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Nanoporenbasierte Transkriptomsequenzierung in voller Länge

Die Nanoporensequenzierung unterscheidet sich von anderen Sequenzierungsplattformen dadurch, dass die Nukleotide direkt ohne DNA-Synthese abgelesen werden und lange Lesevorgänge mit mehreren zehn Kilobasen generiert werden.Dies ermöglicht das direkte Vorlesen vollständiger Transkripte und die Bewältigung der Herausforderungen in transkriptomischen Studien.

√ Geringe sequenzspezifische Verzerrung

√ Auslesen der cDNA in voller Länge für Genstrukturstudien

√ Weniger Daten erforderlich, um die gleiche Anzahl von Transkripten abzudecken

√ Identifizierung mehrerer Isoformen pro Gen

√ Expressionsquantifizierung auf Isoformenebene

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Typische Bioinformatik-Pipeline

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Neueste erfolgreiche Fälle mit Biomarker-Technologien

1. Vergleichende Analysen von Transkriptomen voller Länge zeigen die Entwicklungsdynamik des Gnetum luofuense-Stamms

Zeitschrift: Grenzen der Genetik

Veröffentlicht: März 2021

Schlüsselwörter: MinION |Alternatives Spleißen |APA |lncRNA |Differenziell ausgedrückte Transkripte

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2. Unidirektionale Bewegung kleiner RNAs von Trieben zu Wurzeln in interspezifischen Heterotransplantaten

Zeitschrift: Naturpflanzen

Veröffentlicht: Januar 2021

Schlüsselwörter: Nanopore |Illumina |mobiler mRNA-Nachweis in voller Länge

3. Die vollständige Transkriptomanalyse von Spargelwurzeln enthüllt den molekularen Mechanismus der durch arbuskuläre Mykorrhizapilze induzierten Salztoleranz

Zeitschrift: Umwelt- und experimentelle Botanik

Veröffentlicht: Januar 2021

Schlüsselwörter: MinION |Differentiell ausgedrückte Transkripte |Transkriptionsfaktoren |Alternatives Spleißen

4. Physiologische charakteristische Veränderungen und vollständiges Transkriptom von Wurzeln und Blättern der Rose (Rosa chinensis) als Reaktion auf Trockenstress

Zeitschrift: Pflanzen- und Zellphysiologie

Veröffentlicht: Okt. 2020

Schlüsselwörter: PromethION |Differentiell ausgedrückte Transkripte |Funktionelle Vorhersage |Gespleißte Isoformen |TF und lncRNA

5. Analyse und umfassender Vergleich von PacBio und nanoporenbasierter RNA-Sequenzierung des Arabidopsis-Transkriptoms

Zeitschrift: Pflanzenmethode

Veröffentlicht: April 2020

Schlüsselwörter: GridION |PromethION |PacBio-Fortsetzung |Illumina NovaSeq |Genomausrichtung |Transkriptidentifizierung |Alternatives Spleißen |SSR |LncRNA |Isoformenquantifizierung

Neuigkeiten und Highlights Ziel ist es, die neuesten erfolgreichen Fälle mit Biomarker-Technologien zu teilen und neue wissenschaftliche Errungenschaften sowie herausragende Techniken, die während der Studie angewendet wurden, zu erfassen.


Zeitpunkt der Veröffentlichung: 08.01.2022

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