-
Metagenomisk sekvensering -NGS
Metagenom refererer til en samling af totalt genetisk materiale fra et blandet samfund af organismer, såsom miljømetagenom, humant metagenom osv. Det indeholder genomer af både dyrkbare og ikke-dyrkbare mikroorganismer.Metagenomisk sekventering er et molekylært værktøj, der bruges til at analysere de blandede genomiske materialer ekstraheret fra miljøprøver, som giver detaljerede oplysninger om artsdiversitet og overflod, populationsstruktur, fylogenetisk forhold, funktionelle gener og korrelationsnetværk med miljøfaktorer.
Platform:Illumina NovaSeq platform
-
Metagenomisk sekvensering-Nanopore
Metagenomics er et molekylært værktøj, der bruges til at analysere de blandede genomiske materialer ekstraheret fra miljøprøver, som giver detaljeret information om artsdiversitet og overflod, populationsstruktur, fylogenetisk forhold, funktionelle gener og korrelationsnetværk med miljøfaktorer osv. Nanopore sekventeringsplatforme har for nylig introduceret til metagenomiske undersøgelser.Dens enestående ydeevne i læselængde forbedrede i vid udstrækning downstream metagenomisk analyse, især metagenomsamling.Ved at udnytte fordelene ved læselængde er Nanopore-baseret metagenomisk undersøgelse i stand til at opnå en mere kontinuerlig samling sammenlignet med haglgeværmetagenomik.Det er blevet offentliggjort, at Nanopore-baseret metagenomics med succes genererede komplette og lukkede bakterielle genomer fra mikrobiomer (Moss, EL, et. al,Natur Biotech, 2020)
Platform:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Underenheden på 16S og 18S rRNA indeholdende både stærkt konserverede og hypervariable regioner er et perfekt molekylært fingeraftryk til identifikation af prokaryote og eukaryote organismer.Ved at drage fordel af sekventering kan disse amplikoner målrettes baseret på de bevarede dele, og de hypervariable regioner kan karakteriseres fuldt ud til mikrobiel identifikation, hvilket bidrager til undersøgelser, der dækker mikrobiel diversitetsanalyse, taksonomi, fylogeni osv. Enkeltmolekyle i realtid (SMRT) ) sekventering af PacBio-platformen muliggør opnåelse af meget nøjagtige lange læsninger, som kunne dække fuldlængde amplikoner (ca. 1,5 Kb).Det udvidede syn på genetiske felter forbedrede i høj grad opløsningen i artsannotering i bakterier eller svampesamfund.
Platform:PacBio Sequel II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS amplikonsekvensering har til formål at afsløre fylogeni, taksonomi og artsoverflod i et mikrobielt samfund ved at undersøge PCR-produkter af husholdnings genetiske markører, der indeholder både meget konverserede og hypervariable dele.Introduktionen af disse perfekte molekylære fingeraftryk af Woeses et al. (1977) giver mulighed for isolationsfri mikrobiomprofilering.Sekvensering af 16S (bakterier), 18S (svampe) og intern transskriberet spacer (ITS, svampe) tillader identifikation af både rigelige arter såvel som sjældne og uidentificerede arter.Denne teknologi er blevet et bredt anvendt og vigtigt værktøj til at identificere differentiel mikrobiel sammensætning i forskellige miljøer, såsom menneskers mund, tarme, afføring osv.
Platform:Illumina NovaSeq platform
-
Re-sekventering af hele genomet af bakterier og svampe
Helgenom-resekventering af bakterier og svampe er et kritisk værktøj til at færdiggøre genomerne af kendte bakterier og svampe, samt til at sammenligne flere genomer eller kortlægge genomer fra nye organismer.Det er af stor betydning at sekventere hele genomer af bakterier og svampe for at generere nøjagtige referencegenomer, at lave mikrobiel identifikation og andre sammenlignende genomundersøgelser.
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
Metatranskriptom-sekventering
Metatranskriptom-sekventering identificerer genekspression af mikrober (både eukaryoter og prokaryoter) i naturlige miljøer (dvs. jord, vand, hav, fæces og tarm). Specifikt giver denne service dig mulighed for at opnå hel genekspressionsprofilering af komplekse mikrobielle samfund, taksonomisk analyse af arter, funktionel berigelsesanalyse af forskelligt udtrykte gener med mere.
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
Svampegenom
Biomarker Technologies leverer genomundersøgelse, fint genom og pen-komplet genom af svampe afhængigt af specifikke forskningsmål.Genomsekventering, samling og funktionel annotering kan opnås ved at kombinere næste generations sekventering + tredje generations sekventering for at opnå genomsamling på højt niveau.Hi-C-teknologi kan også anvendes til at lette genomsamling på kromosomniveau.
Platform:PacBio Sequel II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq platform
-
Bakterier komplet genom
Biomarker Technologies leverer sekventeringsservice til at konstruere komplet genom af bakterier med nul mellemrum.Vigtigste arbejdsgange for bakteriers komplette genomkonstruktion omfatter tredje generations sekventering, samling, funktionel annotering og avanceret bioinformatisk analyse, der opfylder specifikke forskningsmål.En mere omfattende profilering af bakteriegenom giver mulighed for afsløring af fundamentale mekanismer, der ligger til grund for deres biologiske processer, hvilket også kunne give værdifuld reference til genomisk forskning i højere eukaryote arter
Platform:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq Platform
PacBio Sequel II
