●Platforme:Illumina NovaSeq 6000, NovaSeq , HiSeq X Ten og BGI-DNB-T7
●Sekvenseringstilstande:PE50, PE100, PE150, PE250
●Kvalitetskontrol af biblioteker før sekventering
●Sekventering af datalevering og QC:levering af QC-rapport og rådata i fastq-format efter demultiplexing og filtrering af Q30-læsninger.
●Alsidigheden af sekventeringstjenester:kunden kan vælge at sekvensere efter bane, flowcelle eller mængde af data.
●Alsidighed af platforme:DNB-biblioteker kan overføres til Illumina-platforme
●Stor erfaring med Illumina sekventeringsplatform:med tusindvis af lukkede projekter med forskellige arter.
●Levering af sekventerings-QC-rapport:med kvalitetsmålinger, datanøjagtighed og overordnet ydeevne af sekventeringsprojektet.
●Moden sekventeringsproces:med kort omløbstid.
●Strenge kvalitetskontrol: Vi implementerer strenge QC-krav for at garantere levering af konsekvent højkvalitetsresultater.
Datamængde (X) | Koncentration (qPCR/nM) | Bind |
X ≤ 50 Gb | ≥ 2 nM | ≥ 20 μl |
50 Gb ≤ X < 100 Gb | ≥ 3 nM | ≥ 20 μl |
X ≥ 100 Gb | ≥ 4 nM | ≥ 20 μl |
Platform | Koncentration (qPCR/nM) | Bind |
HiSeq X Ten | ≥ 2 nM | ≥ 20 μl |
NovaSeq 6000 SP | ≥ 1 nM | ≥ 25 μl |
NovaSeq 6000 S4 | ≥ 1,5 nM | ≥ 25 μl |
NovaSeq X | ≥ 1,5 nM | ≥ 25 μl |
BGI-DNBSEQ-T7 | ≥ 1,5 nM | ≥ 25 μl |
Ud over koncentration og total mængde kræves der også et passende topmønster.
En rapport om kvaliteten af biblioteket leveres før sekventering, vurdering af biblioteksmængde og fragmentering.
Tabel 1. Statistik over sekventeringsdata.
Prøve-id | BMKID | Rå læser | Rådata (bp) | Rene læsninger (%) | Q20(%) | Q30(%) | GC(%) |
C_01 | BMK_01 | 22.870.120 | 6.861.036.000 | 96,48 | 99,14 | 94,85 | 36,67 |
C_02 | BMK_02 | 14.717.867 | 4.415.360.100 | 96,00 | 98,95 | 93,89 | 37,08 |
Figur 1. Kvalitetsfordeling langs læsninger i hver prøve
Figur 2. Basisindholdsfordeling
Figur 3. Fordeling af læst indhold i sekventeringsdata