16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Πλεονεκτήματα εξυπηρέτησης
● Χωρίς απομόνωση και ταχεία ταυτοποίηση της μικροβιακής σύνθεσης σε περιβαλλοντικά δείγματα
● Υψηλή ανάλυση σε εξαρτήματα χαμηλής αφθονίας σε περιβαλλοντικά δείγματα
● Το πιο πρόσφατο QIIME2 που αναλύει τη ροή με ποικίλες αναλύσεις από άποψη βάσης δεδομένων, σχολιασμού, OTU/ASV.
● Υψηλή απόδοση, υψηλότερη ακρίβεια
● Εφαρμόζεται σε διάφορες μελέτες μικροβιακής κοινότητας
● Η BMK διαθέτει εκτενή εμπειρία με περισσότερα από 100.000 δείγματα/έτος, καλύπτοντας έδαφος, νερό, αέρια, λάσπη, κόπρανα, έντερα, δέρμα, ζωμό ζύμωσης, έντομα, φυτά κ.λπ.
● Το BMKCloud διευκόλυνε την ερμηνεία δεδομένων που περιέχει 45 εξατομικευμένα εργαλεία ανάλυσης
Προδιαγραφές Υπηρεσίας
| ΑλληλουχίαΠλατφόρμα | Βιβλιοθήκη | Συνιστώμενη απόδοση δεδομένων | Εκτιμώμενος χρόνος περιστροφής |
| Πλατφόρμα Illumina NovaSeq | PE250 | 50K/100K/300K Ετικέτες | 30 μέρες |
Βιοπληροφορικές αναλύσεις
● Έλεγχος ποιότητας ακατέργαστων δεδομένων
● Ομαδοποίηση OTU/De-noise (ASV)
● Σχολιασμός OTU
● Αλφα ποικιλομορφία
● Βήτα ποικιλομορφία
● Ανάλυση μεταξύ ομάδων
● Ανάλυση συσχέτισης έναντι πειραματικών παραγόντων
● Πρόβλεψη γονιδίου λειτουργίας
Απαιτήσεις δειγμάτων και παράδοση
Απαιτήσεις δειγμάτων:
ΓιαΕκχυλίσματα DNA:
| Τύπος δείγματος | Ποσό | Συγκέντρωση | Καθαρότητα |
| Εκχυλίσματα DNA | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Για περιβαλλοντικά δείγματα:
| Τύπος δείγματος | Συνιστώμενη διαδικασία δειγματοληψίας |
| Εδαφος | Ποσότητα δειγματοληψίας: περίπου.5 g;Η εναπομείνασα μαραμένη ουσία πρέπει να αφαιρεθεί από την επιφάνεια.Τρίψτε μεγάλα κομμάτια και περάστε από φίλτρο 2 mm.Δείγματα δειγμάτων σε αποστειρωμένο EP-σωλήνα ή cyrotube για κράτηση. |
| Περιττώματα | Ποσότητα δειγματοληψίας: περίπου.5 g;Συλλέξτε και αποσπάστε δείγματα σε αποστειρωμένο σωλήνα EP ή κρυοσωλήνα για κράτηση. |
| Εντερικό περιεχόμενο | Τα δείγματα πρέπει να υποβάλλονται σε επεξεργασία υπό άσηπτες συνθήκες.Πλύνετε τον συλλεγμένο ιστό με PBS.Φυγοκεντρήστε το PBS και συλλέξτε το ίζημα σε σωλήνες EP. |
| Λάσπη | Ποσότητα δειγματοληψίας: περίπου.5 g;Συλλέξτε και κατανεμήστε δείγμα ιλύος σε αποστειρωμένο σωλήνα EP ή κρυοσωλήνα για κράτηση |
| Υδάτινο σώμα | Για δείγμα με περιορισμένη ποσότητα μικροβίων, όπως νερό βρύσης, νερό πηγαδιού κ.λπ., Συλλέξτε τουλάχιστον 1 L νερό και περάστε από φίλτρο 0,22 μm για να εμπλουτίσετε τα μικροβιακά στη μεμβράνη.Αποθηκεύστε τη μεμβράνη σε αποστειρωμένο σωλήνα. |
| Δέρμα | Ξύστε προσεκτικά την επιφάνεια του δέρματος με αποστειρωμένο βαμβάκι ή χειρουργική λεπίδα και τοποθετήστε το σε αποστειρωμένο σωληνάριο. |
Συνιστώμενη παράδοση δειγμάτων
Καταψύξτε τα δείγματα σε υγρό άζωτο για 3-4 ώρες και αποθηκεύστε σε υγρό άζωτο ή -80 βαθμούς έως μακροχρόνια κράτηση.Απαιτείται αποστολή δειγμάτων με ξηρό πάγο.
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Παράδοση δειγμάτων
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλουχία
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
1.Κατανομή ειδών
2.Χάρτης θερμότητας: Συστάδες πλούτου ειδών
3.Σπάνια καμπύλη φατρίας
4.Ανάλυση NMDS
5.Ανάλυση Lefse
Θήκη BMK
Τα παχύσαρκα άτομα με και χωρίς διαβήτη τύπου 2 παρουσιάζουν διαφορετική μικροβιακή λειτουργική ικανότητα και σύνθεση του εντέρου
Δημοσίευσε:Cell Host & Microbe, 2019
Στρατηγική αλληλουχίας:
Άπαχος μη διαβήτης (n=633);Παχύσαρκοι μη διαβήτης (n=494);Παχύσαρκος διαβήτης τύπου 2 (n=153);
Περιοχή στόχος: 16S rDNA V1-V2
Πλατφόρμα: Illumina Miseq (αλληλουχία ενισχυτικού που βασίζεται σε NGS)
Υποσύνολο εκχυλισμάτων DNA υποβλήθηκαν σε μεταγονιδιωματικό προσδιορισμό αλληλουχίας σε Illumina Hiseq
Βασικά αποτελέσματα
Τα μικροβιακά προφίλ αυτών των μεταβολικών ασθενειών διαφοροποιήθηκαν με επιτυχία.
Συγκρίνοντας τα μικροβιακά χαρακτηριστικά που δημιουργούνται από την αλληλουχία 16S, η παχυσαρκία βρέθηκε να σχετίζεται με αλλαγές στη μικροβιακή σύνθεση, μεμονωμένα χαρακτηριστικά, ιδιαίτερα σημαντική μείωση στα Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, κ.λπ. Επιπλέον, η T2D βρέθηκε να σχετίζεται με αύξηση της Escherichia/shigella .
Αναφορά
Thingholm, LB, et al.«Τα παχύσαρκα άτομα με και χωρίς διαβήτη τύπου 2 παρουσιάζουν διαφορετική μικροβιακή λειτουργική ικανότητα και σύνθεση του εντέρου».Cell Host & Microbe26.2 (2019).
