Lange nichtkodierende Sequenzierung – Illumina
Servicevorteile
● Servicevorteile
● Zell- und gewebespezifisch
● Spezifische Phase bringt dynamische Ausdrucksveränderungen zum Ausdruck und präsentiert sie
● Präzise Muster des zeitlichen und räumlichen Ausdrucks
● Gemeinsame Analyse mit mRNA-Daten.
● BMKCloud-basierte Ergebnisbereitstellung: Maßgeschneidertes Data-Mining auf der Plattform verfügbar.
● Kundendienstleistungen gültig für 3 Monate nach Projektabschluss
Musteranforderungen und Lieferung
| Bibliothek | Plattform | Empfohlene Daten | Daten-QC |
| rRNA-Depletion | Illumina PE150 | 10 GB | Q30≥85 % |
| Konz. (ng/μl) | Menge (μg) | Reinheit | Integrität |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begrenzte oder keine Protein- oder DNA-Kontamination auf dem Gel sichtbar. | Für Pflanzen: RIN≥6,5; Für Tiere: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrenzte oder keine Grundlinienhöhe |
Nukleotide:
Gewebe: Gewicht (trocken): ≥1 g
*Für Gewebe mit weniger als 5 mg empfehlen wir, schockgefrorene (in flüssigem Stickstoff) Gewebeproben einzusenden.
Zellsuspension: Zellzahl = 3×107
*Wir empfehlen den Versand von gefrorenem Zelllysat.Für den Fall, dass die Zellenzahl kleiner als 5×10 ist5Es wird empfohlen, in flüssigem Stickstoff schockgefrostet zu werden.
Blutproben:
PA×geneBloodRNATube;
6 mlTRIzol und 2 ml Blut (TRIzol:Blut=3:1)
Empfohlene Musterlieferung
Behälter: 2 ml Zentrifugenröhrchen (Alufolie wird nicht empfohlen)
Probenbeschriftung: Gruppe+Replikation, z. B. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Sendung:
1. Trockeneis: Proben müssen in Beutel verpackt und in Trockeneis vergraben werden.
2.RNAstable-Röhrchen: RNA-Proben können in RNA-Stabilisierungsröhrchen (z. B. RNAstable®) getrocknet und bei Raumtemperatur versendet werden.
Service-Workflow
Experimentdesign
Musterlieferung
RNA-Extraktion
Bibliotheksbau
Sequenzierung
Datenanalyse
Kundendienst
Bioinformatik
1.LncRNA-Klassifizierung
Die von den vier oben genannten Softwareprogrammen vorhergesagte LncRNA wurde in vier Kategorien eingeteilt: lincRNA, Antisense-LncRNA, intronic-LncRNA;Sense-LncRNA.Die LncRNA-Klassifizierung ist im folgenden Histogramm dargestellt.
LncRNA-Klassifizierung
2.Cis-Zielgene der DE-lncRNA-Anreicherungsanalyse
ClusterProfiler wurde in der GO-Anreicherungsanalyse von cis-zielgerichteten Genen differentiell exprimierter lncRNA (DE-lncRNA) im Hinblick auf biologische Prozesse, molekulare Funktionen und zelluläre Komponenten eingesetzt.Die GO-Anreicherungsanalyse ist ein Prozess zur Identifizierung von DEG-gesteuerten, signifikant angereicherten GO-Termen im Vergleich zum gesamten Genom.Die angereicherten Begriffe wurden im Histogramm, Blasendiagramm usw. dargestellt, wie unten gezeigt.
Cis-Zielgene der DE-lncRNA-Anreicherungsanalyse – Blasendiagramm
3. Durch den Vergleich von Länge, Exon-Anzahl, ORF und Expressionsmenge von mRNA und lncRNA können wir die Unterschiede in Struktur, Sequenz usw. zwischen ihnen verstehen und auch überprüfen, ob die von uns vorhergesagte neue lncRNA den allgemeinen Merkmalen entspricht.
BMK-Fall
Dereguliertes lncRNA-Expressionsprofil in Lungenadenokarzinomen der Maus mit KRAS-G12D-Mutation und P53-Knockout
Veröffentlicht:Zeitschrift für Zelluläre und Molekulare Medizin,2019
Sequenzierungsstrategie
Illumina
Beispielsammlung
Die NONMMUT015812-Knockdown-KP-Zellen (shRNA-2) und die Negativkontrollzellen (sh-Scr) wurden am Tag 6 einer spezifischen Virusinfektion erhalten.
Wichtigste Ergebnisse
Diese Studie untersucht die aberrant exprimierten lncRNAs im Lungenadenokarzinom der Maus mit P53-Knockout und der KrasG12D-Mutation.
1,6424 lncRNAs wurden unterschiedlich exprimiert (≥ 2-fache Veränderung, P < 0,05).
2. Von allen 210 lncRNAs (FC≥8) wurde die Expression von 11 lncRNAs durch P53, 33 lncRNAs durch KRAS und 13 lncRNAs durch Hypoxie in den primären KP-Zellen reguliert.
3.NONMMUT015812, das im Lungenadenokarzinom der Maus deutlich hochreguliert und durch die P53-Reexpression negativ reguliert war, wurde zur Analyse seiner Zellfunktion entdeckt.
4. Der Abbau von NONMMUT015812 durch shRNAs verringerte die Proliferations- und Migrationsfähigkeiten von KP-Zellen.NONMMUT015812 war ein potenzielles Onkogen.
 KEGG-Signalweganalyse der unterschiedlich exprimierten Gene in den NONMMUT015812-Knockdown-KP-Zellen |  Genontologie-Analyse der unterschiedlich exprimierten Gene in den NONMMUT015812-Knockdown-KP-Zellen |
Referenz
Dereguliertes lncRNA-Expressionsprofil in Lungenadenokarzinomen der Maus mit KRAS-G12D-Mutation und P53-Knockout[J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
