BMKGENE leverede rumlige transkriptomsekventeringstjenester til undersøgelsen "STEEL muliggør afgrænsning i høj opløsning af spatiotemporale transkriptomiske data", som blev offentliggjort i Briefings in Bioinformatics.
Denne undersøgelse foreslog en uovervåget og mangfoldig læringsbaseret algoritme, Spatial Transcriptome cEll type clustering (STEEL), som identificerer domæner fra rumligt transkriptom ved at klynge perler, der udviser både meget ens genekspressionsprofiler og tæt rumlig afstand i form af grafer.
En omfattende evaluering af STEEL på rumlige transkriptomiske datasæt fra 10X Visium-platformen viser, at det ikke kun opnår en høj opløsning til at karakterisere fine strukturer i musehjernen, men også muliggør integration af flere vævsglas, der er analyseret individuelt, til en større.
Med udviklingen af rumlige transkriptomteknologier vil vores metode have stor anvendelighed i domæneidentifikation og genekspressionsatlas-rekonstruktion.
Klikherfor at lære mere om denne undersøgelse.
Indlægstid: 20. oktober 2023