GENOM
Kromosom-skala samling og analyse af biomasse afgrøde Miscanthus lutarioriparius genom
Nanopore-sekventering |Illumina |Hi-C |RNA-sekventering |Fylogeni
I denne undersøgelse ydede Biomarker Technologies teknisk support til Nanopore-sekventering, de novo genomsamling, Hi-C-assisteret samling osv.
Abstrakt
Miscanthus, en rhizomatøs flerårig plante, har et stort potentiale for bioenergiproduktion på grund af sin høje biomasse og stresstolerance.Vi rapporterer en kromosom-skala samling afMiscanthus lutarioripariusgenom ved at kombinere Oxford Nanopore-sekventering og Hi-C-teknologier.2,07-Gb samlingen dækker 96,64% af genomet, med contig N50 på 1,71 Mb.Centromer- og telomersekvenserne er samlet for henholdsvis alle 19 kromosomer og kromosom 10.Allotetraploid oprindelse af M. lutarioriparius bekræftes ved hjælp af centromere satellitgentagelser.Den tetraploide genomstruktur og adskillige kromosomale omlejringer i forhold til sorghum er tydeligt demonstreret.Tandem duplikatgener afM. lutarioripariuser funktionelt beriget ikke kun med hensyn til stressrespons, men også cellevægsbiosyntese.Genfamilier relateret til sygdomsresistens, cellevægsbiosyntese og metaliontransport er stærkt udvidet og udviklet.Udvidelsen af disse familier kan være et vigtigt genomisk grundlag for forbedringen af bemærkelsesværdige træk vedM. lutarioriparius.
Nøglestatistikker for genomsamling
Figur.Oversigt over M. lutarioriparius-genomsamlingen
Nyheder og højdepunkter sigter på at dele de seneste succesfulde cases med Biomarker Technologies, fange nye videnskabelige resultater såvel som fremtrædende teknikker anvendt under undersøgelsen.
Indlægstid: Jan-05-2022