Reduceret Repræsentation Bisulfit Sequencing (RRBS)
Service specifikationer
Platform: NovaSeq platform, PE150
Bibliotekstype: 200-400bp indsat bisulfitbehandlet DNA-bibliotek
Sekvenseringsstrategi: Paired-End 150 bp
Anbefalet dataoutput: 10 Gb rådata/prøve
Prøvekrav
DNA-mængde: ≥ 2ug
DNA-koncentration:≥ 20ng/μl.
Renhed: OD260/280 = 1,8 til 2,0 uden nedbrydning eller RNA-kontamination
Bioinformatik analyse
Service Work Flow
Prøve levering
Biblioteksbyggeri
Sekvensering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
a.Reference statistik for genomjustering
Statistik over kortlægninger
Statistik af sekventeringsdybde og dækning af C-sted
Aakkumuleret dækning
Dfordøjelseseffektiviteten af hver prøve
b.Detektion af methyleringssted
Liste over methyleringsniveauer på C-stedet
BS konvertering
Methyleret cytosin
Methyleringsniveaufordeling
c.Methyleringskort
Genom-dækkende
Genome element
d.Sammenligning af methyleringsniveauer mellem prøver
Pluftvis Korrelation af CG-methylering
PCA-CG methylering
Cglans af CG-methylering
d.Differentiel methyleringsanalyse
SDMRs statistik
DMR længdefordeling
Hspise kort
DMR-fordeling i målregion
