Bisulfit-Sequenzierung mit reduzierter Repräsentation (RRBS)
Leistungsbeschreibung
Plattform: NovaSeq-Plattform, PE150
Bibliothekstyp: 200–400 bp Insert-Bisulfit-behandelte DNA-Bibliothek
Sequenzierungsstrategie: Paired-End 150 bp
Empfohlene Datenausgabe: 10 GB Rohdaten/Probe
Beispielanforderungen
DNA-Menge: ≥ 2ug
DNA-Konzentration: ≥ 20 ng/μl.
Reinheit: OD260/280 = 1,8 bis 2,0 ohne Abbau oder RNA-Kontamination
Bioinformatische Analyse
Service-Workflow
Musterlieferung
Bibliotheksbau
Sequenzierung
Datenanalyse
Kundendienst
a.Referenzstatistiken zur Genomausrichtung
Statistik der Mapping-Lesevorgänge
SStatistiken zur Sequenzierungstiefe und Abdeckung der C-Stelle
Akumulierte Deckung
DVerdauungseffizienz jeder Probe
b.Nachweis der Methylierungsstelle
Liste der Methylierungsgrade an der C-Stelle
BS-Umbau
Methyliertes Cytosin
Verteilung des Methylierungsgrads
c.Methylierungskarte
Genomweit
GEnome-Element
d.Vergleich der Methylierungsgrade zwischen Proben
PAirwise Korrelation der CG-Methylierung
PCA-CG-Methylierung
CGlanz der CG-Methylierung
d.Differentielle Methylierungsanalyse
SStatistiken von DMR
DMR-Längenverteilung
HKarte essen
DMR-Verteilung in der Zielregion
