Η μελέτη συσχέτισης σε επίπεδο γονιδιώματος (GWAS) στοχεύει στον εντοπισμό γενετικών παραλλαγών (γονότυπος) που σχετίζονται με συγκεκριμένα χαρακτηριστικά (φαινότυπος).Οι μελέτες GWA διερευνούν γενετικούς δείκτες που διασχίζουν ολόκληρο το γονιδίωμα μεγάλου αριθμού ατόμων και προβλέπει συσχετίσεις γονότυπου-φαινοτύπου με στατιστική ανάλυση σε επίπεδο πληθυσμού.Η αναδιάταξη ολόκληρου του γονιδιώματος μπορεί ενδεχομένως να ανακαλύψει όλες τις γενετικές παραλλαγές.Σε συνδυασμό με φαινοτυπικά δεδομένα, το GWAS μπορεί να υποβληθεί σε επεξεργασία για τον εντοπισμό SNP που σχετίζονται με φαινότυπο, QTL και υποψήφια γονίδια, τα οποία υποστηρίζουν ισχυρά τη σύγχρονη αναπαραγωγή ζώων/φυτών.Το SLAF είναι μια απλοποιημένη στρατηγική αλληλουχίας γονιδιώματος που αναπτύχθηκε μόνος του, η οποία ανακαλύπτει κατανεμημένους δείκτες σε όλο το γονιδίωμα, SNP.Αυτά τα SNP, ως μοριακοί γενετικοί δείκτες, μπορούν να υποβληθούν σε επεξεργασία για μελέτες συσχέτισης με στοχευμένα χαρακτηριστικά.Είναι μια οικονομικά αποδοτική στρατηγική για τον εντοπισμό σύνθετων χαρακτηριστικών που σχετίζονται με γενετικές παραλλαγές.
