BMKGENE stellte räumliche Transkriptomsequenzierungsdienste für die Studie „STEEL ermöglicht die hochauflösende Beschreibung spatiotemporaler Transkriptomdaten“ bereit, die in Briefings in Bioinformatics veröffentlicht wurde.
Diese Studie schlug einen unbeaufsichtigten und vielfältigen lernbasierten Algorithmus vor, Spatial Transcriptome cEll typE Clustering (STEEL), der Domänen aus dem räumlichen Transkriptom identifiziert, indem er Perlen gruppiert, die sowohl sehr ähnliche Genexpressionsprofile als auch einen engen räumlichen Abstand in der Art von Diagrammen aufweisen.
Eine umfassende Auswertung von STEEL anhand räumlicher Transkriptomdatensätze der 10X Visium-Plattform zeigt, dass es nicht nur eine hohe Auflösung zur Charakterisierung feiner Strukturen des Mausgehirns erreicht, sondern auch die Integration mehrerer einzeln analysierter Gewebeschnitte in einen größeren ermöglicht.
Mit der Weiterentwicklung räumlicher Transkriptomtechnologien wird unsere Methode eine große Anwendbarkeit bei der Domänenidentifizierung und der Rekonstruktion von Genexpressionsatlas haben.
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Zeitpunkt der Veröffentlichung: 20. Okt. 2023