-
Single-nucleus RNA-sekventering
Fremskridtet inden for enkeltcelleindfangning og individuel bibliotekskonstruktionsteknik kombineret med high-throughput sekventering muliggør genekspressionsundersøgelser på celle-for-celle basis.Det muliggør en dybere og komplet systemanalyse af komplekse cellepopulationer, hvor den stort set undgår maskering af deres heterogenitet ved at tage gennemsnit af alle celler.
Nogle celler er dog ikke egnede til at blive omdannet til enkeltcellesuspension, så andre prøveforberedelsesmetoder – kerneekstraktion fra væv er nødvendig, det vil sige, at kerne ekstraheres direkte fra væv eller celle og fremstilles til single-nucleussuspension til enkelt- cellesekvensering.
BMK leverer 10× Genomics ChromiumTM baseret enkeltcellet RNA-sekventeringsservice.Denne service er blevet meget brugt i undersøgelser af sygdomsrelaterede undersøgelser, såsom immuncelledifferentiering, tumorheterogenitet, vævsudvikling osv.
Rumlig transkriptomchip: 10× Genomics
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
Plante/dyrs helgenomsekventering
Re-sekventering af hele genomet, også kendt som WGS, muliggør afsløring af både almindelige og sjældne mutationer på hele genomet, herunder Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structure Variation (SV) og Copy Number Variation (CNV) ).SV'er udgør en større del af variationsbasen end SNP'er og har en større indflydelse på genomet, hvilket har en betydelig effekt på levende organismer.Langlæst gensekventering giver mulighed for mere præcis identifikation af store fragmenter og komplicerede variationer, fordi lange aflæsninger gør det meget lettere at kromosomal krydsning over komplicerede regioner såsom tandemgentagelser, GC/AT-rige regioner og hypervariable regioner.
Platform: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
Spatial transcriptomics står i spidsen for videnskabelig innovation og giver forskere mulighed for at dykke ned i indviklede genekspressionsmønstre i væv, mens de bevarer deres rumlige kontekst.Blandt forskellige platforme har BMKGene udviklet BMKManu S1000 Spatial Transcriptome Chip, der kan prale af enforbedret opløsningpå 5 µM, når det subcellulære område og muliggørmulti-level opløsningsindstillinger.S1000-chippen, der har cirka 2 millioner pletter, anvender mikrobrønde lagdelt med perler fyldt med rumligt stregkodede indfangningsprober.Et cDNA-bibliotek, beriget med rumlige stregkoder, fremstilles fra S1000-chippen og sekventeres efterfølgende på Illumina NovaSeq-platformen.Kombinationen af rumligt stregkodede prøver og UMI'er sikrer nøjagtigheden og specificiteten af de genererede data.BMKManu S1000-chippens unikke egenskab ligger i dens alsidighed, der tilbyder opløsningsindstillinger på flere niveauer, der kan finjusteres til forskellige væv og detaljeringsniveauer.Denne tilpasningsevne positionerer chippen som et fremragende valg til forskellige rumlige transkriptomiske undersøgelser, hvilket sikrer præcis rumlig klyngning med minimal støj.
Ved at bruge BMKManu S1000-chippen og andre rumlige transkriptomiske teknologier kan forskere opnå en bedre forståelse af den rumlige organisering af celler og de komplekse molekylære interaktioner, der forekommer i væv, hvilket giver uvurderlig indsigt i de mekanismer, der ligger til grund for biologiske processer på en lang række områder, bl.a. onkologi, neurovidenskab, udviklingsbiologi, immunologi og botaniske studier.
