Heatmap
Matrixdatafil bruges til varmekorttegning, som kan filtrere, normalisere og klynge matrixdata.Det bruges mest til klyngeanalyse af genekspressionsniveau mellem forskellige prøver.
Genanmærkning
Genfunktionsannotering udføres ved at kortlægge sekvenser i FASTA-fil mod forskellige databaser.
Genanmærkning
Grundlæggende lokal justering søgeværktøj
CDS_UTR_Forudsigelse
Dette værktøj er designet til at forudsige kodende regioner (CDS) og ikke-kodende regioner (UTR) i givne transkriptsekvenser baseret på sprængning mod kendt proteindatabase og ORF-forudsigelse.
Manhattan plot
Manhattan-plot muliggør visning af data med et stort antal datapunkter.Det er almindeligt anvendt i genom-wide association studier (GWAS).
Circos
CIRCOS-diagram muliggør direkte præsentation af SNP, InDeL, SV, CNV distributioner på genom.
GO_Berigelse
TopGO er et værktøj designet til funktionel berigelse.TopGO-Bioconductor-pakken består af differentiel ekspressionsanalyse, GO berigelsesanalyse og visualisering af resultaterne.Det vil generere en mappe med output ved navn "Graph", som indeholder resultater for topGO_BP, topGO_CC og topGO_MF.
WGCNA
WGCNA er en udbredt dataminingmetode til at opdage gen-co-ekspressionsmoduler.Det er anvendeligt til forskellige ekspressionsdatasæt, herunder mikroarray-data og genekspressionsdata, der stammer fra næste generations sekventering.
InterProScan
InterPro proteinsekvensanalyse og klassificering
GO_KEGG_Berigelse
Dette værktøj er designet til at generere GO-berigelseshistogram, KEGG-berigelseshistogram og KEGG-berigelsesvej baseret på det leverede gensæt og tilsvarende annotering.