησιμοποιήθηκαν για τον προσδιορισμό της αλληλουχίας ολόκληρου του γονιδιώματος και δύο άλλα αρσενικά άτομα κοινών θαλασσοδράκων χρησιμοποιήθηκαν για τον επαναπροσδιορισμό της αλληλουχίας του γονιδιώματος.

Στρατηγική Αλληλουχίας Γονιδιώματος

2Αλληλουχία βιβλιοθήκης 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20 Kb (Sequel) ή Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000). και δύο άλλα αρσενικά άτομα κοινών θαλασσοδράκων χρησιμοποιήθηκαν για τον προσδιορισμό της αλληλουχίας του γονιδιώματος.

Transcriptome Sequencing

Fή κοινός θαλασσοδράκος, εγκέφαλος, μάτι, βράγχια, συκώτι, καρδιά, νεφρός, μεσεντέριο, έντερο, μυς, πτερύγιο, δέρμα, εξαρτήματα που μοιάζουν με φύλλα, όρχεις και ωοθήκη συλλέχθηκαν.

Στρατηγική συναρμολόγησης Genome de novo

Canu (Διόρθωση) + WTDBG2 (Συναρμολόγηση) + Pilon (Πολωνικά) + Lachesis (Hi-C).

Κύρια Αποτελέσματα

Εικ.-1.-Βασικά χαρακτηριστικά-του-κοινού-θαλασσοδράκου-P.-taeniolatus-and-the-alligator-pipefish-S

Εικ. 1. Βασικά χαρακτηριστικά του κοινού θαλασσοδράγου (P. taeniolatus) και του αυλόψαρου αλιγάτορα (S. biaculeatus) και οι φυλογενετικές τους θέσεις.

Εικ.-2.-Μορφολογία-και-γενετικό-μακιγιάζ-προσαρτημάτων-όπως-φύλλων-στο-κοινό-θαλάσσιο δράκο-Π

Εικ. 2. Μορφολογία και γενετική σύνθεση των φυλλόμορφων εξαρτημάτων στον κοινό θαλασσοδράκο (P. taeniolatus).

Εικ.-3.-Υποθετικό-γονίδιο-προσδιορισμού-φύλου-στο-κοινό-θαλασσοδράκο-P.-taeniolatus-and-the-alligator-pipefish-S.-biaculeatus

Εικ. 3. Υποτιθέμενο γονίδιο προσδιορισμού του φύλου στον κοινό θαλασσοδράκο (P. taeniolatus) και στον αυλόψαρο αλιγάτορα (S. biaculeatus).

Εικ.-4

Εικ. 4. Φαινότυποι φαρυγγικών δοντιών σε ομόζυγα μεταλλαγμένα είδη zebrafish scpp5.


Ώρα δημοσίευσης: Ιαν-08-2022

Στείλτε μας το μήνυμά σας: