-
Chromatin Immunopræcipitation Sequencing (ChIP-seq)
ChIP-Seq giver genom-dækkende profilering af DNA-mål for histonmodifikation, transkriptionsfaktorer og andre DNA-associerede proteiner.Det kombinerer selektiviteten af chromatin immuno-præcipitation (ChIP) til at genvinde specifikke protein-DNA-komplekser med kraften i næste generations sekventering (NGS) til high-throughput sekventering af det genvundne DNA.Derudover, fordi protein-DNA-komplekserne udvindes fra levende celler, kan bindingssteder sammenlignes i forskellige celletyper og væv eller under forskellige betingelser.Anvendelser spænder fra transkriptionel regulering til udviklingsveje til sygdomsmekanismer og videre.
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
Metagenomisk sekvensering -NGS
Metagenom refererer til en samling af totalt genetisk materiale fra et blandet samfund af organismer, såsom miljømetagenom, humant metagenom osv. Det indeholder genomer af både dyrkbare og ikke-dyrkbare mikroorganismer.Metagenomisk sekventering er et molekylært værktøj, der bruges til at analysere de blandede genomiske materialer ekstraheret fra miljøprøver, som giver detaljerede oplysninger om artsdiversitet og overflod, populationsstruktur, fylogenetisk forhold, funktionelle gener og korrelationsnetværk med miljøfaktorer.
Platform:Illumina NovaSeq platform
-
Metagenomisk sekvensering-Nanopore
Metagenomics er et molekylært værktøj, der bruges til at analysere de blandede genomiske materialer ekstraheret fra miljøprøver, som giver detaljeret information om artsdiversitet og overflod, populationsstruktur, fylogenetisk forhold, funktionelle gener og korrelationsnetværk med miljøfaktorer osv. Nanopore sekventeringsplatforme har for nylig introduceret til metagenomiske undersøgelser.Dens enestående ydeevne i læselængde forbedrede i vid udstrækning downstream metagenomisk analyse, især metagenomsamling.Ved at udnytte fordelene ved læselængde er Nanopore-baseret metagenomisk undersøgelse i stand til at opnå en mere kontinuerlig samling sammenlignet med haglgeværmetagenomik.Det er blevet offentliggjort, at Nanopore-baseret metagenomics med succes genererede komplette og lukkede bakterielle genomer fra mikrobiomer (Moss, EL, et. al,Natur Biotech, 2020)
Platform:Nanopore PromethION P48
-
Helgenom-bisulfit-sekventering
DNA-methylering i den femte position i cytosin (5-mC) har en fundamental indflydelse på genekspression og cellulær aktivitet.Unormale methyleringsmønstre er blevet forbundet med flere tilstande og sygdomme, såsom kræft.WGBS er blevet guldstandarden for at studere genom-dækkende methylering ved enkelt base opløsning.
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
Assay for Transposase-tilgængeligt kromatin med High Throughput Sequencing (ATAC-seq)
ATAC-seq er en high-throughput sekventeringsmetode til analyse af kromatintilgængelighed i hele genomet, hvilket er vigtigt for global epigenetisk kontrol af genekspression.Sekvenseringsadaptere indsættes i åbne kromatinregioner ved hyperaktiv Tn5-transposase.Efter PCR-amplifikation konstrueres et sekventeringsbibliotek.Alle de åbne kromatinregioner kan opnås under en specifik rum-tid-betingelser, ikke kun begrænset til bindingsstederne for en transkriptionsfaktor eller en bestemt histonmodificeret region.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Underenheden på 16S og 18S rRNA indeholdende både stærkt konserverede og hypervariable regioner er et perfekt molekylært fingeraftryk til identifikation af prokaryote og eukaryote organismer.Ved at drage fordel af sekventering kan disse amplikoner målrettes baseret på de bevarede dele, og de hypervariable regioner kan karakteriseres fuldt ud til mikrobiel identifikation, hvilket bidrager til undersøgelser, der dækker mikrobiel diversitetsanalyse, taksonomi, fylogeni osv. Enkeltmolekyle i realtid (SMRT) ) sekventering af PacBio-platformen muliggør opnåelse af meget nøjagtige lange læsninger, som kunne dække fuldlængde amplikoner (ca. 1,5 Kb).Det udvidede syn på genetiske felter forbedrede i høj grad opløsningen i artsannotering i bakterier eller svampesamfund.
