Εξελικτική Γενετική
Πλεονεκτήματα εξυπηρέτησης
Takagi et al.,Το περιοδικό των φυτών, 2013
● Εκτίμηση του χρόνου και της ταχύτητας απόκλισης ειδών με βάση τις διακυμάνσεις σε επίπεδο νουκλεοτιδίων και αμινοξέων
● Αποκάλυψη πιο αξιόπιστης φυλογενετικής σχέσης μεταξύ ειδών με ελαχιστοποιημένη επίδραση της συγκλίνουσας εξέλιξης και της παράλληλης εξέλιξης
● Δημιουργία δεσμών μεταξύ γενετικών αλλαγών και φαινοτύπων για την αποκάλυψη γονιδίων που σχετίζονται με χαρακτηριστικά
● Εκτίμηση της γενετικής ποικιλότητας, η οποία αντανακλά το εξελικτικό δυναμικό των ειδών
● Ταχύτερος χρόνος διεκπεραίωσης
● Εκτεταμένη εμπειρία: Η BMK έχει συσσωρεύσει τεράστια εμπειρία σε έργα σχετικά με τον πληθυσμό και την εξέλιξη για περισσότερα από 12 χρόνια, καλύπτοντας εκατοντάδες είδη κ.λπ. και έχει συμβάλει σε περισσότερα από 80 έργα υψηλού επιπέδου που δημοσιεύθηκαν στο Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal κ.λπ.
Προδιαγραφές Υπηρεσίας
Υλικά:
Κανονικά, συνιστώνται τουλάχιστον τρεις υποπληθυσμοί (π.χ. υποείδη ή στελέχη).Κάθε υποπληθυσμός πρέπει να περιέχει τουλάχιστον 10 άτομα (Φυτά ＞15, μπορούν να μειωθούν για σπάνια είδη).
Στρατηγική αλληλουχίας:
* Το WGS μπορεί να χρησιμοποιηθεί για είδη με γονιδίωμα αναφοράς υψηλής ποιότητας, ενώ το SLAF-Seq εφαρμόζεται σε είδη με ή χωρίς γονιδίωμα αναφοράς ή γονιδίωμα αναφοράς κακής ποιότητας.
| Ισχύει για το μέγεθος του γονιδιώματος | WGS | SLAF-Ετικέτες (×10.000) |
| ≤ 500 Mb | 10×/ατομικό | Το WGS συνιστάται περισσότερο |
| 500 Mb - 1 Gb | 10 | |
| 1 Gb - 2 Gb | 20 | |
| ≥2 Gb | 30 |
Βιοπληροφορικές αναλύσεις
● Εξελικτική ανάλυση
● Επιλεκτική σάρωση
● Γονιδιακή ροή
● Δημογραφικό ιστορικό
● Χρόνος απόκλισης
Απαιτήσεις δειγμάτων και παράδοση
Απαιτήσεις δειγμάτων:
| Είδος | Ιστός | WGS-NGS | SLAF |
| Ζώο
| Σπλαχνικός ιστός |
0,5~1 γρ
|
0,5 γρ
|
| Μυϊκός ιστός | |||
| Αίμα θηλαστικού | 1,5 ml
| 1,5 ml
| |
| Αίμα πουλερικών/ψαριών | |||
| Φυτό
| Φρέσκο φύλλο | 1~2 γρ | 0,5~1 γρ |
| Πέταλο/Μίσχος | |||
| Ρίζα/Σπόρος | |||
| Κύτταρα | Καλλιεργημένο κύτταρο |
| gDNA | Συγκέντρωση | Ποσό (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1,6 | 1,6-2,5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0,1 | - |
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Σχεδιασμός πειράματος
Παράδοση δειγμάτων
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλουχία
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
*Τα αποτελέσματα επίδειξης που εμφανίζονται εδώ είναι όλα από γονιδιώματα που δημοσιεύθηκαν με το BMKGENE
1.Η ανάλυση της εξέλιξης περιλαμβάνει κατασκευή φυλογενετικού δέντρου, δομή πληθυσμού και PCA με βάση γενετικές παραλλαγές.
Το φυλογενετικό δέντρο αντιπροσωπεύει ταξινομικές και εξελικτικές σχέσεις μεταξύ ειδών με κοινό πρόγονο.
Η PCA στοχεύει στην οπτικοποίηση της εγγύτητας μεταξύ των υποπληθυσμών.
