Metagenomisk sekvensering -NGS
Service fordele
● Isolering og dyrkningsfri til mikrobiel samfundsprofilering
● Høj opløsning til påvisning af arter med lav forekomst i miljøprøver
● Ideen om "meta-" integrerer alle biologiske træk på funktionsniveau, artsniveau og genniveau, hvilket afspejler et dynamisk syn, der er tættere på virkeligheden.
● BMK akkumulerer massiv erfaring i forskellige prøvetyper med over 10.000 behandlede prøver.
Service specifikationer
| Platform | Sekvensering | Anbefalede data | Ekspeditionstid |
| Illumina NovaSeq platform | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 arbejdsdage |
Bioinformatiske analyser
● Rådatakvalitetskontrol
● Metagenom samling
● Ikke-redundant gensæt og annotering
● Artsdiversitetsanalyse
● Genetisk funktionsdiversitetsanalyse
● Inter-gruppe analyse
● Associationsanalyse mod eksperimentelle faktorer
Prøvekrav og levering
Prøvekrav:
TilDNA-ekstrakter:
| Prøvetype | Beløb | Koncentration | Renhed |
| DNA-ekstrakter | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
For miljøprøver:
| Prøvetype | Anbefalet prøveudtagningsprocedure |
| Jord | Prøvemængde: ca.5 g;Resterende visnet stof skal fjernes fra overfladen;Slib store stykker og passer gennem 2 mm filter;Aliquot prøver i sterilt EP-rør eller cyrotube til reservation. |
| Afføring | Prøvemængde: ca.5 g;Saml og alikvoter prøver i sterilt EP-rør eller kryotube til reservation. |
| Tarmindhold | Prøver skal behandles under aseptisk tilstand.Vask opsamlet væv med PBS;Centrifuger PBS'en og opsaml præcipitanten i EP-rør. |
| Slam | Prøvemængde: ca.5 g;Saml og alikvoter slamprøve i sterilt EP-rør eller kryotube til reservation |
| Vandlegeme | For prøver med begrænset mængde mikrobiel, såsom postevand, brøndvand osv., Saml mindst 1 L vand og passer gennem 0,22 μm filter for at berige mikrobiel på membranen.Opbevar membranen i sterilt rør. |
| Hud | Skrab forsigtigt hudoverfladen med en steril vatpind eller et kirurgisk blad og læg det i et sterilt rør. |
Anbefalet prøvelevering
Frys prøverne i flydende nitrogen i 3-4 timer og opbevar dem i flydende nitrogen eller -80 grader til langtidsreservation.Prøveforsendelse med tøris er påkrævet.
Service Work Flow
Prøve levering
Biblioteksbyggeri
Sekvensering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
1.Histogram: Artsfordeling
2. Funktionelle gener annoteret til KEGG metaboliske veje
3. Varmekort: Differentielle funktioner baseret på relativ genoverflod
4.Circos af CARD-antibiotikaresistensgener
BMK sag
Forekomst af antibiotikaresistensgener og bakterielle patogener langs jord-mangrove rodkontinuummet
Udgivet:Journal of Hazardous Materials, 2021
Sekvenseringsstrategi:
Materialer: DNA-ekstrakter af fire fragmenter af mangrove rod-associerede prøver: uplantet jord, rhizosfære, episfære og endosfære
Platform: Illumina HiSeq 2500
Mål: Metagenom
16S rRNA gen V3-V4 region
Nøgleresultater
Metagenomisk sekventering og metabarcoding profilering på jord-rod kontinuum af mangrovetræer blev behandlet for at studere spredningen af antibiotikaresistensgener (ARG'er) fra jord til planter.Metagenomiske data afslørede, at 91,4% af antibiotikaresistensgener almindeligvis blev identificeret i alle fire ovennævnte jordrum, hvilket viste en kontinuerlig måde.16S rRNA amplikon sekventering genererede 29.285 sekvenser, der repræsenterer 346 arter.Kombineret med artsprofilering ved amplikonsekventering blev denne formidling fundet at være uafhængig af rodassocieret mikrobiota, men den kunne lettes af mobil af genetiske elementer.Denne undersøgelse identificerede strømmen af ARG'er og patogener fra jord til planterne gennem indbyrdes forbundne jord-rod kontinuum.
Reference
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L..(2020).Forekomst af antibiotikaresistensgener og bakterielle patogener langs jord-mangroverodkontinuummet.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
