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Metagenomische Sequenzierung – NGS
Metagenom bezieht sich auf eine Sammlung des gesamten genetischen Materials einer gemischten Organismengemeinschaft, wie z. B. Umweltmetagenom, menschliches Metagenom usw. Es enthält Genome sowohl kultivierbarer als auch nicht kultivierbarer Mikroorganismen.Die metagenomische Sequenzierung ist ein molekulares Werkzeug zur Analyse gemischter genomischer Materialien, die aus Umweltproben extrahiert wurden und detaillierte Informationen zur Artenvielfalt und -häufigkeit, zur Populationsstruktur, zur phylogenetischen Beziehung, zu funktionellen Genen und zum Korrelationsnetzwerk mit Umweltfaktoren liefern.
Plattform:Illumina NovaSeq-Plattform
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Metagenomische Sequenzierung – Nanopore
Metagenomik ist ein molekulares Tool zur Analyse gemischter genomischer Materialien, die aus Umweltproben extrahiert wurden und detaillierte Informationen zu Artenvielfalt und -häufigkeit, Populationsstruktur, phylogenetischer Beziehung, funktionellen Genen und Korrelationsnetzwerken mit Umweltfaktoren usw. liefern. Kürzlich wurden Nanoporen-Sequenzierungsplattformen eingeführt zu metagenomischen Studien.Seine herausragende Leistung bei der Leselänge verbesserte die nachgelagerte metagenomische Analyse, insbesondere die Metagenomassemblierung, erheblich.Unter Nutzung der Vorteile der Leselänge ist die auf Nanoporen basierende Metagenomikstudie im Vergleich zur Schrotflinten-Metagenomik in der Lage, eine kontinuierlichere Assemblierung zu erreichen.Es wurde veröffentlicht, dass die auf Nanoporen basierende Metagenomik erfolgreich vollständige und geschlossene Bakteriengenome aus Mikrobiomen generierte (Moss, EL, et. al,Naturbiotechnologie, 2020)
Plattform:Nanopore PromethION P48
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16S/18S/ITS-Amplikonsequenzierung-PacBio
Die Untereinheit der 16S- und 18S-rRNA, die sowohl hochkonservierte als auch hypervariable Regionen enthält, ist ein perfekter molekularer Fingerabdruck für die Identifizierung prokaryotischer und eukaryotischer Organismen.Durch die Nutzung der Sequenzierung können diese Amplikons auf der Grundlage der konservierten Teile gezielt angesteuert werden und die hypervariablen Regionen können zur mikrobiellen Identifizierung vollständig charakterisiert werden, was zu Studien beiträgt, die die Analyse der mikrobiellen Diversität, Taxonomie, Phylogenie usw. abdecken. Einzelmolekül-Echtzeit (SMRT). ) Die Sequenzierung der PacBio-Plattform ermöglicht das Erhalten hochpräziser langer Lesevorgänge, die Amplifikate voller Länge (ca. 1,5 Kb) abdecken könnten.Die erweiterte Sicht auf das genetische Feld verbesserte die Auflösung bei der Artenanmerkung in Bakterien- oder Pilzgemeinschaften erheblich.
Plattform:PacBio Fortsetzung II
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16S/18S/ITS-Amplikon-Sequenzierung-NGS
Die 16S/18S/ITS-Amplikonsequenzierung zielt darauf ab, Phylogenie, Taxonomie und Artenhäufigkeit in einer mikrobiellen Gemeinschaft aufzudecken, indem PCR-Produkte von Housekeeping-Genmarkern untersucht werden, die sowohl hochkonversierte als auch hypervariable Teile enthalten.Die Einführung dieses perfekten molekularen Fingerabdrucks durch Woeses et al. (1977) ermöglicht eine isolationsfreie Mikrobiom-Profilierung.Die Sequenzierung von 16S (Bakterien), 18S (Pilze) und internen transkribierten Spacern (ITS, Pilze) ermöglicht die Identifizierung sowohl häufiger Arten als auch seltener und nicht identifizierter Arten.Diese Technologie hat sich zu einem weit verbreiteten und wichtigen Instrument zur Identifizierung der unterschiedlichen mikrobiellen Zusammensetzung in verschiedenen Umgebungen entwickelt, beispielsweise im menschlichen Mund, im Darm, im Kot usw.
Plattform:Illumina NovaSeq-Plattform
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Neusequenzierung des gesamten Genoms von Bakterien und Pilzen
Die Neusequenzierung des Gesamtgenoms von Bakterien und Pilzen ist ein wichtiges Instrument zur Vervollständigung der Genome bekannter Bakterien und Pilze sowie zum Vergleich mehrerer Genome oder zur Kartierung der Genome neuer Organismen.Es ist von großer Bedeutung, komplette Genome von Bakterien und Pilzen zu sequenzieren, um genaue Referenzgenome zu erstellen, mikrobielle Identifizierung und andere vergleichende Genomstudien durchzuführen.
Plattform:Illumina NovaSeq-Plattform
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Metatranskriptomsequenzierung
Die Metatranskriptom-Sequenzierung identifiziert die Genexpression von Mikroben (sowohl Eukaryoten als auch Prokaryoten) in natürlichen Umgebungen (z. B. Boden, Wasser, Meer, Kot und Darm). Insbesondere ermöglicht Ihnen dieser Service die Erstellung vollständiger Genexpressionsprofile komplexer mikrobieller Gemeinschaften und taxonomischer Analysen von Arten, funktionelle Anreicherungsanalyse unterschiedlich exprimierter Gene und mehr.
Plattform: Illumina NovaSeq-Plattform
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Pilzgenom
Biomarker-Technologien bieten je nach spezifischem Forschungsziel eine Genomuntersuchung, ein Feingenom und ein vollständiges Genom von Pilzen.Genomsequenzierung, Assemblierung und funktionale Annotation können durch die Kombination von Next-Generation-Sequenzierung und Third-Generation-Sequenzierung erreicht werden, um eine Genomassemblierung auf hohem Niveau zu erreichen.Die Hi-C-Technologie kann auch eingesetzt werden, um die Genomassemblierung auf Chromosomenebene zu erleichtern.
Plattform:PacBio Fortsetzung II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq-Plattform
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Bakterien vervollständigen das Genom
Biomarker Technologies bietet einen Sequenzierungsservice für die Erstellung eines vollständigen Bakteriengenoms ohne Lücken.Der Hauptarbeitsablauf der vollständigen Genomkonstruktion von Bakterien umfasst die Sequenzierung der dritten Generation, den Zusammenbau, die funktionale Annotation und die fortgeschrittene bioinformatische Analyse zur Erfüllung spezifischer Forschungsziele.Eine umfassendere Profilierung des Bakteriengenoms ermöglicht die Aufdeckung grundlegender Mechanismen, die ihren biologischen Prozessen zugrunde liegen, was auch wertvolle Referenzen für Genomforschungen bei höheren eukaryotischen Arten liefern könnte
Plattform:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq-Plattform
PacBio Fortsetzung II
