-
PacBio-fuldlængde 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Amplicon (16S/18S/ITS) platform er udviklet med mange års erfaring i mikrobiel diversitetsprojektanalyse, som indeholder standardiseret grundlæggende analyse og personaliseret analyse: grundlæggende analyse dækker det almindelige analyseindhold i den nuværende mikrobielle forskning, analyseindholdet er rigt og omfattende, og analyseresultater præsenteres i form af projektrapporter;Indholdet af personlig analyse er forskelligartet.Prøver kan udvælges, og parametre kan indstilles fleksibelt i henhold til den grundlæggende analyserapport og forskningsformål for at realisere personlige krav.Windows-operativsystem, enkelt og hurtigt.
-
PacBio-fuldlængde transkriptom (ikke-reference)
Ved at tage Pacific Biosciences (PacBio) Isoform-sekventeringsdata som input, er denne app i stand til at identificere transkriptionssekvenser i fuld længde (uden samling).Ved at kortlægge sekvenser i fuld længde mod referencegenom kan transkripter optimeres af kendte gener, transkripter, kodende regioner osv. I dette tilfælde kan der opnås mere nøjagtig identifikation af mRNA-strukturer, såsom alternativ splejsning osv.Fælles analyse med NGS transkriptom sekventeringsdata muliggør mere omfattende annotering og mere nøjagtig kvantificering i ekspression på transkriptniveau, hvilket i høj grad gavner downstream differentiel ekspression og funktionel analyse.
-
Værktøjssæt
BMKCloud er en førende bioinformatisk platform, der leverer one-stop-løsning til genomiske programmer, som er bredt betroet af forskere på forskellige områder, herunder medicinsk, landbrug, miljø osv. BMKCloud er forpligtet til at levere integrerede, pålidelige og effektive tjenester, herunder bioinformatiske analyseplatforme og værktøjer , computerressourcer, offentlig database, bioinformtiske onlinekurser osv. BMKCloud har forskellige hyppigt anvendte bioinformatiske værktøjer, herunder genannotering, evolutionære genetiske værktøjer, ncRNA, datakvalitetskontrol, samling, justering, dataudtræk, mutationer, statistik, figurgenerator, sekvens analyse osv.
-
lille RNA
Små RNA'er er en type kort ikke-kodende RNA med en gennemsnitlig længde på 18-30 nt, inklusive miRNA, siRNA og piRNA.Disse små RNA'er er blevet rapporteret massivt at være involveret i forskellige biologiske processer såsom mRNA-nedbrydning, translationshæmning, heterochromatindannelse osv. SmallRNA-sekventeringsanalyse er blevet anvendt bredt i undersøgelser af dyr/plante udvikling, sygdom, virus osv. Lille RNA sekventeringsanalyseplatformen består af standardanalyse og avanceret datamining.På basis af RNA-seq data kan standardanalyse opnå miRNA identifikation og forudsigelse, miRNA målgen forudsigelse, annotering og ekspressionsanalyse.Avanceret analyse muliggør tilpasset miRNA-søgning og -ekstraktion, Venn-diagramgenerering, miRNA- og målgennetværksopbygning.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS er en hel genom-re-sekventeringsanalyseplatform, som er udviklet på basis af rig erfaring inden for Biomarker Technologies.Denne brugervenlige platform tillader hurtig indsendelse af en integreret analysearbejdsgang ved blot at indstille nogle få grundlæggende parametre, som passer til DNA-sekventeringsdata genereret fra både Illumina-platformen og BGI-sekventeringsplatformen.Denne platform er implementeret på højtydende computerserver, som giver mulighed for yderst effektiv dataanalyse på meget begrænset tid.Personlig data mining er tilgængelig på basis af standardanalyse, herunder muteret genforespørgsel, PCR-primerdesign osv.
-
mRNA (reference)
Transkriptom er forbindelsen mellem genomisk genetisk information og proteomet af biologisk funktion.Transskriptionsniveauregulering er den vigtigste og mest undersøgte reguleringsmetode for organismer.Transkriptomsekventering kan sekventere transkriptomet på et hvilket som helst tidspunkt eller under enhver tilstand med en opløsning, der er nøjagtig i forhold til et enkelt nukleotid. Den kan dynamisk afspejle niveauet af gentranskription, samtidig identificere og kvantificere sjældne og normale transkripter og give den strukturelle information af prøve specifikke transskriptioner.
På nuværende tidspunkt er transkriptomsekventeringsteknologi blevet brugt i vid udstrækning inden for agronomi, medicin og andre forskningsområder, herunder dyre- og planteudviklingsregulering, miljøtilpasning, immuninteraktion, genlokalisering, artsgenetisk udvikling og påvisning af tumorer og genetiske sygdomme.
