BMKCloud Log in
条形 banner-03

Νέα

ΣΥΝΑΡΜΟΛΟΓΗΣΗ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΟΣ T2T, ΓΟΝΙΔΩΜΑ ΕΛΕΥΘΕΡΟ GAP

1stΔύο γονιδιώματα ρυζιού1

Τίτλος: Συναρμολόγηση και επικύρωση δύο γονιδιωμάτων αναφοράς χωρίς κενό για το ρύζι Xian/indica αποκαλύπτει πληροφορίες για την αρχιτεκτονική του φυτού Centromere

Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073

Ώρα δημοσίευσης: 01 Ιανουαρίου 2021.

Ινστιτούτο: Huazhong Agricultural University, Κίνα

Υλικά

Ο. sativa xian/indicaποικιλίες ρυζιού «Zhenshan 97 (ZS97)» και «Minghui 63 (MH63)

Στρατηγική αλληλουχίας

NGS reads + HiFi reads + CLR reads + BioNano + Hi-C

Δεδομένα:

ZS97: 8,34 Gb(~23x) Αναγνώσεις HiFi + 48,39 Gb (~131x ) CLR αναγνώσεις + 25 Gb(~69x) NGS + 2 κύτταρα BioNano Irys

MH63: 37,88 Gb (~103x) Αναγνώσεις HiFi + 48,97 Gb (~132x) CLR αναγνώσεις + 28 Gb (~76x) NGS + 2 κύτταρα BioNano Irys

Φιγούρα 1

Εικόνα 1 Δύο γονιδιώματα ρυζιού χωρίς κενά (MH63 και ZS97)

2ndΓονιδίωμα μπανάνας2

Τίτλος: Τελομερή σε τελομερή χρωμοσώματα μπανάνας χωρίς κενό χρησιμοποιώντας αλληλουχία νανοπόρου

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

Ώρα δημοσίευσης: 17 Απριλίου 2021.

Ινστιτούτο: Université Paris-Saclay, Γαλλία

Υλικά

Διπλό απλοειδέςMusa acuminatasppμαλακία(DH-Pahang)

Στρατηγική και δεδομένα αλληλουχίας:

Λειτουργία HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb,~200X )+ Οπτικός χάρτης (DLE-1+BspQ1)

Πίνακας 1 Σύγκριση συγκροτημάτων γονιδιώματος Musa acuminata (DH-Pahang).

Πίνακας 1-Σύγκριση συγκροτημάτων-GRCh38-and-T2T-CHM13-human-genome
Σχήμα-Μούσα-γονιδιώματα-αρχιτεκτονική-σύγκριση

Εικόνα 2 Σύγκριση αρχιτεκτονικής γονιδιωμάτων Musa

3rdΓονιδίωμα Phaeodactylum tricornutum3

Τίτλος: Συγκρότηση γονιδιώματος τελομερούς σε τελομερές τουP
haeodactylum tricornutum

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

Ώρα δημοσίευσης: 04 Μαΐου 2021

Ινστιτούτο: Western University, Καναδάς

Υλικά

Phaeodactylum tricornutum(Πολιτιστική Συλλογή Φυκιών και Πρωτοζώων CCAP 1055/1)

Στρατηγική και δεδομένα αλληλουχίας:

1 Oxford Nanopore minION κυψέλη ροής + 2×75 ζευγαρωμένο τέλος στη μέση έξοδο NextSeq 550 run

Figure-Workflow-for-telomere-to-telomere-genome-assembly-1-1024x740

Εικόνα 3 Ροή εργασίας για τη συναρμολόγηση γονιδιώματος τελομερούς σε τελομερές

4thΑνθρώπινο γονιδίωμα CHM134

Τίτλος: Η πλήρης αλληλουχία ενός ανθρώπινου γονιδιώματος

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

Ώρα δημοσίευσης: 27 Μαΐου 2021

Ινστιτούτο: Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας (NIH), Η.Π.Α

Υλικά: κυτταρική σειρά CHM13

Στρατηγική και δεδομένα αλληλουχίας:

30× PacBio κυκλική συναινετική αλληλουχία (HiFi), 120× Oxford Nanopore εξαιρετικά μεγάλης ανάγνωσης αλληλουχίας, 100× Illumina PCR-Free sequencing (ILMN) , 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-optical), και Strand-seq

Πίνακας 2 Σύγκριση συγκροτημάτων ανθρώπινου γονιδιώματος GRCh38 και T2T-CHM13

Table-Comparison-of-Musa-acuminata-DH-Pahang-genome-assemblies

Αναφορά

1.Sergey Nurk et al.Η πλήρης αλληλουχία ενός ανθρώπινου γονιδιώματος.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

2.Caroline Belser et al.Χρωματοσώματα μπανάνας χωρίς κενά από τελομερή σε τελομερή χρησιμοποιώντας αλληλουχία νανοπόρου.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

3.Daniel J. Giguere et al.Συγκρότημα γονιδιώματος από τελομερές σε τελομερές του Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

4.Jia-Ming Song et al.Συναρμολόγηση και επικύρωση δύο γονιδιωμάτων αναφοράς χωρίς κενά για το ρύζι Xian/indica αποκαλύπτει πληροφορίες για την αρχιτεκτονική του φυτικού κεντρομερούς.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073


Ώρα δημοσίευσης: Ιαν-06-2022

Στείλτε μας το μήνυμά σας: