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PacBio – 16S/18S/ITS-Amplikonsequenzierung in voller Länge
Die Amplicon-Plattform (16S/18S/ITS) wurde mit jahrelanger Erfahrung in der Projektanalyse der mikrobiellen Diversität entwickelt und umfasst standardisierte Basisanalysen und personalisierte Analysen: Die Basisanalyse deckt den Mainstream-Analyseinhalt der aktuellen mikrobiellen Forschung ab, der Analyseinhalt ist reichhaltig und umfassend. und Analyseergebnisse werden in Form von Projektberichten präsentiert;Die Inhalte der personalisierten Analyse sind vielfältig.Je nach grundlegendem Analysebericht und Forschungszweck können Proben ausgewählt und Parameter flexibel eingestellt werden, um individuelle Anforderungen zu erfüllen.Windows-Betriebssystem, einfach und schnell.
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PacBio-Transkriptom in voller Länge (keine Referenz)
Mithilfe der Isoform-Sequenzierungsdaten von Pacific Biosciences (PacBio) als Eingabe ist diese App in der Lage, Transkriptsequenzen in voller Länge (ohne Assemblierung) zu identifizieren.Durch die Kartierung von Sequenzen voller Länge gegen das Referenzgenom können Transkripte durch bekannte Gene, Transkripte, kodierende Regionen usw. optimiert werden. In diesem Fall kann eine genauere Identifizierung von mRNA-Strukturen, wie z. B. alternatives Spleißen usw., erreicht werden.Die gemeinsame Analyse mit NGS-Transkriptomsequenzierungsdaten ermöglicht eine umfassendere Annotation und eine genauere Quantifizierung der Expression auf Transkriptebene, was der nachgelagerten differenziellen Expression und Funktionsanalyse weitgehend zugute kommt.
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Toolkits
BMKCloud ist eine führende bioinformatische Plattform, die eine Komplettlösung für Genomprogramme bietet und von Forschern in verschiedenen Bereichen, darunter Medizin, Landwirtschaft, Umwelt usw., großes Vertrauen genießt. BMKCloud ist bestrebt, integrierte, zuverlässige und effiziente Dienste bereitzustellen, einschließlich bioinformatischer Analyseplattformen und -tools , Computerressourcen, öffentliche Datenbank, bioinformatische Online-Kurse usw. BMKCloud verfügt über verschiedene häufig verwendete bioinformatische Tools, darunter Genannotation, evolutionäre genetische Tools, ncRNA, Datenqualitätskontrolle, Assemblierung, Alignment, Datenextraktion, Mutationen, Statistiken, Figurengenerator, Sequenz Analyse usw.
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kleine RNA
Kleine RNAs sind kurze nichtkodierende RNAs mit einer durchschnittlichen Länge von 18–30 nt, einschließlich miRNA, siRNA und piRNA.Es wurde mehrfach berichtet, dass diese kleinen RNAs an verschiedenen biologischen Prozessen wie mRNA-Abbau, Translationshemmung, Heterochromatinbildung usw. beteiligt sind. Die SmallRNA-Sequenzierungsanalyse wurde häufig in Studien zur Tier-/Pflanzenentwicklung, zu Krankheiten, Viren usw. eingesetzt. Kleine RNA Die Sequenzierungsanalyseplattform besteht aus Standardanalyse und erweitertem Data Mining.Auf der Grundlage von RNA-seq-Daten können mit der Standardanalyse miRNA-Identifizierung und -Vorhersage, miRNA-Zielgenvorhersage, Annotation und Expressionsanalyse durchgeführt werden.Die erweiterte Analyse ermöglicht eine maßgeschneiderte miRNA-Suche und -Extraktion, die Erstellung von Venn-Diagrammen sowie den Aufbau von miRNA- und Zielgennetzwerken.
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NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS ist eine Analyseplattform zur Neusequenzierung des gesamten Genoms, die auf der Grundlage umfangreicher Erfahrungen mit Biomarker-Technologien entwickelt wurde.Diese benutzerfreundliche Plattform ermöglicht die schnelle Übermittlung eines integrierten Analyse-Workflows durch einfache Einstellung einiger grundlegender Parameter, die für DNA-Sequenzierungsdaten geeignet ist, die sowohl von der Illumina-Plattform als auch von der BGI-Sequenzierungsplattform generiert wurden.Diese Plattform wird auf einem Hochleistungsrechnerserver bereitgestellt, der eine hocheffiziente Datenanalyse in sehr kurzer Zeit ermöglicht.Personalisiertes Data Mining ist auf der Grundlage von Standardanalysen verfügbar, einschließlich Abfrage nach mutierten Genen, PCR-Primer-Design usw.
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mRNA (Referenz)
Das Transkriptom ist die Verbindung zwischen genomischer genetischer Information und dem Proteom der biologischen Funktion.Die Regulation auf Transkriptionsebene ist die wichtigste und am besten untersuchte Regulationsart von Organismen.Die Transkriptomsequenzierung kann das Transkriptom zu jedem Zeitpunkt und unter jeder Bedingung mit einer auf ein einzelnes Nukleotid genauen Auflösung sequenzieren. Sie kann den Grad der Gentranskription dynamisch widerspiegeln, gleichzeitig seltene und normale Transkripte identifizieren und quantifizieren und die Strukturinformationen davon bereitstellen Beispielspezifische Transkripte.
Gegenwärtig wird die Transkriptom-Sequenzierungstechnologie in großem Umfang in der Agronomie, der Medizin und anderen Forschungsbereichen eingesetzt, einschließlich der Regulierung der Tier- und Pflanzenentwicklung, der Anpassung an die Umwelt, der Immuninteraktion, der Genlokalisierung, der genetischen Evolution von Arten sowie der Erkennung von Tumoren und genetischen Krankheiten.
