Dyk ned i potentialet ved at studere vilde forskellige forskningsarter, eksemplificeret ved en central case fra BMKGENEs kunder.For nylig offentliggjort i dette års udgave af Plant Biotechnology Journal, står artiklen med titlen "Chromosome-level Wild Hevea brasiliensis Genome: Empowering Genomic-Assisted Breeding and Unearthing Vital Loci for Elevated Rubber Yield" som en værdifuld reference.
Det brasilianske gummitræ (Hevea brasiliensis) står højt som en central naturgummikilde.Gennem det sidste århundrede udløste traditionelle avlsmetoder en bemærkelsesværdig seksdobling i gummiproduktionen.Alligevel forbliver den underliggende genetiske grundfjeld, der er ansvarlig for potentiel forøgelse af gummiudbyttet, gådefuld.
Denne undersøgelse gik i gang med at konstruere et kromosomniveau-genom til det vilde gummitræ ved at anvende en synergi af Nanopore langlæst sekventering, Illumina NGS-sekventering og Hi-C-teknologi.
Parallelt hermed blev en samling af 147 kimplasma-ressourcer, omfattende højudbyttevariationer, vilde stammer og beslægtede arter, samlet til omfattende hele genom-resequencing (WGS) ved hjælp af Illumina-platformen.De efterfølgende sekventeringsdata gennemgik en streng populationsgenetikanalyse, hvilket muliggjorde dissektion af befolkningsstruktur, diversitet og koblingsuligevægt.Denne analyse kastede lys over variationer i domesticering på tværs af populationer.
Yderligere undersøgelser omfattede analyse omfattende Fst, π, Tajima's D og LD, med det formål at afsløre selektionssignaler, der stammer fra forbedret latexudbytte, især med fokus på Wickham-kloner.
Kulminerende i en Genome-wide Association Analysis (GWAS), blev markører knyttet til udbyttetræk og efterfølgende udbytterelaterede gener udpeget.Indledende validering afslørede karakteristiske transkriptionsaktiviteter på tværs af forskellige mutanter for to ERF-gener, hvilket gav et foreløbigt indblik i deres funktionelle betydning.Yderligere bekræftelse er planlagt inden for kommende forskning.
BMKGENE sætter en ære i at bidrage til den omfattende hele genom-resekventering af denne betydelige population sammen med en væsentlig rolle i bioinformatikanalysen.Vores store erfaring omfatter NGS/TGS-sekventering og multiomics bioinformatikanalyse på tværs af en række af 1000+ arter.Vi ser frem til udsigten til at samarbejde med dig om dine kommende projekter.
Klik her for atlære mere om denne undersøgelse
Indlægstid: 29. august 2023