Ο προσδιορισμός γονότυπου υψηλής απόδοσης, ειδικά σε πληθυσμό μεγάλης κλίμακας, είναι ένα θεμελιώδες βήμα στις μελέτες γενετικής συσχέτισης, που παρέχει γενετική βάση για ανακάλυψη λειτουργικών γονιδίων, εξελικτική ανάλυση κ.λπ. ) εισάγεται για να ελαχιστοποιηθεί το κόστος αλληλουχίας ανά δείγμα, διατηρώντας παράλληλα λογική αποτελεσματικότητα στην ανακάλυψη γενετικών δεικτών.Αυτό επιτυγχάνεται συνήθως με την εξαγωγή περιοριστικού τμήματος εντός δεδομένου εύρους μεγέθους, το οποίο ονομάζεται βιβλιοθήκη μειωμένης αναπαράστασης (RRL).Ο προσδιορισμός αλληλουχίας θραύσματος ενισχυμένου ειδικού τόπου (SLAF-Seq) είναι μια στρατηγική που αναπτύχθηκε μόνος του για de novo ανακάλυψη SNP και προσδιορισμό γονότυπου SNP μεγάλων πληθυσμών.
Τεχνική ροή εργασιών
SLAF vs υπάρχουσες μέθοδοι RRL
Πλεονεκτήματα του SLAF
Υψηλότερη αποτελεσματικότητα ανακάλυψης γενετικών δεικτών– Σε συνδυασμό με την τεχνολογία προσδιορισμού αλληλουχίας υψηλής απόδοσης, το SLAF-Seq θα μπορούσε να επιτύχει εκατοντάδες χιλιάδες ετικέτες που ανακαλύφθηκαν σε ολόκληρο το γονιδίωμα για να ικανοποιήσει το αίτημα ποικίλων ερευνητικών έργων, είτε με είτε με γονιδίωμα αναφοράς.
Προσαρμοσμένη & Ευέλικτη πειραματική σχεδίαση– Για διαφορετικούς ερευνητικούς στόχους ή είδη, διατίθενται διαφορετικές στρατηγικές ενζυματικής πέψης, συμπεριλαμβανομένης της πέψης ενός ενζύμου, διπλού ενζύμου και πολλαπλών ενζύμων.Η στρατηγική πέψης θα προ-αξιολογηθεί σε πυρίτιο για να διασφαλιστεί ο βέλτιστος σχεδιασμός ενζύμων.
Υψηλή απόδοση στην ενζυματική πέψη– Η προσχεδιασμένη ενζυματική πέψη παρέχει πιο ομοιόμορφα κατανεμημένα SLAF στο χρωμόσωμα.Η αποτελεσματική συλλογή θραυσμάτων μπορεί να επιτύχει πάνω από 95%.
Αποφύγετε την επαναλαμβανόμενη σειρά– Το ποσοστό της επαναλαμβανόμενης αλληλουχίας στα δεδομένα SLAF-Seq μειώνεται σε χαμηλότερο από 5%, ειδικά σε είδη με υψηλό επίπεδο επαναλαμβανόμενων στοιχείων, όπως σιτάρι, καλαμπόκι κ.λπ.
Αυτο-αναπτυγμένη ροή εργασιών βιοπληροφορικής– Η BMK ανέπτυξε μια ολοκληρωμένη ροή εργασίας βιοπληροφορικής που εφαρμόζεται στην τεχνολογία SLAF-Seq για να διασφαλίσει την αξιοπιστία και την ακρίβεια της τελικής παραγωγής.
Εφαρμογή SLAF
Χάρτης γενετικής σύνδεσης
Κατασκευή γενετικού χάρτη υψηλής πυκνότητας και αναγνώριση των τόπων που ελέγχουν τα χαρακτηριστικά του τύπου λουλουδιών στο Χρυσάνθεμο (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Περιοδικό: Horticulture Research Δημοσίευση: 2020.7
GWAS
Προσδιορισμός ενός υποψηφίου γονιδίου που σχετίζεται με την περιεκτικότητα σε ισοφαβόνη σε σπόρους σόγιας χρησιμοποιώντας συσχέτιση σε όλο το γονιδίωμα και χαρτογράφηση σύνδεσης
Περιοδικό: the Plant Journal Δημοσίευση: 2020.08
Εξελικτική Γενετική
Η γονιδιωματική ανάλυση πληθυσμού και η de novo συναρμολόγηση αποκαλύπτουν την προέλευση του ζιζανιοκτόνου ρυζιού ως εξελικτικό παιχνίδι
Περιοδικό: Molecular Plant Δημοσίευση: 2019.5
Μαζική διαχωριστική ανάλυση (BSA)
Το GmST1, το οποίο κωδικοποιεί μια σουλφοτρανσφεράση, προσδίδει αντοχή στα στελέχη του ιού του μωσαϊκού σόγιας G2 και G3
Περιοδικό: Plant, Cell&Environment Δημοσίευση: 2021.04
Αναφορά
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: μια αποτελεσματική μέθοδος μεγάλης κλίμακας de novo SNP ανακάλυψης και γονότυπου με χρήση αλληλουχίας υψηλής απόδοσης[J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K, et al.Κατασκευή γενετικού χάρτη υψηλής πυκνότητας και αναγνώριση θέσεων που ελέγχουν τα χαρακτηριστικά τύπου λουλουδιού στο Χρυσάνθεμο (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020; 7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Προσδιορισμός ενός υποψηφίου γονιδίου που σχετίζεται με την περιεκτικότητα σε ισοφλαβόνες σε σπόρους σόγιας με χρήση συσχέτισης σε όλο το γονιδίωμα και χαρτογράφησης σύνδεσης.Plant J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et αϊ.Η γονιδιωματική ανάλυση πληθυσμού και η συναρμολόγηση De Novo αποκαλύπτουν την προέλευση του Weedy Rice ως εξελικτικό παιχνίδι.Mol Plant.2019; 12 (5): 632-647.Mol Plant.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et αϊ.Το GmST1, το οποίο κωδικοποιεί μια σουλφοτρανσφεράση, προσδίδει αντοχή στα στελέχη του ιού του μωσαϊκού σόγιας G2 και G3.Περιβάλλον Φυτικών Κυττάρων.2021;10.1111/τεμ.14066
Ώρα δημοσίευσης: Ιαν-04-2022