ΣΥΝΑΡΜΟΛΟΓΗΣΗ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΟΣ T2T, ΓΟΝΙΔΩΜΑ ΕΛΕΥΘΕΡΟ GAP
1stΔύο γονιδιώματα ρυζιού1
Τίτλος: Συναρμολόγηση και επικύρωση δύο γονιδιωμάτων αναφοράς χωρίς κενό για το ρύζι Xian/indica αποκαλύπτει πληροφορίες για την αρχιτεκτονική του φυτού Centromere
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Ώρα δημοσίευσης: 01 Ιανουαρίου 2021.
Ινστιτούτο: Huazhong Agricultural University, Κίνα
Υλικά
Ο. sativa xian/indicaποικιλίες ρυζιού «Zhenshan 97 (ZS97)» και «Minghui 63 (MH63)
Στρατηγική αλληλουχίας
NGS reads + HiFi reads + CLR reads + BioNano + Hi-C
Δεδομένα:
ZS97: 8,34 Gb(~23x) Αναγνώσεις HiFi + 48,39 Gb (~131x ) CLR αναγνώσεις + 25 Gb(~69x) NGS + 2 κύτταρα BioNano Irys
MH63: 37,88 Gb (~103x) Αναγνώσεις HiFi + 48,97 Gb (~132x) CLR αναγνώσεις + 28 Gb (~76x) NGS + 2 κύτταρα BioNano Irys
Εικόνα 1 Δύο γονιδιώματα ρυζιού χωρίς κενά (MH63 και ZS97)
2ndΓονιδίωμα μπανάνας2
Τίτλος: Τελομερή σε τελομερή χρωμοσώματα μπανάνας χωρίς κενό χρησιμοποιώντας αλληλουχία νανοπόρου
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Ώρα δημοσίευσης: 17 Απριλίου 2021.
Ινστιτούτο: Université Paris-Saclay, Γαλλία
Υλικά
Διπλό απλοειδέςMusa acuminatasppμαλακία(DH-Pahang)
Στρατηγική και δεδομένα αλληλουχίας:
Λειτουργία HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb,~200X )+ Οπτικός χάρτης (DLE-1+BspQ1)
Πίνακας 1 Σύγκριση συγκροτημάτων γονιδιώματος Musa acuminata (DH-Pahang).
Εικόνα 2 Σύγκριση αρχιτεκτονικής γονιδιωμάτων Musa
3rdΓονιδίωμα Phaeodactylum tricornutum3
Τίτλος: Συγκρότηση γονιδιώματος τελομερούς σε τελομερές τουP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Ώρα δημοσίευσης: 04 Μαΐου 2021
Ινστιτούτο: Western University, Καναδάς
Υλικά
Phaeodactylum tricornutum(Πολιτιστική Συλλογή Φυκιών και Πρωτοζώων CCAP 1055/1)
Στρατηγική και δεδομένα αλληλουχίας:
1 Oxford Nanopore minION κυψέλη ροής + 2×75 ζευγαρωμένο τέλος στη μέση έξοδο NextSeq 550 run
Εικόνα 3 Ροή εργασίας για τη συναρμολόγηση γονιδιώματος τελομερούς σε τελομερές
4thΑνθρώπινο γονιδίωμα CHM134
Τίτλος: Η πλήρης αλληλουχία ενός ανθρώπινου γονιδιώματος
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Ώρα δημοσίευσης: 27 Μαΐου 2021
Ινστιτούτο: Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας (NIH), Η.Π.Α
Υλικά: κυτταρική σειρά CHM13
Στρατηγική και δεδομένα αλληλουχίας:
30× PacBio κυκλική συναινετική αλληλουχία (HiFi), 120× Oxford Nanopore εξαιρετικά μεγάλης ανάγνωσης αλληλουχίας, 100× Illumina PCR-Free sequencing (ILMN) , 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-optical), και Strand-seq
Πίνακας 2 Σύγκριση συγκροτημάτων ανθρώπινου γονιδιώματος GRCh38 και T2T-CHM13
Αναφορά
1.Sergey Nurk et al.Η πλήρης αλληλουχία ενός ανθρώπινου γονιδιώματος.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Χρωματοσώματα μπανάνας χωρίς κενά από τελομερή σε τελομερή χρησιμοποιώντας αλληλουχία νανοπόρου.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Συγκρότημα γονιδιώματος από τελομερές σε τελομερές του Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.Συναρμολόγηση και επικύρωση δύο γονιδιωμάτων αναφοράς χωρίς κενά για το ρύζι Xian/indica αποκαλύπτει πληροφορίες για την αρχιτεκτονική του φυτικού κεντρομερούς.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Ώρα δημοσίευσης: Ιαν-06-2022