Svampegenom
Service fordele
● Flere sekventeringsstrategier tilgængelige for forskellige forskningsmål
● Meget erfaren i svampegenomsamling med over 10.000 pene-komplette genom samlet.
● Professionelt eftersalgs teknisk supportteam, der opfylder mere specifikke forskningsbehov.
Service specifikationer
| Service | Sekvenseringsstrategi | Kvalitet garanteret | Estimeret ekspeditionstid |
| Svampe fint kort | Illumina 50X+Nanopore 100X | Contig N50≥2 Mb | 35 arbejdsdage |
| PacBio HiFi 30X | |||
| Svampepene-komplet kort | Illumina 50X+Nanopore 100X(Pacbio HiFi 30X)+Hi-C 100X | Kromosom forankringsforhold >90 % | 45 arbejdsdage |
Bioinformatiske analyser
● Rådatakvalitetskontrol
● Genomsamling
● Genomkomponentanalyse
● Genfunktionsanmærkning
● Komparativ genomisk analyse
Prøvekrav og levering
Prøvekrav:
TilDNA-ekstrakter:
| Prøvetype | Beløb | Koncentration | Renhed |
| DNA-ekstrakter | ＞ 1,2 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
For vævsprøver:
| Prøvetype | Anbefalet prøvebehandling | Prøveopbevaring og forsendelse |
| Encellet svamp | Observer gær under mikroskop og opsaml dem i deres eksponentielle fase Overfør kulturen (indeholdende ca. 3-4.5e9 celler) til en 1,5 eller 2 ml eppendorf.(Hold dig på is) Centrifuger røret i 1 min ved 14000 g for at opsamle bakterier og fjern forsigtigt supernatanten Forsegl røret og frys bakterierne i flydende nitrogen i mindst 1-3 timer.Opbevar røret i -80 ℃ køleskab. | Frys prøverne i flydende nitrogen i 3-4 timer og opbevar dem i flydende nitrogen eller -80 grader til langtidsreservation.Prøveforsendelse med tøris er påkrævet. |
| Makrosvamp | Væv i aktivt voksende fase anbefales. Skyl vævet med endotoksinfrit vand, derefter 70% ethonal. Gem prøven i kryorør. |
Service Work Flow
Prøve levering
Biblioteksbyggeri
Sekvensering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
1.Circosdiagram over svampegenomiske komponenter
2.Komparativ genomisk analyse: Fylogenetisk træ
