Hel transkriptomsekventering – Illumina
Funktioner
● Dobbelt bibliotek til at sekventere det komplette transkriptom: rRNA-depletering efterfulgt af PE150-biblioteksforberedelse og størrelsesvalg efterfulgt af SE50-biblioteksforberedelse
● Komplet bioinformatikanalyse af mRNA, lncRNA, circRNA og miRNA i separate bioinformatikrapporter
● Fælles analyse af al RNA-ekspression i kombineret rapport, herunder ceRNA-netværksanalyse.
Service fordele
●Dybdegående analyse af regulatoriske netværk: ceRNA-netværksanalyse er muliggjort af fælles sekventering af mRNA, lncRNA, circRNA og miRNA og af en udtømmende bioinformatisk arbejdsgang.
●Omfattende anmærkning: vi bruger flere databaser til funktionelt at annotere de differentielt udtrykte gener (DEG'er) og udføre den tilsvarende berigelsesanalyse, hvilket giver indsigt i de cellulære og molekylære processer, der ligger til grund for transkriptomresponset.
●Omfattende ekspertise: Med en track record med succesfuld lukning af over 2000 hele transkriptomprojekter inden for forskellige forskningsdomæner, bringer vores team et væld af erfaring til hvert projekt.
●Strenge kvalitetskontrol: Vi implementerer kernekontrolpunkter på tværs af alle stadier, fra prøve- og biblioteksforberedelse til sekventering og bioinformatik.Denne omhyggelige overvågning sikrer levering af konsekvent højkvalitetsresultater.
● Omfattende annotering: vi bruger flere databaser til funktionelt at annotere de differentielt udtrykte gener (DEG'er) og udføre den tilsvarende berigelsesanalyse, hvilket giver indsigt i de cellulære og molekylære processer, der ligger til grund for transkriptomresponset.
●Support efter salg: Vores engagement strækker sig ud over projektafslutning med en 3-måneders eftersalgsserviceperiode.I løbet af denne tid tilbyder vi projektopfølgning, fejlfindingshjælp og Q&A-sessioner for at løse eventuelle spørgsmål relateret til resultaterne
Prøvekrav og levering
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data anbefales | Kvalitetskontrol |
| rRNA udtømt | Illumina PE150 | 16 Gb | Q30≥85 % |
| Størrelse valgt | Illumina SE50 | 10-20M aflæsninger |
Prøvekrav:
Nukleotider:
| Konc.(ng/μl) | Mængde (μg) | Renhed | Integritet |
| ≥ 100 | ≥ 1 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begrænset eller ingen protein- eller DNA-kontamination vist på gel. | Planter: RIN≥6,5 Dyr: RIN≥7,0 5,0≥28S/18S≥1,0; begrænset eller ingen basislinjestigning |
Anbefalet prøvelevering
Beholder:
2 ml centrifugerør (stanniol anbefales ikke)
Prøvemærkning: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Forsendelse:
1.Tøris: Prøver skal pakkes i poser og begraves i tøris.
2.RNAstabile rør: RNA-prøver kan tørres i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes i stuetemperatur.
Service Work Flow
Eksperimentdesign
Prøve levering
RNA-ekstraktion
Biblioteksbyggeri
Sekvensering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
Bioinformatik
RNA-ekspressionsoversigt
Differentielt udtrykte gener
ceRNA-analyse
Differentielt udtrykte miRNA'er og relaterede RNA'er
Udforsk de forskningsfremskridt, der er lettet af BMKGene' hele transkriptomsekventeringstjenester gennem en kurateret samling af publikationer.
Dai, Y. et al.(2022) 'Omfattende ekspressionsprofiler af mRNA'er, lncRNA'er og miRNA'er i Kashin-Beck sygdom identificeret ved RNA-sekventering', Molecular Omics, 18(2), s. 154-166.doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al.(2022) 'Fuld længde transkriptomer analyse af kulde-resistens af Apis cerana i Changbai Mountain under overvintringsperiode.', Gene, 830, s. 146503-146503.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al.(2022) 'Multi-Omics integrationsbaseret prioritering af konkurrerende endogent RNA-reguleringsnetværk i småcellet lungekræft: Molecular Characteristics and Drug Candidates', Frontiers in Oncology, 12, s.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al.(2022) 'Integreret analyse af lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA-ekspressionsprofilerne afslører ny indsigt i potentielle mekanismer som reaktion på rodknoldeematoder i jordnødder', BMC Genomics, 23(1), s. 1-12.doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURE/7.
Yan, Z. et al.(2022) 'Hele-transkriptom-RNA-sekventering fremhæver de molekylære mekanismer, der er forbundet med opretholdelsen af postharvest-kvalitet i broccoli ved rød LED-bestråling', Postharvest Biology and Technology, 188, s.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