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Metagenomik (NGS)
Diese Analyseplattform wurde auf der Grundlage jahrelanger Erfahrung für die Analyse metagenomischer Schrotflintendaten entwickelt.Es besteht aus einem integrierten Workflow, der verschiedene häufig benötigte Metagenomikanalysen enthält, einschließlich Datenverarbeitung, Studien auf Artenebene, Studien auf Genfunktionsebene, Metagenom-Binning usw. Darüber hinaus sind maßgeschneiderte Data-Mining-Tools für den Standardanalyse-Workflow verfügbar, einschließlich Gen- und Artenabfragen , Parametereinstellung, personalisierte Figurengenerierung usw.
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LncRNA
Lange nichtkodierende RNAs (lncRNA) sind eine Art Transkripte mit einer Länge von mehr als 200 nt, die keine Proteine kodieren können.Die zunehmenden Beweise deuten darauf hin, dass die meisten lncRNAs höchstwahrscheinlich funktionsfähig sind.Hochdurchsatz-Sequenzierungstechnologien und bioinformatische Analysetools ermöglichen es uns, lncRNA-Sequenzen und Positionierungsinformationen effizienter aufzudecken und lncRNAs mit entscheidenden regulatorischen Funktionen zu entdecken.BMKCloud ist stolz darauf, unseren Kunden eine lncRNA-Sequenzierungsanalyseplattform zur Verfügung zu stellen, um eine schnelle, zuverlässige und flexible lncRNA-Analyse zu ermöglichen.
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GWAS
Die genomweite Assoziationsstudie (GWAS) zielt darauf ab, genetische Varianten (Genotyp) zu identifizieren, die mit bestimmten Merkmalen (Phänotyp) assoziiert sind.GWA-Studien untersuchen genetische Marker im gesamten Genom einer großen Anzahl von Individuen und prognostizieren Genotyp-Phänotyp-Assoziationen durch statistische Analyse auf Populationsebene.Durch die Neusequenzierung des gesamten Genoms können möglicherweise alle genetischen Varianten entdeckt werden.In Verbindung mit phänotypischen Daten kann GWAS verarbeitet werden, um phänotypbezogene SNPs, QTLs und Kandidatengene zu identifizieren, was die moderne Tier-/Pflanzenzüchtung stark unterstützt.SLAF ist eine selbst entwickelte vereinfachte Genomsequenzierungsstrategie, die genomweit verteilte Marker (SNP) entdeckt.Diese SNPs können als molekulargenetische Marker für Assoziationsstudien mit gezielten Merkmalen verarbeitet werden.Es handelt sich um eine kostengünstige Strategie zur Identifizierung komplexer Merkmale, die mit genetischen Variationen verbunden sind.
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Nanoporen-Transkriptomik in voller Länge
Komplexe und variable alternative Isoformen in Organismen sind wichtige genetische Mechanismen zur Regulierung der Genexpression und Proteinvielfalt.Die genaue Identifizierung von Transkriptstrukturen ist die Grundlage für eine eingehende Untersuchung der Muster der Genexpressionsregulation.Die Nanopore-Sequenzierungsplattform hat transkriptomische Studien erfolgreich auf Isoformenebene gebracht.Diese Analyseplattform dient zur Analyse von RNA-Seq-Daten, die auf der Nanopore-Plattform auf Basis des Referenzgenoms generiert wurden, wodurch qualitative und quantitative Analysen sowohl auf Genebene als auch auf Transkriptebene möglich sind.
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circ-RNA
Zirkuläre RNA (circRNA) ist eine Art nichtkodierender RNA, von der kürzlich festgestellt wurde, dass sie eine entscheidende Rolle in regulatorischen Netzwerken spielt, die an Entwicklung, Umweltresistenz usw. beteiligt sind. Sie unterscheidet sich von linearen RNA-Molekülen, z. B. mRNA, lncRNA, 3′ und 5′ Die Enden der circRNA sind zu einer kreisförmigen Struktur verbunden, die sie vor der Verdauung durch Exonuklease schützt und stabiler ist als die meisten linearen RNAs.Es wurde festgestellt, dass CircRNA verschiedene Funktionen bei der Regulierung der Genexpression hat.CircRNA kann als ceRNA fungieren, die miRNA kompetitiv bindet, bekannt als miRNA-Schwamm.Die CircRNA-Sequenzierungsanalyseplattform ermöglicht die Struktur- und Expressionsanalyse von circRNA, die Zielvorhersage und die gemeinsame Analyse mit anderen Arten von RNA-Molekülen
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BSA
Die Bulked Segregant Analysis-Plattform besteht aus einer einstufigen Standardanalyse und einer erweiterten Analyse mit benutzerdefinierten Parametereinstellungen.BSA ist eine Technik zur schnellen Identifizierung phänotypischer genetischer Marker.Der Hauptarbeitsablauf von BSA umfasst: 1. Auswahl zweier Gruppen von Individuen mit äußerst gegensätzlichen Phänotypen;2. Zusammenfassen der DNA, RNA oder SLAF-seq (entwickelt von Biomarker) aller Individuen, um zwei DNA-Massen zu bilden;3. Identifizierung von Differenzsequenzen im Vergleich zum Referenzgenom oder dazwischen, 4. Vorhersage verknüpfter Kandidatenregionen durch ED- und SNP-Index-Algorithmus;5. Funktionsanalyse und Anreicherung von Genen in Kandidatenregionen usw. Eine erweiterte Datenauswertung, einschließlich genetischer Marker-Screening und Primer-Design, ist ebenfalls verfügbar.