Platform:PacBio Sequel II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS amplikonsekvensering har til formål at afsløre fylogeni, taksonomi og artsoverflod i et mikrobielt samfund ved at undersøge PCR-produkter af husholdnings genetiske markører, der indeholder både meget konverserede og hypervariable dele.Introduktionen af disse perfekte molekylære fingeraftryk af Woeses et al. (1977) giver mulighed for isolationsfri mikrobiomprofilering.Sekvensering af 16S (bakterier), 18S (svampe) og intern transskriberet spacer (ITS, svampe) tillader identifikation af både rigelige arter såvel som sjældne og uidentificerede arter.Denne teknologi er blevet et bredt anvendt og vigtigt værktøj til at identificere differentiel mikrobiel sammensætning i forskellige miljøer, såsom menneskers mund, tarme, afføring osv.
Platform:Illumina NovaSeq platform
-
Re-sekventering af hele genomet af bakterier og svampe
Helgenom-resekventering af bakterier og svampe er et kritisk værktøj til at færdiggøre genomerne af kendte bakterier og svampe, samt til at sammenligne flere genomer eller kortlægge genomer fra nye organismer.Det er af stor betydning at sekventere hele genomer af bakterier og svampe for at generere nøjagtige referencegenomer, at lave mikrobiel identifikation og andre sammenlignende genomundersøgelser.
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
PacBio-fuldlængde 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Amplicon (16S/18S/ITS) platform er udviklet med mange års erfaring i mikrobiel diversitetsprojektanalyse, som indeholder standardiseret grundlæggende analyse og personaliseret analyse: grundlæggende analyse dækker det almindelige analyseindhold i den nuværende mikrobielle forskning, analyseindholdet er rigt og omfattende, og analyseresultater præsenteres i form af projektrapporter;Indholdet af personlig analyse er forskelligartet.Prøver kan udvælges, og parametre kan indstilles fleksibelt i henhold til den grundlæggende analyserapport og forskningsformål for at realisere personlige krav.Windows-operativsystem, enkelt og hurtigt.
-
PacBio-fuldlængde transkriptom (ikke-reference)
Ved at tage Pacific Biosciences (PacBio) Isoform-sekventeringsdata som input, er denne app i stand til at identificere transkriptionssekvenser i fuld længde (uden samling).Ved at kortlægge sekvenser i fuld længde mod referencegenom kan transkripter optimeres af kendte gener, transkripter, kodende regioner osv. I dette tilfælde kan der opnås mere nøjagtig identifikation af mRNA-strukturer, såsom alternativ splejsning osv.Fælles analyse med NGS transkriptom sekventeringsdata muliggør mere omfattende annotering og mere nøjagtig kvantificering i ekspression på transkriptniveau, hvilket i høj grad gavner downstream differentiel ekspression og funktionel analyse.
-
Reduceret Repræsentation Bisulfit Sequencing (RRBS)
DNA-methyleringsforskning har altid været et varmt emne i sygdomsforskningen og er tæt forbundet med genekspression og fænotypiske træk.RRBS er en nøjagtig, effektiv og økonomisk metode til DNA-methyleringsforskning.Berigelse af promotor- og CpG-ø-regioner ved enzymatisk spaltning (Msp I), kombineret med Bisulfit-sekventering, giver højopløsnings-DNA-methyleringsdetektion.
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
Prokaryot mRNA-sekventering
mRNA-sekventering giver mulighed for den omfattende profilering af alle mRNA-transkripter i celler under specifikke forhold.Denne banebrydende teknologi tjener som et potent værktøj, der afslører indviklede genekspressionsprofiler, genstrukturer og molekylære mekanismer forbundet med forskellige biologiske processer.MRNA-sekventering, der er bredt udbredt inden for grundforskning, klinisk diagnostik og lægemiddeludvikling, giver indsigt i forviklingerne af cellulær dynamik og genetisk regulering.Vores prokaryote mRNA-prøvebehandling er skræddersyet til prokaryote transkriptomer, der involverer rRNA-depletering og retningsbestemt biblioteksforberedelse.
Platform: Illumina NovaSeq X
