Ερευνήστε τις δυνατότητες της μελέτης της άγριας ποικιλίας ερευνητικών ειδών, που αποδεικνύεται από μια κομβική περίπτωση από τους πελάτες της BMKGENE.Πρόσφατα δημοσιεύτηκε στη φετινή έκδοση του περιοδικού Plant Biotechnology Journal, το άρθρο με τίτλο «Γονιδίωμα Wild Hevea brasiliensis σε επίπεδο χρωμοσώματος: Ενδυνάμωση της γονιδιωματικής υποβοηθούμενης αναπαραγωγής και αποκάλυψης ζωτικών τόπων για αυξημένη απόδοση καουτσούκ» αποτελεί πολύτιμη αναφορά.
Το βραζιλιάνικο καουτσούκ δέντρο (Hevea brasiliensis) στέκεται ψηλά ως μια κεντρική πηγή φυσικού καουτσούκ.Κατά τη διάρκεια του περασμένου αιώνα, οι παραδοσιακές μεθοδολογίες αναπαραγωγής προκάλεσαν μια αξιοσημείωτη εξαπλάσια αύξηση στην παραγωγή καουτσούκ.Ωστόσο, το υποκείμενο γενετικό υπόβαθρο που ευθύνεται για την πιθανή βελτίωση της απόδοσης του καουτσούκ παραμένει αινιγματικό.
Αυτή η μελέτη ξεκίνησε την κατασκευή ενός γονιδιώματος σε επίπεδο χρωμοσώματος για το δέντρο άγριας καουτσούκ, χρησιμοποιώντας μια συνέργεια αλληλουχίας Nanopore μακράς ανάγνωσης, αλληλουχίας Illumina NGS και τεχνολογίας Hi-C.
Παράλληλα, ένα θησαυροφυλάκιο 147 πόρων γενετικού πλάσματος, που περιελάμβανε παραλλαγές υψηλής απόδοσης, άγρια στελέχη και σχετικά είδη, συγκεντρώθηκε για μια ολοκληρωμένη αναδιάταξη ολόκληρου του γονιδιώματος (WGS) χρησιμοποιώντας την πλατφόρμα Illumina.Τα δεδομένα αλληλουχίας που ακολούθησαν υποβλήθηκαν σε αυστηρή πληθυσμιακή γενετική ανάλυση, επιτρέποντας την ανατομή της πληθυσμιακής δομής, της ποικιλομορφίας και της ανισορροπίας σύνδεσης.Αυτή η ανάλυση έριξε φως στις διακυμάνσεις της εξημέρωσης μεταξύ των πληθυσμών.
Περαιτέρω έρευνες περιελάμβαναν ανάλυση που περιελάμβανε τα Fst, π, Tajima's D και LD, με στόχο την αποκάλυψη σημάτων επιλογής που προκύπτουν από τη βελτιωμένη απόδοση λατέξ, ιδίως εστιάζοντας στους κλώνους Wickham.
Με αποκορύφωμα μια ανάλυση συσχέτισης σε όλο το γονιδίωμα (GWAS), επισημάνθηκαν δείκτες που συνδέονται με χαρακτηριστικά απόδοσης και στη συνέχεια γονίδια που σχετίζονται με την απόδοση.Η αρχική επικύρωση αποκάλυψε χαρακτηριστικές μεταγραφικές δραστηριότητες σε διαφορετικά μεταλλαγμένα για δύο γονίδια ERF, παρέχοντας μια προκαταρκτική ματιά στη λειτουργική τους σημασία.Περαιτέρω επιβεβαίωση έχει προγραμματιστεί στο πλαίσιο της προσεχούς έρευνας.
Η BMKGENE είναι υπερήφανη που συμβάλλει στην εκτεταμένη αναδιάταξη ολόκληρου του γονιδιώματος αυτού του μεγάλου πληθυσμού, μαζί με έναν ουσιαστικό ρόλο στην ανάλυση της βιοπληροφορικής.Η τεράστια εμπειρία μας περιλαμβάνει την αλληλουχία NGS/TGS και την πολυομική βιοπληροφορική ανάλυση σε μια σειρά 1000+ ειδών.Ανυπομονούμε για την προοπτική να συνεργαστούμε μαζί σας στα επερχόμενα έργα σας.
Κάντε κλικ εδώ για ναμάθετε περισσότερα για αυτή τη μελέτη
Ώρα ανάρτησης: 29 Αυγούστου 2023