Αλληλουχία DNA/RNA -PacBio Sequencer
Χαρακτηριστικά
Δύο λειτουργίες αλληλουχίας στο PacBio sequencer: Continuous Long Read (CLR) και Circular Consensus Read (CCS)
| Λειτουργία αλληλουχίας | Μέγεθος βιβλιοθήκης | Θεωρητικά ΔεδομέναΑπόδοση (ανά κελί) | Μονής βάσηςΑκρίβεια | Εφαρμογές |
| CLR | 20Kb, 30Kb, κ.λπ. | 80 Gb έως 130 Gb | Περίπου85% | De novo, κλήση SV, κ.λπ. |
| CCS | 15-20 Kb | 14 έως 40 Gb/Κυψέλη (Συνέχεια II) 70 έως 110 Gb/Cell (Revio) Εξαρτάται από τα δείγματα | Περίπου99% | De novo, Κλήση SNP/Indel/SV, Iso-Seq, |
Σύγκριση της απόδοσης και των χαρακτηριστικών του Revio και του Sequel II
| Οροι | Σύστημα Sequel II | Σύστημα Revio | Αυξάνουν |
| Μεγαλύτερη πυκνότητα | 8 εκατομμύρια ZMW | 25 εκατομμύρια ZMW | 3x |
| Ανεξάρτητα στάδια | 1 | 4 | 4x |
| Μικρότεροι χρόνοι εκτέλεσης | 30 ώρες | 24 ώρες | 1,25x |
| 30X ανθρώπινα γονιδιώματα HiFi / έτος | 88 | 1.300 | 15 φορές συνολικά |
Πλεονεκτήματα εξυπηρέτησης
● Πάνω από 8 χρόνια εμπειρίας στην πλατφόρμα αλληλούχισης PacBio με χιλιάδες κλειστά έργα με διάφορα είδη.
● Πλήρως εξοπλισμένο με τις πιο πρόσφατες πλατφόρμες PacBio Sequencing, το Revio για να εγγυάται επαρκή απόδοση αλληλουχίας.
● Ταχύτερος χρόνος περιστροφής, υψηλότερη απόδοση δεδομένων και πιο ακριβή δεδομένα.
● Συμμετείχε σε εκατοντάδες εκδόσεις που βασίζονται στο PacBio με μεγάλη απήχηση.
Απαιτήσεις δειγμάτων
| Τύπος δείγματος | Ποσό | Συγκέντρωση (Qubit®) | Ενταση ΗΧΟΥ | Καθαρότητα | Οι υπολοιποι |
| Γονιδιωματικό DNA | Εξαρτήστε από την Απαίτηση Δεδομένων | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230=1,8-2,5； Καθαρή κορυφή στα 260 nm,χωρίς μολύνσεις | Η συγκέντρωση πρέπει να μετρηθεί με Qubit και Qubit/Nanopore = 0,8-2,5 |
| Ολικό RNA | ≥1,2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5；χωρίς μολύνσεις | Τιμή RIN ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Η προετοιμασία των δειγμάτων
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλουχία
Ανάλυση δεδομένων
παράδοση έργου
1.Εσωτερική απόδοση δεδομένων
Δεδομένα που δημιουργούνται από 63 κύτταρα CCS (από 26 είδη)
| ΔΕΔΟΜΕΝΑ-PacBio-CCS-15 Kb | Μέση τιμή | Μέγιστη | Ελάχ | Διάμεσος |
| Απόδοση - δευτερεύουσες αναγνώσεις (Gb) | 421.12 | 544,27 | 221,38 | 426,58 |
| Yiled - CCS(Gb) | 25,93 | 38,59 | 10,86 | 25.43 |
| Πολυμεράση N50 | 145.651 | 175.430 | 118.118 | 144.689 |
| Υποδιαγράμματα Ν50 | 17.509 | 23.924 | 12.485 | 17.584 |
| CCS N50 | 14.490 | 19.034 | 9.876 | 14.747 |
| Μέσο μήκος-Πολυμεράση | 67.995 | 89.379 | 49.664 | 66.433 |
| Μέσο μήκος-Υποψωμάκια | 15.866 | 21.036 | 11.657 | 16.012 |
| Μέσο μήκος-CCS | 14.489 | 19.074 | 8.575 | 14.655 |
Δεδομένα που δημιουργούνται από 16 κύτταρα CLR (από 76 είδη)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | Μέση τιμή | Μέγιστη | Ελάχ | Διάμεσος |
| Απόδοση - δευτερεύουσες αναγνώσεις (Gb) | 142,20 | 291,40 | 50,55 | 142,49 |
| Πολυμεράση N50 | 39.456 | 121.191 | 15.389 | 35.231 |
| Υποδιαγράμματα Ν50 | 28.490 | 41.012 | 14.430 | 29.063 |
| Μέσο μήκος-Πολυμεράση | 22.063 | 48.886 | 8.747 | 21.555 |
| Μέσο μήκος-Υποψωμάκια | 17.720 | 27.225 | 8.293 | 17.779 |
2.Data QC – DemoΣτατιστικά στοιχεία για την απόδοση δεδομένων
| Δείγμα | ccs Διαβάζει Αριθμ | Σύνολο βάσεων ccs (bp) | ccs Αναγνώσεις N50 (bp) | ccs Μέσο μήκος (bp) | ccs Μεγαλύτερη ανάγνωση (bp) | υποαναγνώσεις Βάσεις (bp) | ποσοστό ccs (%) |
| PB_BMKxxx | 3.444.159 | 54.164.122.586 | 15.728 | 15.726 | 36.110 | 863.326.330.465 | 6.27 |
