Η BMKGENE παρείχε υπηρεσίες χωρικής αλληλουχίας μεταγραφής για τη μελέτη «Το STEEL επιτρέπει την οριοθέτηση υψηλής ανάλυσης χωροχρονικών μεταγραφικών δεδομένων», η οποία δημοσιεύτηκε στο Briefings in Bioinformatics.
Αυτή η μελέτη πρότεινε έναν αλγόριθμο χωρίς επίβλεψη και πολλαπλό βασισμένο στη μάθηση, το Spatial Transcriptome Cell typE clustering (STEEL), ο οποίος προσδιορίζει τομείς από το χωρικό μεταγράφημα ομαδοποιώντας σφαιρίδια που παρουσιάζουν τόσο πολύ παρόμοια προφίλ γονιδιακής έκφρασης όσο και κοντινή χωρική απόσταση με τον τρόπο των γραφημάτων.
Μια ολοκληρωμένη αξιολόγηση του STEEL σε χωρικά μεταγραφικά σύνολα δεδομένων από την πλατφόρμα 10X Visium καταδεικνύει ότι όχι μόνο επιτυγχάνει υψηλή ανάλυση για τον χαρακτηρισμό λεπτών δομών του εγκεφάλου του ποντικιού, αλλά επιτρέπει επίσης την ενσωμάτωση πολλαπλών διαφανειών ιστού που αναλύονται μεμονωμένα σε ένα μεγαλύτερο.
Με την πρόοδο των τεχνολογιών χωρικής μεταγραφής, η μέθοδός μας θα έχει μεγάλη εφαρμογή στην αναγνώριση τομέα και στην ανακατασκευή του άτλαντα έκφρασης γονιδίων.
Κάντε κλικεδώγια να μάθετε περισσότερα για αυτή τη μελέτη.
Ώρα δημοσίευσης: Οκτ-20-2023