-
Metagenomics (NGS)
Denne analyseplatform er designet til metagenomisk dataanalyse af haglgevær på basis af mange års erfaring.Den består af en integreret arbejdsgang, der indeholder forskellige almindeligt nødvendige metagenomiske analyser, herunder databehandling, undersøgelser på artsniveau, undersøgelser på genfunktionsniveau, metagenombinning osv. Derudover er tilpassede dataminingværktøjer tilgængelige på standardanalysearbejdsgange, herunder gen- og artsforespørgsler , parameterindstilling, personlig figurgenerering osv.
-
LncRNA
Lange ikke-kodende RNA'er (lncRNA) er en type transkripter med en længde på mere end 200 nt, som ikke er i stand til at kode proteiner.Akkumulerende beviser tyder på, at de fleste lncRNA'er med stor sandsynlighed er funktionelle.High-throughput sekventeringsteknologier og bioinformatiske analyseværktøjer giver os mulighed for at afsløre lncRNA-sekvenser og positioneringsinformation mere effektivt og fører os til at opdage lncRNA'er med afgørende regulatoriske funktioner.BMKCloud er stolte af at tilbyde vores kunder lncRNA-sekventeringsanalyseplatform for at opnå hurtig, pålidelig og fleksibel lncRNA-analyse.
-
GWAS
Genom-wide association study (GWAS) sigter mod at identificere genetiske varianter (genotype), der er forbundet med specifikke træk (fænotype).GWA-undersøgelser undersøger genetiske markører på tværs af hele genomet af et stort antal individer og forudsiger genotype-fænotype-associationer ved statistisk analyse på populationsniveau.Helgenom-resekventering kan potentielt opdage alle genetiske varianter.Kobling med fænotypiske data kan GWAS behandles for at identificere fænotyperelaterede SNP'er, QTL'er og kandidatgener, hvilket stærkt understøtter moderne dyre-/planteavl.SLAF er en selvudviklet forenklet genomsekventeringsstrategi, som opdager genom-wide distribuerede markører, SNP.Disse SNP'er, som molekylære genetiske markører, kan behandles til associationsstudier med målrettede træk.Det er en omkostningseffektiv strategi til at identificere komplekse træk forbundet med genetiske variationer.
-
Nanopore transkriptomik i fuld længde
Komplekse og variable alternative isoformer i organismer er vigtige genetiske mekanismer til regulering af genekspression og proteindiversitet.Nøjagtig identifikation af transkriptstrukturer er grundlaget for en dybdegående undersøgelse af genekspressionsreguleringsmønstre.Nanopore-sekventeringsplatformen har med succes bragt transkriptomisk undersøgelse til isoform-niveau.Denne analyseplatform er designet til at analysere RNA-Seq-data genereret på Nanopore-platformen på basis af referencegenom, som opnår kvalitative og kvantitative analyser på både genniveau og transskriptionsniveau.
-
circ-RNA
Cirkulært RNA(circRNA) er en type ikke-kodende RNA, som for nylig har vist sig at spille en afgørende rolle i regulatoriske netværk involveret i udvikling, miljøresistens osv. Til forskel fra lineære RNA-molekyler, f.eks. mRNA, lncRNA, 3' og 5' enderne af circRNA er forbundet til at danne en cirkulær struktur, som redder dem fra fordøjelse af exonuklease og er mere stabile end det meste af lineært RNA.CircRNA har vist sig at have forskellige funktioner til at regulere genekspression.CircRNA kan fungere som ceRNA, der binder miRNA konkurrencedygtigt, kendt som miRNA svamp.CircRNA sekventeringsanalyseplatform giver mulighed for circRNA struktur og ekspressionsanalyse, målforudsigelse og fælles analyse med andre typer RNA-molekyler
-
BSA
Bulked Segregant Analysis platform består af et-trins standardanalyse og avanceret analyse med tilpasset parameterindstilling.BSA er en teknik, der bruges til hurtigt at identificere fænotypeassocierede genetiske markører.Hovedarbejdsgangen for BSA indeholder: 1. udvælgelse af to grupper af individer med ekstremt modsatrettede fænotyper;2. pooling af DNA, RNA eller SLAF-seq (udviklet af biomarkør) fra alle individer til dannelse af to bulk af DNA;3. identifikation af differentielle sekvenser mod referencegenom eller derimellem, 4. forudsigelse af kandidatforbundne regioner ved ED og SNP-indeksalgoritme;5. Funktionel analyse og berigelse af gener i kandidatregioner osv. Mere avanceret mining i data, herunder genetisk markørscreening og primerdesign er også tilgængelige.