Platform: BMKManu S1000-chip og Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Spatial transcriptomics er en banebrydende teknologi, der giver forskere mulighed for at undersøge genekspressionsmønstre i væv og samtidig bevare deres rumlige kontekst.En kraftfuld platform i dette domæne er 10x Genomics Visium koblet med Illumina-sekventering.Princippet i 10X Visium ligger på en specialiseret chip med et udpeget indfangningsområde, hvor vævssnit placeres.Dette indfangningsområde indeholder stregkodede pletter, der hver svarer til en unik rumlig placering i vævet.De opfangede RNA-molekyler fra vævet mærkes derefter med unikke molekylære identifikatorer (UMI'er) under omvendt transkriptionsprocessen.Disse stregkodede pletter og UMI'er muliggør præcis rumlig kortlægning og kvantificering af genekspression ved en enkeltcellet opløsning.Kombinationen af rumligt stregkodede prøver og UMI'er sikrer nøjagtigheden og specificiteten af de genererede data.Ved at bruge denne Spatial Transcriptomics-teknologi kan forskere opnå en dybere forståelse af den rumlige organisering af celler og de komplekse molekylære interaktioner, der forekommer i væv, hvilket giver uvurderlig indsigt i de mekanismer, der ligger til grund for biologiske processer på flere områder, herunder onkologi, neurovidenskab, udviklingsbiologi, immunologi og botaniske studier.
Platform: 10X Genomics Visium og Illumina NovaSeq
-
Fuld-længde mRNA-sekventering-Nanopore
Mens NGS-baseret mRNA-sekventering tjener som et alsidigt værktøj til kvantificering af genekspression, begrænser dens afhængighed af korte læsninger dens effektivitet i komplekse transkriptomiske analyser.Nanopore-sekventering, på den anden side, anvender langlæst teknologi, der muliggør sekventering af fuldlængde mRNA-transkripter.Denne tilgang letter en omfattende udforskning af alternativ splejsning, genfusioner, polyadenylering og kvantificering af mRNA-isoformer.
Nanopore-sekventering er afhængig af nanopore-elektriske realtidssignaler med et enkelt molekyle.Ledet af motorproteiner binder dobbeltstrenget DNA sig til nanopore-proteiner indlejret i en biofilm og afvikles, når det passerer gennem nanoporekanalen under en spændingsforskel.De karakteristiske elektriske signaler genereret af forskellige baser på DNA-strengen detekteres og klassificeres i realtid, hvilket letter nøjagtig og kontinuerlig nukleotidsekventering.Denne innovative tilgang overvinder kortlæsningsbegrænsninger og giver en dynamisk platform for indviklet genomisk analyse, omfatter komplekse transkriptomiske undersøgelser.
Platform: Nanopore Promethion P48
-
MRNA-sekventering i fuld længde -PacBio
Mens NGS-baseret mRNA-sekventering er et alsidigt værktøj til at kvantificere genekspression, begrænser dens afhængighed af korte læsninger dets anvendelse i komplekse transkriptomiske analyser.PacBio-sekventering (Iso-Seq) anvender på den anden side langlæst teknologi, der muliggør sekventering af fuldlængde mRNA-transkripter.Denne tilgang letter en omfattende udforskning af alternativ splejsning, genfusioner og polyadenylering, selvom det ikke er det primære valg til kvantificering af genekspression på grund af den store mængde data, der kræves.
PacBio-sekventeringsteknologi er afhængig af enkelt-molekyle, real-time (SMRT) sekventering, hvilket giver en klar fordel ved at fange fuldlængde mRNA-transkripter.Denne innovative tilgang involverer brugen af nul-mode bølgeledere (ZMW'er), mikrofabrikerede brønde, der muliggør realtidsobservation af DNA-polymeraseaktivitet under sekventering.Inden for disse ZMW'er syntetiserer PacBios DNA-polymerase en komplementær DNA-streng, der genererer lange læsninger, der spænder over hele mRNA-transkripterne.PacBio-drift i Circular Consensus Sequencing-tilstand (CCS) forbedrer nøjagtigheden ved gentagne gange at sekventere det samme molekyle.De genererede HiFi-aflæsninger har en nøjagtighed, der kan sammenlignes med NGS, hvilket yderligere bidrager til en omfattende og pålidelig analyse af komplekse transkriptomiske funktioner.Platform: PacBio Sequel II
-
Eukaryot mRNA-sekventering-Illumina
mRNA-sekventering giver mulighed for den omfattende profilering af alle mRNA-transkripter i celler under specifikke forhold.Denne banebrydende teknologi tjener som et potent værktøj, der afslører indviklede genekspressionsprofiler, genstrukturer og molekylære mekanismer forbundet med forskellige biologiske processer.MRNA-sekventering, der er bredt udbredt inden for grundforskning, klinisk diagnostik og lægemiddeludvikling, giver indsigt i forviklingerne af cellulær dynamik og genetisk regulering.
