Single-nucleus RNA-sekventering

Enkeltkerne RNA-sekventering Udvalgt billede

Fremskridtet inden for enkeltcelleindfangning og individuel bibliotekskonstruktionsteknik kombineret med high-throughput sekventering muliggør genekspressionsundersøgelser på celle-for-celle basis.Det muliggør en dybere og komplet systemanalyse af komplekse cellepopulationer, hvor den stort set undgår maskering af deres heterogenitet ved at tage gennemsnit af alle celler.

Nogle celler er dog ikke egnede til at blive omdannet til enkeltcellesuspension, så andre prøveforberedelsesmetoder – kerneekstraktion fra væv er nødvendig, det vil sige, at kerne ekstraheres direkte fra væv eller celle og fremstilles til single-nucleussuspension til enkelt- cellesekvensering.

BMK leverer 10× Genomics ChromiumTM baseret enkeltcellet RNA-sekventeringsservice.Denne service er blevet meget brugt i undersøgelser af sygdomsrelaterede undersøgelser, såsom immuncelledifferentiering, tumorheterogenitet, vævsudvikling osv.

Rumlig transkriptomchip: 10× Genomics

Platform: Illumina NovaSeq Platform

Kontakt os

Servicedetaljer

Bioinformatik

Demo resultater

Teknisk princip

Isoleringen af kerner opnås ved 10× Genomics ChromiumTM, som består af otte-kanals mikrofluidiksystem med dobbeltkrydsninger.I dette system er en gelperle med stregkoder og primer, enzymer og en enkelt kerne indkapslet i en oliedråbe på størrelse med nanoliter, hvilket genererer Gel Bead-in-Emulsion (GEM).Når GEM er dannet, udføres cellelyse og frigivelse af stregkoder i hver GEM.mRNA transskriberes omvendt til cDNA-molekyler med 10× stregkoder og UMI, som yderligere er underlagt standard sekventeringsbibliotekskonstruktion.

Væv ikke egnet til fremstilling af enkeltcellesuspension

Celle / væv	Grund
Ufrisk frosset væv	Ude af stand til at få nye eller længe gemte organisationer
Muskelcelle, Megakaryocyt, Fedt...	Cellediameteren er for stor til at komme ind i instrumentet
Lever…	For skrøbelig til at bryde, ude af stand til at skelne enkelte celler
Neuroncelle, hjerne...	Mere følsom, let at stresse, vil ændre sekventeringsresultaterne
Bugspytkirtel, Skjoldbruskkirtel…	Rig på endogene enzymer, der påvirker produktionen af enkeltcellesuspension

Enkeltkerne vs enkeltcelle

Enkelt kerne	Enkeltcellet
Ubegrænset cellediameter	Cellediameter: 10-40 μm
Materialet kan være frosset væv	Materialet skal være frisk væv
Lav stress af frosne celler	Enzymbehandling kan forårsage cellestressreaktion
Ingen røde blodlegemer skal fjernes	Røde blodlegemer skal fjernes
Nuklear udtrykker bioinformation	Hele cellen udtrykker bioinformation