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BMKMANU S1000 räumliches Transkriptom

Die räumliche Organisation von Zellen spielt bei verschiedenen biologischen Prozessen wie der Immuninfiltration, der Embryonalentwicklung usw. eine entscheidende Rolle. Die räumliche Transkriptomsequenzierung, die die Profilierung der Genexpression anzeigt und gleichzeitig Informationen über die räumliche Position beibehält, hat großartige Einblicke in die Gewebearchitektur auf Transkriptomebene geliefert.Mit der Entwicklung der Technologie müssen die ultraklare Gewebemorphologie und die tatsächlichen strukturellen Unterschiede der räumlichen molekularen Expression mit höherer Auflösung untersucht werden.BMKGENE bietet einen umfassenden Komplettservice zur räumlichen Transkriptomsequenzierung von Proben bis hin zu biologischen Erkenntnissen.

Räumliche Transkriptomik-Technologien ermöglichten neue Perspektiven in verschiedenen Forschungsbereichen, indem sie das Genexpressionsprofil mit räumlichem Inhalt in heterogenen Proben auflösten.

Räumlicher Transkriptom-Chip: BMKMANU S1000

Plattform: Illumina NovaSeq-Plattform


Servicedetails

Bioinformatik

Demo-Ergebnisse

Technisches Schema des räumlichen Transkriptoms BMKMANU S1000

S1000。

Vorteile von BMKMANU S1000

1) Subzelluläre Auflösung: Jeder Erfassungsbereich enthielt >2 Millionen räumliche Barcode-Spots mit einem Durchmesser von 2,5 µm und einem Abstand von 5 µm zwischen den Spotzentren, was eine räumliche Transkriptomanalyse mit subzellulärer Auflösung (5 µm) ermöglichte.

s1000 (1)

2) Mehrstufige Auflösungsanalyse: Flexible mehrstufige Analyse im Bereich von 100 μm bis 5 μm, um verschiedene Gewebemerkmale mit optimaler Auflösung aufzulösen.

s1000 (2)

3) Umfassende Transkriptom-Profilierung: Vom gesamten Gewebeobjektträger erfasste Transkripte können ohne Einschränkung der Anzahl der Zielgene und des Zielbereichs analysiert werden.

s1000 (3)

Leistungsbeschreibung

Bibliothek

Sequenzierungsstrategie

Datenausgabe empfohlen

S1000-cDNA-Bibliothek

BMKMANU S1000-Illumina PE150

60 GB/Probe

Probenanforderungen

Probe

Nummer

Größe

RNA-Qualität

OCT-eingebetteter Gewebeblock

2-3 Blöcke/Probe

Ca.6,8x6,8x6,8 mm3

RIN≥7

Für weitere Einzelheiten zur Anleitung zur Probenvorbereitung und zum Service-Workflow wenden Sie sich bitte an a

Service-Workflow

Proben-QC

Experimentdesign

Musterlieferung

Musterlieferung

Pilotversuch

Vorexperiment

Räumliche Barcodes

Räumliche Barcodes

Bibliotheksvorbereitung

Bibliotheksbau

Sequenzierung

Sequenzierung

Datenanalyse

Datenanalyse

Kundendienst

Kundendienst


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  • 10x (9)

    Die von BMKMANU S1000 generierten Daten werden mit der Software „BSTMatrix“ analysiert, die unabhängig von BMKGENE entwickelt wurde, einschließlich:

    1) Generierung der Genexpressionsmatrix
    2) HE-Bildverarbeitung
    3) Kompatibel mit nachgeschalteter Software von Drittanbietern zur Analyse
    4) Der Online-„BSTViewer“ hilft dabei, Visualisierungsergebnisse in verschiedenen Auflösungen zu erhalten.

    1. Spot-Clustering

    s1000 (4)

    2. Räumliche Verteilung

    s1000 (5)s1000 (6)

    NAnmerkung: AuflösungStufe=13 (100 µm, links); 7 (50 µm, Rechts)

    3. Marker-Ausdruckshäufigkeits-Clustering-Heatmap

    s1000 (7)

    4. Datenanalyse zwischen Stichproben

    s1000 (8)

     

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