High-throughput genotyping, især på storskala population, er et grundlæggende trin i genetiske associationsstudier, som giver genetisk grundlag for funktionel genopdagelse, evolutionær analyse osv. I stedet for dyb helgenom-resekventering, reduceret repræsentationsgenomsekventering (RRGS) ) introduceres for at minimere sekventeringsomkostninger pr. prøve, samtidig med at en rimelig effektivitet ved opdagelse af genetisk markør opretholdes.Dette opnås almindeligvis ved at udtrække restriktionsfragmenter inden for et givet størrelsesområde, som kaldes reduceret repræsentationsbibliotek (RRL).Specifik-locus amplificeret fragmentsekventering (SLAF-Seq) er en selvudviklet strategi for de novo SNP-opdagelse og SNP-genotypebestemmelse af store populationer.
Teknisk arbejdsgang
SLAF vs eksisterende RRL-metoder
Fordele ved SLAF
Højere effektivitet til opdagelse af genetiske markører– Kombineret med high-throughput sekventeringsteknologi kunne SLAF-Seq opnå hundredtusindvis af tags opdaget inden for hele genomet for at opfylde anmodningen fra forskellige forskningsprojekter, enten med eller uden et referencegenom.
Tilpasset og fleksibelt eksperimentelt design– For forskellige forskningsmål eller arter er forskellige enzymatiske fordøjelsesstrategier tilgængelige, herunder enkelt-enzym, dobbelt-enzym og multi-enzym fordøjelse.Fordøjelsesstrategi vil blive præ-evalueret i silico for at sikre et optimalt enzymdesign.
Høj effektivitet i enzymatisk fordøjelse– Foruddesignet enzymatisk fordøjelse giver mere jævnt fordelte SLAF'er på kromosomet.Fragmentopsamlingseffektiv kan opnå over 95%.
Undgå gentagne sekvenser– Procentdelen af gentagne sekvenser i SLAF-Seq-data er reduceret til lavere end 5 %, især i arter med højt niveau af gentagne elementer, såsom hvede, majs osv.
Selvudviklet bioinformatisk arbejdsgang– BMK udviklede en integreret bioinformatisk arbejdsgang, der kan anvendes til SLAF-Seq-teknologi for at sikre pålidelighed og nøjagtighed af det endelige output.
Anvendelse af SLAF
Genetisk koblingskort
Højdensitets genetiske kortkonstruktion og identifikation af loci, der kontrollerer blomstertypetræk i Chrysanthemum (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Tidsskrift: Horticulture Research Udgivet: 2020.7
GWAS
Identifikation af et kandidatgen forbundet med isofavonindhold i sojafrø ved hjælp af genom-dækkende association og koblingskortlægning
Tidsskrift: Plantetidsskriftet Udgivet: 2020.08
Evolutionær genetik
Populationsgenomisk analyse og de novo-samling afslører oprindelsen af ukrudtsris som et evolutionært spil
Tidsskrift: Molecular Plant Udgivet: 2019.5
Bulked Segregant Analysis (BSA)
GmST1, som koder for en sulfotransferase, giver resistens over for sojabønnemosaikvirusstammer G2 og G3
Tidsskrift: Plant, Cell&Environment Publiceret: 2021.04
Reference
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: en effektiv metode til storskala de novo SNP-opdagelse og genotypebestemmelse ved hjælp af high-throughput-sekventering[J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K, et al.Højdensitets genetiske kortkonstruktion og identifikation af loci, der kontrollerer blomstertypetræk i krysantemum (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Identifikation af et kandidatgen forbundet med isoflavonindhold i sojafrø ved brug af genom-dækkende association og koblingskortlægning.Plant J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Populationsgenomisk analyse og De Novo Assembly afslører oprindelsen af Weedy Rice som et evolutionært spil.Mol Plant.2019;12(5):632-647.Mol Plant.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, som koder for en sulfotransferase, giver resistens over for sojabønnemosaikvirusstammer G2 og G3.Plantecellemiljø.2021;10.1111/stk.14066
Indlægstid: Jan-04-2022