circRNA-Sequenzierung-Illumina
Merkmale
● rRNA-Depletion, gefolgt von gerichteter Bibliotheksvorbereitung, die strangspezifische Sequenzierungsdaten ermöglicht.
● Der bioinformatische Workflow ermöglicht die Vorhersage und Expressionsquantifizierung von circRNA
Servicevorteile
●Umfassendere RNA-Bibliotheken:In unserer Vorbibliotheksvorbereitung verwenden wir die rRNA-Depletion anstelle der linearen RNA-Depletion und stellen so sicher, dass die Sequenzierungsdaten nicht nur circRNA, sondern auch mRNA und lncRNA umfassen, was eine gemeinsame Analyse dieser Datensätze ermöglicht
●Optionale Analyse kompetitiver endogener RNA-Netzwerke (ceRNA).: Bereitstellung tieferer Einblicke in zelluläre Regulierungsmechanismen
●Umfangreiches Fachwissen: Mit einer Erfolgsbilanz bei der Verarbeitung von über 20.000 Proben bei BMK, die sich über verschiedene Probentypen und lncRNA-Projekte erstreckt, bringt unser Team einen großen Erfahrungsschatz in jedes Projekt ein.
●Strenge Qualitätskontrolle: Wir implementieren zentrale Kontrollpunkte in allen Phasen, von der Proben- und Bibliotheksvorbereitung bis hin zur Sequenzierung und Bioinformatik.Diese sorgfältige Überwachung gewährleistet die Lieferung gleichbleibend hochwertiger Ergebnisse.
● Post-Sales-Support: Unser Engagement geht über den Projektabschluss hinaus und umfasst einen 3-monatigen Kundendienstzeitraum.Während dieser Zeit bieten wir Projektnachverfolgung, Unterstützung bei der Fehlerbehebung und Frage-und-Antwort-Sitzungen an, um alle Fragen zu den Ergebnissen zu beantworten.
Musteranforderungen und Lieferung
| Bibliothek | Plattform | Empfohlene Daten | Daten-QC |
| Poly A angereichert | Illumina PE150 | 16–20 GB | Q30≥85 % |
Probenanforderungen:
Nukleotide:
| Konz. (ng/μl) | Menge (μg) | Reinheit | Integrität |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begrenzte oder keine Protein- oder DNA-Kontamination auf dem Gel sichtbar. | Für Pflanzen: RIN≥6,5; Für Tiere: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrenzte oder keine Grundlinienhöhe |
● Pflanzen:
Wurzel, Stamm oder Blütenblatt: 450 mg
Blatt oder Samen: 300 mg
Frucht: 1,2 g
● Tier:
Herz oder Darm: 450 mg
Eingeweide oder Gehirn: 240 mg
Muskel: 600 mg
Knochen, Haare oder Haut: 1,5 g
● Arthropoden:
Insekten: 9g
Krebstiere: 450 mg
● Vollblut:2 Röhren
● Zellen: 106 Zellen
● Serum und Plasma: 6 ml
Empfohlene Musterlieferung
Behälter: 2 ml Zentrifugenröhrchen (Alufolie wird nicht empfohlen)
Probenbeschriftung: Gruppe+Replikation, z. B. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Sendung:
1. Trockeneis: Proben müssen in Beutel verpackt und in Trockeneis vergraben werden.
2. RNAstable-Röhrchen: RNA-Proben können in RNA-Stabilisierungsröhrchen (z. B. RNAstable®) getrocknet und bei Raumtemperatur versendet werden.
Service-Workflow
Experimentdesign
Musterlieferung
RNA-Extraktion
Bibliotheksbau
Sequenzierung
Datenanalyse
Kundendienst
Bioinformatik
circRNA-Vorhersage: Chromosomenverteilung
Differenziell exprimierte circRNAs – Vulkandiagramm
Differentiell exprimierte circRNAs – hierarchische Clusterbildung
Funktionelle Anreicherung der Wirtsgene von circRNA
Entdecken Sie die Forschungsfortschritte, die durch die circRNA-Sequenzierungsdienste von BMKGene ermöglicht werden, anhand einer kuratierten Sammlung von Veröffentlichungen.
Wang, X. et al.(2021) „CPSF4 reguliert die circRNA-Bildung und die durch microRNA vermittelte Gen-Stummschaltung bei hepatozellulärem Karzinom“, Oncogene 2021 40:25, 40(25), S. 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al.(2023) „X oo-responsives Transkriptom enthüllt die Rolle der zirkulären RNA133 bei der Krankheitsresistenz durch Regulierung der Expression von OsARAB in Reis“, Phytopathology Research, 5(1), S. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. et al.(2023) „CPSF3 moduliert das Gleichgewicht von zirkulären und linearen Transkripten beim hepatozellulären Karzinom.“doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al.(2023) „Umfassende Bewertung von circRNAs bei zirrhotischer Kardiomyopathie vor und nach Lebertransplantation“, International Immunopharmacology, 114, S.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
