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Metatranskriptomsequenzierung
Die Metatranskriptom-Sequenzierung identifiziert die Genexpression von Mikroben (sowohl Eukaryoten als auch Prokaryoten) in natürlichen Umgebungen (z. B. Boden, Wasser, Meer, Kot und Darm). Insbesondere ermöglicht Ihnen dieser Service die Erstellung vollständiger Genexpressionsprofile komplexer mikrobieller Gemeinschaften und taxonomischer Analysen von Arten, funktionelle Anreicherungsanalyse unterschiedlich exprimierter Gene und mehr.
Plattform: Illumina NovaSeq-Plattform
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Pilzgenom
Biomarker-Technologien bieten je nach spezifischem Forschungsziel eine Genomuntersuchung, ein Feingenom und ein vollständiges Genom von Pilzen.Genomsequenzierung, Assemblierung und funktionale Annotation können durch die Kombination von Next-Generation-Sequenzierung und Third-Generation-Sequenzierung erreicht werden, um eine Genomassemblierung auf hohem Niveau zu erreichen.Die Hi-C-Technologie kann auch eingesetzt werden, um die Genomassemblierung auf Chromosomenebene zu erleichtern.
Plattform:PacBio Fortsetzung II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq-Plattform
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Toolkits
BMKCloud ist eine führende bioinformatische Plattform, die eine Komplettlösung für Genomprogramme bietet und von Forschern in verschiedenen Bereichen, darunter Medizin, Landwirtschaft, Umwelt usw., großes Vertrauen genießt. BMKCloud ist bestrebt, integrierte, zuverlässige und effiziente Dienste bereitzustellen, einschließlich bioinformatischer Analyseplattformen und -tools , Computerressourcen, öffentliche Datenbank, bioinformatische Online-Kurse usw. BMKCloud verfügt über verschiedene häufig verwendete bioinformatische Tools, darunter Genannotation, evolutionäre genetische Tools, ncRNA, Datenqualitätskontrolle, Assemblierung, Alignment, Datenextraktion, Mutationen, Statistiken, Figurengenerator, Sequenz Analyse usw.
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Bakterien vervollständigen das Genom
Biomarker Technologies bietet einen Sequenzierungsservice für die Erstellung eines vollständigen Bakteriengenoms ohne Lücken.Der Hauptarbeitsablauf der vollständigen Genomkonstruktion von Bakterien umfasst die Sequenzierung der dritten Generation, den Zusammenbau, die funktionale Annotation und die fortgeschrittene bioinformatische Analyse zur Erfüllung spezifischer Forschungsziele.Eine umfassendere Profilierung des Bakteriengenoms ermöglicht die Aufdeckung grundlegender Mechanismen, die ihren biologischen Prozessen zugrunde liegen, was auch wertvolle Referenzen für Genomforschungen bei höheren eukaryotischen Arten liefern könnte
Plattform:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq-Plattform
PacBio Fortsetzung II
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kleine RNA
Kleine RNAs sind kurze nichtkodierende RNAs mit einer durchschnittlichen Länge von 18–30 nt, einschließlich miRNA, siRNA und piRNA.Es wurde mehrfach berichtet, dass diese kleinen RNAs an verschiedenen biologischen Prozessen wie mRNA-Abbau, Translationshemmung, Heterochromatinbildung usw. beteiligt sind. Die SmallRNA-Sequenzierungsanalyse wurde häufig in Studien zur Tier-/Pflanzenentwicklung, zu Krankheiten, Viren usw. eingesetzt. Kleine RNA Die Sequenzierungsanalyseplattform besteht aus Standardanalyse und erweitertem Data Mining.Auf der Grundlage von RNA-seq-Daten können mit der Standardanalyse miRNA-Identifizierung und -Vorhersage, miRNA-Zielgenvorhersage, Annotation und Expressionsanalyse durchgeführt werden.Die erweiterte Analyse ermöglicht eine maßgeschneiderte miRNA-Suche und -Extraktion, die Erstellung von Venn-Diagrammen sowie den Aufbau von miRNA- und Zielgennetzwerken.
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NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS ist eine Analyseplattform zur Neusequenzierung des gesamten Genoms, die auf der Grundlage umfangreicher Erfahrungen mit Biomarker-Technologien entwickelt wurde.Diese benutzerfreundliche Plattform ermöglicht die schnelle Übermittlung eines integrierten Analyse-Workflows durch einfache Einstellung einiger grundlegender Parameter, die für DNA-Sequenzierungsdaten geeignet ist, die sowohl von der Illumina-Plattform als auch von der BGI-Sequenzierungsplattform generiert wurden.Diese Plattform wird auf einem Hochleistungsrechnerserver bereitgestellt, der eine hocheffiziente Datenanalyse in sehr kurzer Zeit ermöglicht.Personalisiertes Data Mining ist auf der Grundlage von Standardanalysen verfügbar, einschließlich Abfrage nach mutierten Genen, PCR-Primer-Design usw.
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mRNA (Referenz)
Das Transkriptom ist die Verbindung zwischen genomischer genetischer Information und dem Proteom der biologischen Funktion.Die Regulation auf Transkriptionsebene ist die wichtigste und am besten untersuchte Regulationsart von Organismen.Die Transkriptomsequenzierung kann das Transkriptom zu jedem Zeitpunkt und unter jeder Bedingung mit einer auf ein einzelnes Nukleotid genauen Auflösung sequenzieren. Sie kann den Grad der Gentranskription dynamisch widerspiegeln, gleichzeitig seltene und normale Transkripte identifizieren und quantifizieren und die Strukturinformationen davon bereitstellen Beispielspezifische Transkripte.
