Μεταγονιδιωματική Αλληλουχία-Nanopore
Πλεονεκτήματα εξυπηρέτησης
● Συναρμολόγηση υψηλής ποιότητας-Βελτίωση της ακρίβειας της αναγνώρισης ειδών και της πρόβλεψης λειτουργικών γονιδίων
● Κλειστή απομόνωση βακτηριακού γονιδιώματος
● Πιο ισχυρή και αξιόπιστη εφαρμογή σε διάφορους τομείς, π.χ. ανίχνευση παθογόνων μικροοργανισμών ή γονιδίων που σχετίζονται με την αντοχή στα αντιβιοτικά
● Συγκριτική ανάλυση μεταγονιδιώματος
Προδιαγραφές Υπηρεσίας
| Πλατφόρμα | Αλληλουχία | Προτεινόμενα δεδομένα | Χρόνος ολοκλήρωσης |
| Nanopore | ΟΝΤ | 6 G/10 G | 65 εργάσιμες ημέρες |
Βιοπληροφορικές αναλύσεις
● Έλεγχος ποιότητας ακατέργαστων δεδομένων
● Συναρμολόγηση μεταγονιδιώματος
● Μη περιττό σύνολο γονιδίων και σχολιασμός
● Ανάλυση ποικιλότητας ειδών
● Ανάλυση ποικιλότητας γενετικής λειτουργίας
● Ανάλυση μεταξύ ομάδων
● Ανάλυση συσχέτισης έναντι πειραματικών παραγόντων
Απαιτήσεις δειγμάτων και παράδοση
Απαιτήσεις δειγμάτων και παράδοση
Απαιτήσεις δειγμάτων:
ΓιαΕκχυλίσματα DNA:
| Τύπος δείγματος | Ποσό | Συγκέντρωση | Καθαρότητα |
| Εκχυλίσματα DNA | 1-1,5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Για περιβαλλοντικά δείγματα:
| Τύπος δείγματος | Συνιστώμενη διαδικασία δειγματοληψίας |
| Εδαφος | Ποσότητα δειγματοληψίας: περίπου.5 g;Η εναπομείνασα μαραμένη ουσία πρέπει να αφαιρεθεί από την επιφάνεια.Τρίψτε μεγάλα κομμάτια και περάστε από φίλτρο 2 mm.Δείγματα δειγμάτων σε αποστειρωμένο EP-σωλήνα ή κυροσωλήνα για κράτηση. |
| Περιττώματα | Ποσότητα δειγματοληψίας: περίπου.5 g;Συλλέξτε και αποσπάστε δείγματα σε αποστειρωμένο σωλήνα EP ή κρυοσωλήνα για κράτηση. |
| Εντερικό περιεχόμενο | Τα δείγματα πρέπει να υποβάλλονται σε επεξεργασία υπό άσηπτες συνθήκες.Πλύνετε τον συλλεγμένο ιστό με PBS.Φυγοκεντρήστε το PBS και συλλέξτε το ίζημα σε σωλήνες EP. |
| Λάσπη | Ποσότητα δειγματοληψίας: περίπου.5 g;Συλλέξτε και κατανεμήστε δείγμα ιλύος σε αποστειρωμένο σωλήνα EP ή κρυοσωλήνα για κράτηση |
| Υδάτινο σώμα | Για δείγμα με περιορισμένη ποσότητα μικροβίων, όπως νερό βρύσης, νερό πηγαδιού κ.λπ., Συλλέξτε τουλάχιστον 1 L νερό και περάστε από φίλτρο 0,22 μm για να εμπλουτίσετε τα μικροβιακά στη μεμβράνη.Αποθηκεύστε τη μεμβράνη σε αποστειρωμένο σωλήνα. |
| Δέρμα | Ξύστε προσεκτικά την επιφάνεια του δέρματος με αποστειρωμένο βαμβάκι ή χειρουργική λεπίδα και τοποθετήστε το σε αποστειρωμένο σωληνάριο. |
Συνιστώμενη παράδοση δειγμάτων
Καταψύξτε τα δείγματα σε υγρό άζωτο για 3-4 ώρες και αποθηκεύστε σε υγρό άζωτο ή -80 βαθμούς έως μακροχρόνια κράτηση.Απαιτείται αποστολή δειγμάτων με ξηρό πάγο.
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Παράδοση δειγμάτων
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλουχία
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
1.Heatmap: Συστάδες πλούτου ειδών
2. Λειτουργικά γονίδια σχολιασμένα στα μεταβολικά μονοπάτια KEGG
3.Δίκτυο συσχέτισης ειδών
4.Circos των γονιδίων αντίστασης στα αντιβιοτικά CARD
Θήκη BMK
Η μεταγονιδιωματική του νανοπόρου επιτρέπει την ταχεία κλινική διάγνωση της βακτηριακής λοίμωξης του κατώτερου αναπνευστικού
Δημοσίευσε:Nature Biotechnology, 2019
Τεχνικά Χαρακτηριστικά
Αλληλουχία: Nanopore MinION
Κλινική μεταγονιδιωματική βιοπληροφορική: Εξάντληση DNA ξενιστή, ανάλυση WIMP και ARMA
Ταχεία ανίχνευση: 6 ώρες
Υψηλή ευαισθησία: 96,6%
Βασικά αποτελέσματα
Το 2006, η λοίμωξη του κατώτερου αναπνευστικού (LR) προκάλεσε 3 εκατομμύρια ανθρώπινους θανάτους παγκοσμίως.Η τυπική μέθοδος για την ανίχνευση του παθογόνου LR1 είναι η καλλιέργεια, η οποία έχει χαμηλή ευαισθησία, μεγάλο χρόνο περιστροφής και είναι έλλειψη καθοδήγησης στην πρώιμη αντιβιοτική θεραπεία.Η ταχεία και ακριβής μικροβιακή διάγνωση ήταν από καιρό επείγουσα ανάγκη.Ο Δρ Justin από το Πανεπιστήμιο της Ανατολικής Αγγλίας και οι συνεργάτες του ανέπτυξαν με επιτυχία μια μεταγονιδιωματική μέθοδο βασισμένη σε Nanpore για την ανίχνευση παθογόνων.Σύμφωνα με τη ροή εργασίας τους, το 99,99% του DNA του ξενιστή μπορεί να εξαντληθεί.Η ανίχνευση σε παθογόνα και ανθεκτικά στα αντιβιοτικά γονίδια μπορεί να ολοκληρωθεί σε 6 ώρες.
Αναφορά
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J..(2019).Η μεταγονιδιωματική του νανοπόρου επιτρέπει την ταχεία κλινική διάγνωση της βακτηριακής λοίμωξης του κατώτερου αναπνευστικού.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
