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Prokaryotische RNA-Sequenzierung

Die prokaryotische RNA-Sequenzierung nutzt Next-Generation-Sequencing (NGS), um das Vorhandensein und die Menge von RNA zu einem bestimmten Zeitpunkt durch die Analyse des sich verändernden zellulären Transkriptoms aufzudecken.Die prokaryotische RNA-Sequenzierung unseres Unternehmens zielt speziell auf Prokaryoten mit Referenzgenomen ab und bietet Ihnen Transkriptomprofilierung, Genstrukturanalyse usw. Sie wird in großem Umfang in der Grundlagenforschung, Arzneimittelforschung und -entwicklung und mehr eingesetzt.

Plattform: Illumina NovaSeq-Plattform

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Servicedetails

Leistungsbeschreibung

Plattform: Illumina NovaSeq-Plattform, PE150

Bibliothekstyp: 350-bp-Insert-cDNA-Bibliothek (abhängig von der Peakverteilung)

Sequenzierungsstrategie: Paired-End 150 bp

Empfohlene Datenmenge: 2 GB Rohdaten/Probe

Bioinformatik

(1) Qualitätskontrolle der Sequenzierungsdaten: Nukleotidverteilung, Basisqualitätsverteilung, Bewertung des rRNA-Verhältnisses;

(2) Sequenz-Alignment-Analyse: Alignment-Ergebnisstatistik, Sättigung der Sequenzierung, Abdeckung der Sequenzierung;

(3) Annotation des Referenzgenoms (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Expressionsanalyse: Expressionsverteilung (mit zwei oder mehr Proben), Analyse der Expression zwischen Proben (Venn-Analyse, Korrelationsanalyse, PCA-Analyse);

(5) Differentialausdrucksanalyse (mit zwei oder mehr Proben);

(6) Gen-Set-Analyse: Venn-Analyse, Cluster-Analyse, Funktionsannotationsanalyse (COG, GO, KEGG), Funktionsanreicherungsanalyse (GO, KEGG), Funktionsanreicherungs-Akkorddiagramm, Ipath-Analyse;

(7) sRNA-Analyse: sRNA-Vorhersage, sRNA-Annotation (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA-Sekundärstrukturvorhersage, sRNA-Zielgenvorhersage;

(8) Analyse der Transkriptstruktur: Operonanalyse, Vorhersage der Start- und Endstellen der Transkription, UTR-Annotation und -Analyse, Vorhersage der Promotorsequenz, SNP/InDel-Analyse (SNP/InDel-Annotation, SNP/InDel-Regionalverteilung, SNP-Statistiken).