Genomweite Assoziationsanalyse
1.Servicevorteile
● Zahlreiche Projektfälle: Seit seiner Gründung im Jahr 2009 hat BMKGENE Hunderte von Artenprojekten in der Populations-GWAS-Forschung abgeschlossen, Forscher bei der Veröffentlichung von mehr als 100 Artikeln unterstützt und der kumulative Impact Factor erreichte 500.
● Professionelle Analysten.
● Kurzer Analysezyklus.
● Genaues Data Mining.
2. Leistungsbeschreibung
| Typ | Bevölkerungsskala | Sequenzierungsstrategie und -tiefe |
| SLAF-GWAS | Probenanzahl ≥200 | Genomgröße < 400 M, mit Ref-Genom, WGS wird empfohlen |
| Genomgröße ≤ 1G, 100.000 Tags und 10X | ||
| 1G ≤ Genomgröße ≤ 2G, 200.000 Tags und 10X | ||
| Genomgröße > 2G, 300K Tags und 10X | ||
| WGS-GWAS | Probenanzahl ≥200 | 10X für jede Probe |
3. Materialauswahl
Verschiedene Sorten, Unterarten, Landrassen/Genbanken/gemischte Familien/Wildressourcen
Verschiedene Sorten, Unterarten, Landrassen
Halbgeschwisterfamilie/Vollgeschwisterfamilie/wilde Ressourcen
4. Bioinformationsanalyse
● Genomweite Assoziationsanalyse
● Analyse und Screening signifikanter SNP
● Funktionelle Annotation des Kandidatengens
5. Service-Workflow
Experimentdesign
Musterlieferung
RNA-Extraktion
Bibliotheksbau
Sequenzierung
Datenanalyse
Kundendienst
A.Phänotyp-QC
Histogramm der Häufigkeitsverteilung
Phänotypstatistiken
B.Assoziationsanalyse (Modell: GEMMA, FaST-LMM, EMMAX)
QQ-Plot
Manhattan-Grundstück
| Jahr | Tagebuch | IF | Titel |
| 2022 | NC | 17.69 | Genomische Basis der Giga-Chromosomen und des Giga-Genoms der Strauchpfingstrose Paeonia ostii |
| 2015 | NP | 7.43 | Domestizierungs-Fußabdrücke verankern genomische Regionen von agronomischer Bedeutung in Sojabohnen |
| 2018 | MP | 9.32 | Die vollständige Genom-Resequenzierung einer weltweiten Sammlung von Raps-Akzessionen enthüllt die genetische Grundlage ihrer Ökotyp-Divergenz |
| 2022 | HR | 7.29 | Die genomweite Assoziationsanalyse liefert molekulare Einblicke in die natürliche Variation der Wassermelonenkerngröße |