Gegenwärtig wird die Transkriptom-Sequenzierungstechnologie in großem Umfang in der Agronomie, der Medizin und anderen Forschungsbereichen eingesetzt, einschließlich der Regulierung der Tier- und Pflanzenentwicklung, der Anpassung an die Umwelt, der Immuninteraktion, der Genlokalisierung, der genetischen Evolution von Arten sowie der Erkennung von Tumoren und genetischen Krankheiten.
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Metagenomik (NGS)
Diese Analyseplattform wurde auf der Grundlage jahrelanger Erfahrung für die Analyse metagenomischer Schrotflintendaten entwickelt.Es besteht aus einem integrierten Workflow, der verschiedene häufig benötigte Metagenomikanalysen enthält, einschließlich Datenverarbeitung, Studien auf Artenebene, Studien auf Genfunktionsebene, Metagenom-Binning usw. Darüber hinaus sind maßgeschneiderte Data-Mining-Tools für den Standardanalyse-Workflow verfügbar, einschließlich Gen- und Artenabfragen , Parametereinstellung, personalisierte Figurengenerierung usw.
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LncRNA
Lange nichtkodierende RNAs (lncRNA) sind eine Art Transkripte mit einer Länge von mehr als 200 nt, die keine Proteine kodieren können.Die zunehmenden Beweise deuten darauf hin, dass die meisten lncRNAs höchstwahrscheinlich funktionsfähig sind.Hochdurchsatz-Sequenzierungstechnologien und bioinformatische Analysetools ermöglichen es uns, lncRNA-Sequenzen und Positionierungsinformationen effizienter aufzudecken und lncRNAs mit entscheidenden regulatorischen Funktionen zu entdecken.BMKCloud ist stolz darauf, unseren Kunden eine lncRNA-Sequenzierungsanalyseplattform zur Verfügung zu stellen, um eine schnelle, zuverlässige und flexible lncRNA-Analyse zu ermöglichen.
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GWAS
Die genomweite Assoziationsstudie (GWAS) zielt darauf ab, genetische Varianten (Genotyp) zu identifizieren, die mit bestimmten Merkmalen (Phänotyp) assoziiert sind.GWA-Studien untersuchen genetische Marker im gesamten Genom einer großen Anzahl von Individuen und prognostizieren Genotyp-Phänotyp-Assoziationen durch statistische Analyse auf Populationsebene.Durch die Neusequenzierung des gesamten Genoms können möglicherweise alle genetischen Varianten entdeckt werden.In Verbindung mit phänotypischen Daten kann GWAS verarbeitet werden, um phänotypbezogene SNPs, QTLs und Kandidatengene zu identifizieren, was die moderne Tier-/Pflanzenzüchtung stark unterstützt.SLAF ist eine selbst entwickelte vereinfachte Genomsequenzierungsstrategie, die genomweit verteilte Marker (SNP) entdeckt.Diese SNPs können als molekulargenetische Marker für Assoziationsstudien mit gezielten Merkmalen verarbeitet werden.Es handelt sich um eine kostengünstige Strategie zur Identifizierung komplexer Merkmale, die mit genetischen Variationen verbunden sind.
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Nanoporen-Transkriptomik in voller Länge
Komplexe und variable alternative Isoformen in Organismen sind wichtige genetische Mechanismen zur Regulierung der Genexpression und Proteinvielfalt.Die genaue Identifizierung von Transkriptstrukturen ist die Grundlage für eine eingehende Untersuchung der Muster der Genexpressionsregulation.Die Nanopore-Sequenzierungsplattform hat transkriptomische Studien erfolgreich auf Isoformenebene gebracht.Diese Analyseplattform dient zur Analyse von RNA-Seq-Daten, die auf der Nanopore-Plattform auf Basis des Referenzgenoms generiert wurden, wodurch qualitative und quantitative Analysen sowohl auf Genebene als auch auf Transkriptebene möglich sind.
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circ-RNA
Zirkuläre RNA (circRNA) ist eine Art nichtkodierender RNA, von der kürzlich festgestellt wurde, dass sie eine entscheidende Rolle in regulatorischen Netzwerken spielt, die an Entwicklung, Umweltresistenz usw. beteiligt sind. Sie unterscheidet sich von linearen RNA-Molekülen, z. B. mRNA, lncRNA, 3′ und 5′ Die Enden der circRNA sind zu einer kreisförmigen Struktur verbunden, die sie vor der Verdauung durch Exonuklease schützt und stabiler ist als die meisten linearen RNAs.Es wurde festgestellt, dass CircRNA verschiedene Funktionen bei der Regulierung der Genexpression hat.CircRNA kann als ceRNA fungieren, die miRNA kompetitiv bindet, bekannt als miRNA-Schwamm.Die CircRNA-Sequenzierungsanalyseplattform ermöglicht die Struktur- und Expressionsanalyse von circRNA, die Zielvorhersage und die gemeinsame Analyse mit anderen Arten von RNA-Molekülen
