Zusammenbau des T2T-Genoms, lückenfreies Genom
1stZwei Reisgenome1
Titel: Assemblierung und Validierung von zwei lückenfreien Referenzgenomen für Xian/Indica-Reis enthüllt Einblicke in die Zentromerarchitektur von Pflanzen
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Zeitpunkt der Veröffentlichung: 01. Januar 2021.
Institut: Huazhong Agricultural University, China
Materialien
O. sativa xian/indicaReissorten „Zhenshan 97 (ZS97)“ und „Minghui 63 (MH63)“
Sequenzierungsstrategie
NGS-Lesungen + HiFi-Lesungen + CLR-Lesungen + BioNano + Hi-C
Daten:
ZS97: 8,34 GB (~23x) HiFi-Lesungen + 48,39 GB (~131x) CLR-Lesungen + 25 GB (~69x) NGS + 2 BioNano Irys-Zellen
MH63: 37,88 GB (~103x) HiFi-Lesevorgänge + 48,97 GB (~132x) CLR-Lesevorgänge + 28 GB (~76x) NGS + 2 BioNano Irys-Zellen
Abbildung 1 Zwei lückenlose Reisgenome (MH63 und ZS97)
2ndBananengenom2
Titel: Lückenlose Telomer-zu-Telomer-Chromosomen von Bananen mittels Nanoporensequenzierung
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Zeitpunkt der Veröffentlichung: 17. April 2021.
Institut: Université Paris-Saclay, Frankreich
Materialien
Doppelt haploidMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Sequenzierungsstrategie und Daten:
HiSeq2500 PE250-Modus + MinION/PromethION (93 GB, ~200X) + optische Karte (DLE-1 + BspQ1)
Tabelle 1 Vergleich der Genomassemblierungen von Musa acuminata (DH-Pahang).
Abbildung 2 Vergleich der Musa-Genomarchitektur
3rdGenom von Phaeodactylum tricornutum3
Titel: Telomer-zu-Telomer-Genomassemblierung vonP
Haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Zeitpunkt der Veröffentlichung: 4. Mai 2021
Institut: Western University, Kanada
Materialien
Phaeodactylum tricornutum(Kultursammlung von Algen und Protozoen CCAP 1055/1)
Sequenzierungsstrategie und Daten:
1 Oxford Nanopore minION-Durchflusszelle + ein 2×75 Paired-End-NextSeq 550-Lauf mit mittlerer Leistung
Abbildung 3 Arbeitsablauf für die Telomer-zu-Telomer-Genomassemblierung
4thMenschliches CHM13-Genom4
Titel: Die vollständige Sequenz eines menschlichen Genoms
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Zeitpunkt der Veröffentlichung: 27. Mai 2021
Institut: National Institutes of Health (NIH), USA
Materialien: Zelllinie CHM13
Sequenzierungsstrategie und Daten:
30× PacBio Circular Consensus Sequencing (HiFi), 120× Oxford Nanopore Ultra-Long Read Sequencing, 100× Illumina PCR-Free Sequencing (ILMN), 70× Illumina/Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano Optical Maps, und Strand-seq
Tabelle 2 Vergleich der menschlichen Genomanordnungen GRCh38 und T2T-CHM13
Referenz
1.Sergey Nurk et al.Die vollständige Sequenz eines menschlichen Genoms.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. Caroline Belser et al.Lückenlose Telomer-zu-Telomer-Chromosomen von Bananen mittels Nanoporensequenzierung.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Telomer-zu-Telomer-Genomassemblierung von Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Jia-Ming Song et al.Zusammenbau und Validierung von zwei lückenfreien Referenzgenomen für Xian/Indica-Reis geben Einblicke in die Zentromerarchitektur von Pflanzen.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Zeitpunkt der Veröffentlichung: 06.01.2022