16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Πλεονεκτήματα εξυπηρέτησης
● Εκτενείς αναγνώσεις που αποκαλύπτουν πλήρους μήκους ακολουθία 16S/18S/ITS
● Κλήσεις βάσης υψηλής ακρίβειας με αλληλουχία λειτουργίας PacBio CCS
● Ανάλυση σε επίπεδο είδους σε σχολιασμό OTU/ASV
● Το πιο πρόσφατο QIIME2 που αναλύει τη ροή με ποικίλες αναλύσεις από άποψη βάσης δεδομένων, σχολιασμού, OTU/ASV.
● Εφαρμόζεται σε διάφορες μελέτες μικροβιακής κοινότητας
● Η BMK διαθέτει εκτενή εμπειρία με περισσότερα από 100.000 δείγματα/έτος, καλύπτοντας έδαφος, νερό, αέρια, λάσπη, κόπρανα, έντερα, δέρμα, ζωμό ζύμωσης, έντομα, φυτά κ.λπ.
● Το BMKCloud διευκόλυνε την ερμηνεία δεδομένων που περιέχει 45 εξατομικευμένα εργαλεία ανάλυσης
Προδιαγραφές Υπηρεσίας
| ΑλληλουχίαΠλατφόρμα | Βιβλιοθήκη | Προτεινόμενα δεδομένα | Χρόνος ολοκλήρωσης |
| PacBio Sequel II | SMRT-καμπάνα | 5K/10K/20K Ετικέτες | 44 εργάσιμες ημέρες |
Βιοπληροφορικές αναλύσεις
● Έλεγχος ποιότητας ακατέργαστων δεδομένων
● Ομαδοποίηση OTU/De-noise (ASV)
● Σχολιασμός OTU
● Αλφα ποικιλομορφία
● Βήτα ποικιλομορφία
● Ανάλυση μεταξύ ομάδων
● Ανάλυση συσχέτισης έναντι πειραματικών παραγόντων
● Πρόβλεψη γονιδίου λειτουργίας
Απαιτήσεις δειγμάτων και παράδοση
Απαιτήσεις δειγμάτων:
ΓιαΕκχυλίσματα DNA:
| Τύπος δείγματος | Ποσό | Συγκέντρωση | Καθαρότητα |
| Εκχυλίσματα DNA | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Για περιβαλλοντικά δείγματα:
| Τύπος δείγματος | Συνιστώμενη διαδικασία δειγματοληψίας |
| Εδαφος | Ποσότητα δειγματοληψίας: περίπου.5 g;Η εναπομείνασα μαραμένη ουσία πρέπει να αφαιρεθεί από την επιφάνεια.Τρίψτε μεγάλα κομμάτια και περάστε από φίλτρο 2 mm.Δείγματα δειγμάτων σε αποστειρωμένο EP-σωλήνα ή cyrotube για κράτηση. |
| Περιττώματα | Ποσότητα δειγματοληψίας: περίπου.5 g;Συλλέξτε και αποσπάστε δείγματα σε αποστειρωμένο σωλήνα EP ή κρυοσωλήνα για κράτηση. |
| Εντερικό περιεχόμενο | Τα δείγματα πρέπει να υποβάλλονται σε επεξεργασία υπό άσηπτες συνθήκες.Πλύνετε τον συλλεγμένο ιστό με PBS.Φυγοκεντρήστε το PBS και συλλέξτε το ίζημα σε σωλήνες EP. |
| Λάσπη | Ποσότητα δειγματοληψίας: περίπου.5 g;Συλλέξτε και κατανεμήστε δείγμα ιλύος σε αποστειρωμένο σωλήνα EP ή κρυοσωλήνα για κράτηση |
| Υδάτινο σώμα | Για δείγμα με περιορισμένη ποσότητα μικροβίων, όπως νερό βρύσης, νερό πηγαδιού κ.λπ., Συλλέξτε τουλάχιστον 1 L νερό και περάστε από φίλτρο 0,22 μm για να εμπλουτίσετε τα μικροβιακά στη μεμβράνη.Αποθηκεύστε τη μεμβράνη σε αποστειρωμένο σωλήνα. |
| Δέρμα | Ξύστε προσεκτικά την επιφάνεια του δέρματος με αποστειρωμένο βαμβάκι ή χειρουργική λεπίδα και τοποθετήστε το σε αποστειρωμένο σωληνάριο. |
Συνιστώμενη παράδοση δειγμάτων
Καταψύξτε τα δείγματα σε υγρό άζωτο για 3-4 ώρες και αποθηκεύστε σε υγρό άζωτο ή -80 βαθμούς έως μακροχρόνια κράτηση.Απαιτείται αποστολή δειγμάτων με ξηρό πάγο.
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Παράδοση δειγμάτων
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλουχία
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
1.Ποσοστό σχολιασμού προφίλ μικροβιακής κοινότητας βάσει V3+V4(Illumina) έναντι προφίλ βασισμένου σε πλήρους μήκους (PacBio).
(Τα δεδομένα 30 έργων που επιλέχθηκαν τυχαία εφαρμόστηκαν για στατιστικές)
2. Ρυθμός σχολιασμού αλληλουχίας αμπλικονίου πλήρους μήκους σε επίπεδο είδους σε διαφορετικούς τύπους δειγμάτων
3.Κατανομή ειδών
4.Φυλογενετικό δέντρο
Θήκη BMK
Η έκθεση σε αρσενικό προκαλεί βλάβη στον εντερικό φραγμό και επακόλουθη ενεργοποίηση του άξονα εντέρου-ήπατος που οδηγεί σε φλεγμονή και πυρόπτωση του ήπατος στις πάπιες
Δημοσίευσε:Επιστήμη του Συνολικού Περιβάλλοντος,2021
Στρατηγική αλληλουχίας:
Δείγματα: Ομάδα ελέγχου έναντι 8 mg/kg εκτεθειμένης σε ATO
Απόδοση δεδομένων αλληλουχίας: 102.583 ακατέργαστες αλληλουχίες CCS συνολικά
Έλεγχος: 54.518 ± 747 αποτελεσματικό CCS
Εκτεθειμένο σε ATO: 45.050 ± 1675 αποτελεσματικό CCS
Βασικά αποτελέσματα
Αλφα ποικιλομορφία:Η έκθεση σε ATO άλλαξε σημαντικά τον μικροβιακό πλούτο και την ποικιλομορφία του εντέρου στις πάπιες.
Ανάλυση μεταστατικών:
Σε επίπεδο φυλής: 2 βακτηριακές φυλές ανιχνεύθηκαν μόνο σε ομάδες ελέγχου
Σε επίπεδο γένους: 6 γένη βρέθηκαν σημαντικά διαφορετικά σε σχετική αφθονία
Σε επίπεδο είδους: 36 είδη ταυτοποιήθηκαν συνολικά, με 6 από αυτά να διαφέρουν σημαντικά σε αναγεννητική αφθονία
Αναφορά
Thingholm, LB, et al.«Τα παχύσαρκα άτομα με και χωρίς διαβήτη τύπου 2 παρουσιάζουν διαφορετική μικροβιακή λειτουργική ικανότητα και σύνθεση του εντέρου».Cell Host & Microbe26.2 (2019).
