Hi-C baseret genomsamling
Service fordele
Oversigt over Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Videnskab, 2009)
● Intet behov for at konstruere genetisk population til contig forankring;
● Højere markørtæthed, der fører til højere contigs forankringsforhold på over 90 %;
● Muliggør evaluering og korrektioner på eksisterende genomsamlinger;
● Kortere omløbstid med højere nøjagtighed i genomsamling;
● Rigelig erfaring med over 1000 Hi-C-biblioteker konstrueret til over 500 arter;
● Over 100 vellykkede sager med akkumuleret publiceret effektfaktor på over 760;
● Hi-C baseret genomsamling til polyploid genom, 100 % forankringshastighed blev opnået i tidligere projekt;
● Interne patenter og software copyrights til Hi-C eksperimenter og dataanalyse;
● Selvudviklet visualiseret dataindstillingssoftware, muliggør manuel blokflytning, reversering, tilbagekaldelse og gentagelse.
Service specifikationer
|
Bibliotekstype
|
Platform | Læs længde | Anbefal strategi |
| Hej-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Bioinformatiske analyser
● Rådatakvalitetskontrol
● Hi-C bibliotek kvalitetskontrol
● Hi-C-baseret genomsamling
● Evaluering efter montering
Prøvekrav og levering
Prøvekrav:
| Dyr | Svamp | Planter
|
| Frosset væv: 1-2g pr. bibliotek Celler: 1x 10^7 celler pr. bibliotek | Frosset væv: 1g pr. bibliotek | Frosset væv: 1-2g pr. bibliotek
|
| *Vi anbefaler kraftigt at sende mindst 2 alikvoter (1 g hver) til Hi-C-eksperimentet. | ||
Anbefalet prøvelevering
Beholder: 2 ml centrifugerør (stanniol anbefales ikke)
For de fleste prøver anbefaler vi ikke at konservere i ethanol.
Prøvemærkning: Prøver skal være tydeligt mærkede og identiske med den indsendte prøveinformationsformular.
Forsendelse: Tøris: Prøver skal først pakkes i poser og begraves i tøris.
Service Work Flow
Eksperimentdesign
Prøve levering
DNA-ekstraktion
Biblioteksbyggeri
Sekvensering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
*Demoresultater vist her er alle fra genomer offentliggjort med Biomarker Technologies
1.Hi-C interaktion varme kort overCamptotheca acuminatagenom.Som vist på kortet er intensiteten af interaktioner negativt korreleret med den lineære afstand, hvilket indikerer en meget nøjagtig kromosom-niveau samling.(Forankringsforhold: 96,03 %)
Kang M et al.,Naturkommunikation, 2021
2.Hi-C lettede valideringen af inversioner mellemGossypium hirsutumL. TM-1 A06 ogG. arboreumChr06
Yang Z et al.,Naturkommunikation, 2019
3.Samling og biallel differentiering af kassava-genomet SC205.Hi-C heatmap vist tydelig split i homologe kromosomer.
Hu W et al.,Molekylær plante, 2021
4.Hi-C varmekort på to Ficus-arter genomsamling:F.microcarpa(forankringsforhold: 99,3%) ogF.hispida (forankringsforhold: 99,7 %)
Zhang X et al.,Celle, 2020
BMK sag
Genomer af Banyan-træet og bestøvningshvepsen giver indsigt i fig-hvepsens coevolution
Udgivet: Celle, 2020
Sekvenseringsstrategi:
F. microcarpa genom: Ca.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenom: Ca.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenom: Ca.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Nøgleresultater
1.To banyantræ-genomer og et bestøverhvepsgenom blev konstrueret ved hjælp af PacBio-sekventering, Hi-C og koblingskort.
(1)F. microcarpagenom: En samling på 426 Mb (97,7% af estimeret genomstørrelse) blev etableret med contig N50 på 908 Kb, BUSCO-score på 95,6%.I alt 423 Mb sekvenser blev forankret til 13 kromosomer med Hi-C.Genom annotering gav 29.416 proteinkodende gener.
(2)F. Hispidagenom: En samling på 360 Mb (97,3 % af den estimerede genomstørrelse) blev udbytte med contig N50 på 492 Kb og BUSCO-score på 97,4 %.I alt 359 Mb sekvenser blev forankret på 14 kromosomer ved Hi-C og meget identiske med high-density linkage map.
(3)Eupristina verticillatagenom: En samling på 387 Mb (estimeret genomstørrelse: 382 Mb) blev etableret med contig N50 på 3,1 Mb og BUSCO-score på 97,7%.
2. Sammenlignende genomisk analyse afslørede et stort antal strukturvariationer mellem toFicusgenomer, som gav uvurderlig genetisk ressource til adaptive evolutionsstudier.Denne undersøgelse gav for første gang indsigt i fig-hveps coevolution på genomisk niveau.
 Circos diagram over genomiske træk ved toFicusgenomer, herunder kromosomer, segmentelle duplikationer (SD'er), transposoner (LTR, TE'er, DNA TE'er), genekspression og synteny |  Identifikation af Y-kromosom- og kønsbestemmelseskandidatgenet |
Zhang, X., et al."Genomer fra Banyan-træet og bestøvningshvepsen giver indsigt i fig-hvepsens samudvikling."Celle 183.4(2020).
