-
Chromatin Immunopræcipitation Sequencing (ChIP-seq)
ChIP-Seq giver genom-dækkende profilering af DNA-mål for histonmodifikation, transkriptionsfaktorer og andre DNA-associerede proteiner.Det kombinerer selektiviteten af chromatin immuno-præcipitation (ChIP) til at genvinde specifikke protein-DNA-komplekser med kraften i næste generations sekventering (NGS) til high-throughput sekventering af det genvundne DNA.Derudover, fordi protein-DNA-komplekserne udvindes fra levende celler, kan bindingssteder sammenlignes i forskellige celletyper og væv eller under forskellige betingelser.Anvendelser spænder fra transkriptionel regulering til udviklingsveje til sygdomsmekanismer og videre.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Helgenom-bisulfit-sekventering
DNA-methylering i den femte position i cytosin (5-mC) har en fundamental indflydelse på genekspression og cellulær aktivitet.Unormale methyleringsmønstre er blevet forbundet med flere tilstande og sygdomme, såsom kræft.WGBS er blevet guldstandarden for at studere genom-dækkende methylering ved enkelt base opløsning.
Platform: Illumina NovaSeq6000
-
Assay for transposase-tilgængeligt kromatin med sekvensering med høj kapacitet (ATAC-seq)
ATAC-seq er en high-throughput sekventeringsmetode til analyse af kromatintilgængelighed på hele genomet, hvilket er vigtigt for global epigenetisk kontrol af genekspression.Sekvenseringsadaptere indsættes i åbne kromatinregioner ved hyperaktiv Tn5-transposase.Efter PCR-amplifikation konstrueres et sekventeringsbibliotek.Alle de åbne kromatinregioner kan opnås under en specifik rum-tid-betingelser, ikke kun begrænset til bindingsstederne for en transkriptionsfaktor eller en bestemt histonmodificeret region.
-
Reduceret Repræsentation Bisulfit Sequencing (RRBS)
DNA-methyleringsforskning har altid været et varmt emne i sygdomsforskningen og er tæt forbundet med genekspression og fænotypiske træk.RRBS er en nøjagtig, effektiv og økonomisk metode til DNA-methyleringsforskning.Berigelse af promotor- og CpG-ø-regioner ved enzymatisk spaltning (Msp I), kombineret med Bisulfit-sekventering, giver højopløsnings-DNA-methyleringsdetektion.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
