Νέα

Η ενίσχυση μεταθετικού στοιχείου (TE) έχει αναγνωριστεί ως κινητήρια δύναμη που μεσολαβεί στην επέκταση και εξέλιξη του μεγέθους του γονιδιώματος, αλλά οι συνέπειες για τη διαμόρφωση της τρισδιάστατης γονιδιωματικής αρχιτεκτονικής παραμένουν σε μεγάλο βαθμό άγνωστες στα φυτά.Εδώ, αναφέρουμε συγκροτήματα γονιδιώματος βαθμού αναφοράς για τρία είδη βαμβακιού που κυμαίνονται στο τριπλάσιο μέγεθος γονιδιώματος, συγκεκριμέναGossypium rotundifolium(K2),Γ. δενδροκομείο(Α2), καιG. raimondii(D5), χρησιμοποιώντας Oxford Nanopore Technologies.Οι συγκριτικές αναλύσεις γονιδιώματος τεκμηριώνουν τις λεπτομέρειες της ειδικής για τη γενεαλογική ενίσχυση ΤΕ που συμβάλλει στις μεγάλες διαφορές μεγέθους γονιδιώματος (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb) και υποδεικνύουν σχετικά διατηρημένο περιεχόμενο γονιδίου και σχέσεις συντενίας μεταξύ των γονιδιωμάτων.Βρήκαμε ότι περίπου το 17% των συνθετικών γονιδίων εμφανίζουν αλλαγή κατάστασης χρωματίνης μεταξύ ενεργών ("Α") και ανενεργών ("Β") διαμερισμάτων και η ενίσχυση ΤΕ συσχετίστηκε με την αύξηση της αναλογίας του διαμερίσματος Α στις γονιδιακές περιοχές (~ 7.000 γονίδια ) στο Κ2 και Α2 σε σχέση με το D5.Μόνο το 42% των ορίων τοπολογικά συσχετιζόμενου τομέα (TAD) διατηρήθηκε μεταξύ των τριών γονιδιωμάτων.Τα δεδομένα μας συνεπάγονται την πρόσφατη ενίσχυση των ΤΕ μετά από το σχηματισμό ορίων TAD για συγκεκριμένη γενεαλογία.Αυτή η μελέτη ρίχνει φως στον ρόλο της επέκτασης του γονιδιώματος που προκαλείται από τρανσποζόνιο στην εξέλιξη της δομής της χρωματίνης υψηλότερης τάξης στα φυτά.