-
Plante/dyr De novo Genome Sequencing
De novosekventering refererer til konstruktion af en arts hele genom ved hjælp af sekventeringsteknologier, f.eks. PacBio, Nanopore, NGS osv., i fravær af et referencegenom.Den bemærkelsesværdige forbedring i læselængde af tredje generations sekventeringsteknologier har bragt nye muligheder i at samle komplekse genomer, såsom dem med høj heterozygositet, højt forhold mellem gentagne regioner, polyploider osv. Med læselængde på ti kilobaser-niveau muliggør disse sekventeringslæsninger opløsning af gentagne elementer, regioner med unormalt GC-indhold og andre meget komplekse regioner.
Platform: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C baseret Genome Assembly
Hi-C er en metode designet til at fange kromosomkonfigurationen ved at kombinere proximity-baserede interaktioner og high-throughput sekventering.Intensiteten af disse interaktioner menes at være negativt korreleret med fysisk afstand på kromosomerne.Derfor kunne Hi-C-data guide klyngingen, rækkefølgen og orienteringen af samlede sekvenser i et udkast til genom og forankre dem på et bestemt antal kromosomer.Denne teknologi giver mulighed for en genomsamling på kromosomniveau i fravær af populationsbaseret genetisk kort.Hvert genom har brug for et Hi-C.
Platform: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Evolutionær genetik
Evolutionær genetik er en pakket sekventeringstjeneste designet til at give en omfattende fortolkning af evolutionær information om givne materialer baseret på genetiske variationer, herunder SNP'er, InDels, SV'er og CNV'er.Det giver alle grundlæggende analyser, der kræves for at beskrive evolutionære ændringer og genetiske træk ved populationer, såsom befolkningsstruktur, genetisk diversitet, fylogeniske forhold osv. Den indeholder også undersøgelser af genflow, som giver mulighed for estimering af effektiv populationsstørrelse, divergenstid.
-
Sammenlignende genomik
Komparativ genomik betyder bogstaveligt talt at sammenligne de komplette genomsekvenser og strukturer af forskellige arter.Denne disciplin har til formål at afsløre artsudvikling, genfunktion, genreguleringsmekanisme på genomniveau ved at identificere sekvensstrukturer og elementer, der konserverede eller differentierede på tværs af forskellige arter.Typisk komparativ genomisk undersøgelse inkluderer analyser i genfamilie, evolutionær udvikling, helgenomduplikation, selektivt tryk osv.
-
Bulked Segregant analyse
Bulked segregant analyse (BSA) er en teknik, der anvendes til hurtigt at identificere fænotype-associerede genetiske markører.BSA's hovedarbejdsgang indeholder udvælgelse af to grupper af individer med ekstremt modsatrettede fænotyper, pooling af alle individers DNA for at danne to bulk af DNA, identifikation af differentielle sekvenser mellem to puljer.Denne teknik er blevet anvendt i vid udstrækning til at identificere genetiske markører, der er stærkt forbundet med målrettede gener i plante-/dyre-genomer.
