Metagenomisk sekvensering-Nanopore
Service fordele
● Montering af høj kvalitet - Forbedring af nøjagtigheden af artsidentifikation og funktionel genforudsigelse
● Lukket bakteriel genomisolering
● Mere kraftfuld og pålidelig anvendelse på forskellige områder, f.eks. påvisning af patogene mikroorganismer eller antibiotikaresistensrelaterede gener
● Komparativ metagenomanalyse
Service specifikationer
| Platform | Sekvensering | Anbefalede data | Ekspeditionstid |
| Nanopore | PÅ T | 6 G/10 G | 65 arbejdsdage |
Bioinformatiske analyser
● Rådatakvalitetskontrol
● Metagenom samling
● Ikke-redundant gensæt og annotering
● Artsdiversitetsanalyse
● Genetisk funktionsdiversitetsanalyse
● Inter-gruppe analyse
● Associationsanalyse mod eksperimentelle faktorer
Prøvekrav og levering
Prøvekrav og levering
Prøvekrav:
TilDNA-ekstrakter:
| Prøvetype | Beløb | Koncentration | Renhed |
| DNA-ekstrakter | 1-1,5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
For miljøprøver:
| Prøvetype | Anbefalet prøveudtagningsprocedure |
| Jord | Prøvemængde: ca.5 g;Resterende visnet stof skal fjernes fra overfladen;Slib store stykker og passer gennem 2 mm filter;Aliquot prøver i sterilt EP-rør eller cyrotube til reservation. |
| Afføring | Prøvemængde: ca.5 g;Saml og alikvoter prøver i sterilt EP-rør eller kryotube til reservation. |
| Tarmindhold | Prøver skal behandles under aseptisk tilstand.Vask opsamlet væv med PBS;Centrifuger PBS'en og opsaml præcipitanten i EP-rør. |
| Slam | Prøvemængde: ca.5 g;Saml og alikvoter slamprøve i sterilt EP-rør eller kryotube til reservation |
| Vandlegeme | For prøver med begrænset mængde mikrobiel, såsom postevand, brøndvand osv., Saml mindst 1 L vand og passer gennem 0,22 μm filter for at berige mikrobiel på membranen.Opbevar membranen i sterilt rør. |
| Hud | Skrab forsigtigt hudoverfladen med en steril vatpind eller et kirurgisk blad og læg det i et sterilt rør. |
Anbefalet prøvelevering
Frys prøverne i flydende nitrogen i 3-4 timer og opbevar dem i flydende nitrogen eller -80 grader til langtidsreservation.Prøveforsendelse med tøris er påkrævet.
Service Work Flow
Prøve levering
Biblioteksbyggeri
Sekvensering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
1.Heatmap: Klynger af artsrigdom
2. Funktionelle gener annoteret til KEGG metaboliske veje
3. Artskorrelationsnetværk
4.Circos af CARD-antibiotikaresistensgener
BMK sag
Nanopore metagenomics muliggør hurtig klinisk diagnose af bakteriel nedre luftvejsinfektion
Udgivet:Nature Biotechnology, 2019
Tekniske højdepunkter
Sekvensering: Nanopore MinION
Klinisk metagenomisk bioinformatik: Værts-DNA-udtømning, WIMP- og ARMA-analyse
Hurtig detektion: 6 timer
Høj følsomhed: 96,6 %
Nøgleresultater
I 2006 forårsagede nedre luftvejsinfektion (LR) 3 millioner menneskers død globalt.Den typiske metode til LR1-patogendetektion er dyrkning, som har dårlig følsomhed, lang omløbstid og er manglende vejledning i tidlig antibiotikabehandling.En hurtig og præcis mikrobiel diagnose har længe været et presserende behov.Dr. Justin fra University of East Anglia og hans partnere udviklede med succes en Nanopore-baseret metagenomisk metode til påvisning af patogener.Ifølge deres arbejdsgang kan 99,99% af værts-DNA udtømmes.Påvisning i patogener og antibiotikaresistente gener kan afsluttes på 6 timer.
Reference
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J..(2019).Nanopore metagenomics muliggør hurtig klinisk diagnose af bakteriel nedre luftvejsinfektion.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