Platform: Illumina NovaSeq X
-
Ikke-referencebaseret mRNA-sekventering-Illumina
mRNA-sekventering giver mulighed for den omfattende profilering af alle mRNA-transkripter i celler under specifikke forhold.Denne banebrydende teknologi tjener som et potent værktøj, der afslører indviklede genekspressionsprofiler, genstrukturer og molekylære mekanismer forbundet med forskellige biologiske processer.MRNA-sekventering, der er bredt udbredt inden for grundforskning, klinisk diagnostik og lægemiddeludvikling, giver indsigt i forviklingerne af cellulær dynamik og genetisk regulering.
Platform: Illumina NovaSeq X
-
Lang ikke-kodende sekventering-Illumina
Lange ikke-kodende RNA'er (lncRNA'er) er RNA'er længere end 200 nukleotider, som har minimalt kodende potentiale og er centrale elementer i ikke-kodende RNA.Fundet i kernen og cytoplasmaet spiller disse RNA'er afgørende roller i epigenetisk, transkriptionel og post-transkriptionel regulering, hvilket understreger deres betydning i udformningen af cellulære og molekylære processer.LncRNA-sekventering er et kraftfuldt værktøj til celledifferentiering, ontogenese og menneskelige sygdomme.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Lille RNA-sekventering-Illumina
Små RNA (sRNA) molekyler, typisk under 200 nukleotider i længden, inkluderer mikroRNA'er (miRNA'er), små interfererende RNA'er (siRNA'er) og piwi-interagerende RNA'er (piRNA'er).Blandt disse er miRNA'er, omkring 20-24 nukleotider lange, særligt bemærkelsesværdige for deres centrale regulatoriske roller i forskellige cellulære processer.Med vævsspecifikke og fasespecifikke ekspressionsmønstre udviser miRNA'er høj bevaring på tværs af forskellige arter.
Platform: Illumina NovaSeq
-
circRNA-sekventering-Illumina
Cirkulær RNA-sekventering (circRNA-seq) er at profilere og analysere cirkulære RNA'er, en klasse af RNA-molekyler, der danner lukkede sløjfer på grund af ikke-kanoniske splejsningshændelser, hvilket giver disse RNA øget stabilitet.Mens nogle circRNA'er har vist sig at fungere som mikroRNA-svampe, sekvestrere mikroRNA'er og forhindre dem i at regulere deres mål-mRNA'er, kan andre circRNA'er interagere med proteiner, modulere genekspression eller have roller i cellulære processer.circRNA-ekspressionsanalyse giver indsigt i disse molekylers regulatoriske roller og deres betydning i forskellige cellulære processer, udviklingsstadier og sygdomstilstande, hvilket bidrager til en dybere forståelse af kompleksiteten af RNA-regulering i sammenhæng med genekspression.
-
Hel transkriptomsekventering – Illumina
Hele transkriptomsekventering tilbyder en omfattende tilgang til profilering af forskellige RNA-molekyler, der omfatter både kodende (mRNA) og ikke-kodende RNA'er (lncRNA, circRNA og miRNA).Denne teknik fanger det fulde transkriptom af specifikke celler på et givet tidspunkt, hvilket giver mulighed for en holistisk forståelse af cellulære processer.Også kendt som "total RNA-sekventering", sigter det mod at afsløre indviklede regulatoriske netværk på transkriptomniveau, hvilket muliggør dybdegående analyse såsom konkurrerende endogent RNA (ceRNA) og fælles RNA-analyse.Dette markerer det indledende skridt mod funktionel karakterisering, især i at optrevle de regulatoriske netværk, der involverer circRNA-miRNA-mRNA-baserede ceRNA-interaktioner.