Η δομή του πληθυσμού δείχνει την παρουσία γενετικά διακριτού υποπληθυσμού ως προς τις συχνότητες αλληλόμορφων.
Chen, et.αλ.,PNAS, 2020
2.Επιλεκτικό σκούπισμα
Η επιλεκτική σάρωση αναφέρεται σε μια διαδικασία με την οποία επιλέγεται μια πλεονεκτική τοποθεσία και αυξάνονται οι συχνότητες των συνδεδεμένων ουδέτερων τοποθεσιών και μειώνονται αυτές των μη συνδεδεμένων τοποθεσιών, με αποτέλεσμα τη μείωση των περιφερειακών.
Η ανίχνευση σε όλο το γονιδίωμα σε επιλεκτικές περιοχές σάρωσης υποβάλλεται σε επεξεργασία με τον υπολογισμό του πληθυσμιακού γενετικού δείκτη (π，Fst, Tajima's D) όλων των SNP σε ένα συρόμενο παράθυρο (100 Kb) σε ένα συγκεκριμένο βήμα (10 Kb).
Ποικιλότητα νουκλεοτιδίων(π)
Tajima's D
Δείκτης σταθεροποίησης (Fst)
Wu, et.αλ.,Μοριακό φυτό, 2018
3.Γονιδιακή ροή
Wu, et.αλ.,Μοριακό φυτό, 2018
4.Δημογραφικό ιστορικό
Zhang, et.αλ.,Φύση Οικολογία & Εξέλιξη, 2021
5.Χρόνος απόκλισης
Zhang, et.αλ.,Φύση Οικολογία & Εξέλιξη, 2021
Θήκη BMK
Ένας χάρτης γονιδιωματικών παραλλαγών παρέχει πληροφορίες για τη γενετική βάση της επιλογής Κινέζικου Λάχανου (Brassica rapa ssp. Pekinensis)
Δημοσίευσε: Μοριακό φυτό, 2018
Στρατηγική αλληλουχίας:
Resequencing: βάθος αλληλουχίας: 10×
Βασικά αποτελέσματα
Σε αυτή τη μελέτη, 194 κινέζικα λάχανα υποβλήθηκαν σε επεξεργασία για επαναπροσδιορισμό αλληλουχίας με μέσο βάθος 10×, το οποίο απέδωσε 1.208.499 SNPs και 416.070 InDels.Η φυλογενετική ανάλυση σε αυτές τις 194 γραμμές έδειξε ότι αυτές οι γραμμές μπορούν να χωριστούν σε τρεις οικότυπους, την άνοιξη, το καλοκαίρι και το φθινόπωρο.Επιπλέον, η δομή του πληθυσμού και η ανάλυση PCA έδειξαν ότι το ανοιξιάτικο κινέζικο λάχανο προήλθε από ένα λάχανο φθινοπώρου στο Shandong της Κίνας.Αυτά εισήχθησαν στη συνέχεια στην Κορέα και την Ιαπωνία, διασταυρώθηκαν με τοπικές γραμμές και μερικές ποικιλίες τους με όψιμο κλείσιμο εισήχθησαν πίσω στην Κίνα και τελικά έγιναν ανοιξιάτικο κινέζικο λάχανο.
Η σάρωση σε όλο το γονιδίωμα σε ανοιξιάτικα κινέζικα λάχανα και λάχανα φθινοπώρου κατά την επιλογή αποκάλυψε 23 γονιδιωματικούς τόπους που έχουν περάσει από ισχυρή επιλογή, δύο από τους οποίους επικαλύπτονταν με περιοχή ελέγχου του χρόνου βιδώματος με βάση τη χαρτογράφηση QTL.Αυτές οι δύο περιοχές βρέθηκαν να περιέχουν βασικά γονίδια που ρυθμίζουν την ανθοφορία, BrVIN3.1 και BrFLC1.Αυτά τα δύο γονίδια επιβεβαιώθηκαν περαιτέρω ότι εμπλέκονται στον χρόνο βιδώματος με μελέτη μεταγραφής και διαγονιδιακά πειράματα.
 Ανάλυση πληθυσμιακής δομής σε κινέζικα λάχανα |  Γενετικές πληροφορίες για την επιλογή κινέζικου λάχανου |
Tongbing, et al."Ένας χάρτης γονιδιωματικής παραλλαγής παρέχει πληροφορίες για τη γενετική βάση της επιλογής ανοιξιάτικου κινέζικου λάχανου (Brassica rapa ssp.pekinensis).Μοριακά φυτά,11(2018):1360-1376.
