circRNA-sekventering-Illumina
Funktioner
● rRNA-depletering efterfulgt af retningsbestemt biblioteksforberedelse, hvilket muliggør sekventeringsdata, der er strengspecifikke.
● Bioinformatisk arbejdsgang muliggør circRNA-forudsigelse og ekspressionskvantificering
Service fordele
●Mere omfattende RNA-biblioteker:vi bruger rRNA-depletering i stedet for lineær RNA-depletering i vores præ-biblioteksforberedelse, hvilket sikrer, at sekventeringsdataene ikke kun inkluderer circRNA, men også mRNA og lncRNA, hvilket muliggør fælles analyse på disse datasæt
●Valgfri analyse af konkurrerende endogene RNA (ceRNA) netværk: Giver dybere indsigt i cellulære reguleringsmekanismer
●Omfattende ekspertise: Med en track record med at behandle over 20.000 prøver hos BMK, der spænder over forskellige prøvetyper og lncRNA-projekter, bringer vores team et væld af erfaring til hvert projekt.
●Strenge kvalitetskontrol: Vi implementerer kernekontrolpunkter på tværs af alle stadier, fra prøve- og biblioteksforberedelse til sekventering og bioinformatik.Denne omhyggelige overvågning sikrer levering af konsekvent højkvalitetsresultater.
● Support efter salg: Vores engagement strækker sig ud over projektafslutning med en 3-måneders eftersalgsserviceperiode.I løbet af denne tid tilbyder vi projektopfølgning, fejlfindingshjælp og Q&A-sessioner for at løse eventuelle spørgsmål relateret til resultaterne.
Prøvekrav og levering
| Bibliotek | Platform | Anbefalede data | Data QC |
| Poly A beriget | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85 % |
Prøvekrav:
Nukleotider:
| Konc.(ng/μl) | Mængde (μg) | Renhed | Integritet |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begrænset eller ingen protein- eller DNA-kontamination vist på gel. | For planter: RIN≥6,5; For dyr: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrænset eller ingen basislinjestigning |
● Planter:
Rod, stilk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frø: 300 mg
Frugt: 1,2 g
● Dyr:
Hjerte eller tarm: 450 mg
Indvolde eller hjerne: 240 mg
Muskel: 600 mg
Knogler, hår eller hud: 1,5 g
● Leddyr:
Insekter: 9g
Krebsdyr: 450 mg
● Fuldblod:2 rør
● Celler: 106 celler
● Serum og plasma: 6 ml
Anbefalet prøvelevering
Beholder: 2 ml centrifugerør (stanniol anbefales ikke)
Prøvemærkning: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Forsendelse:
1. Tøris: Prøver skal pakkes i poser og begraves i tøris.
2. RNA-stabile rør: RNA-prøver kan tørres i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes i stuetemperatur.
Service Work Flow
Eksperimentdesign
Prøve levering
RNA-ekstraktion
Biblioteksbyggeri
Sekvensering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
Bioinformatik
circRNA forudsigelse: kromosomfordeling
Differentielt udtrykte circRNA'er - Vulkanplot
Differentielt udtrykte circRNA'er - hierarkisk clustering
Funktionel berigelse af circRNAs værtsgener
Udforsk de forskningsfremskridt, der er lettet af BMKGene' circRNA-sekventeringstjenester gennem en kurateret samling af publikationer.
Wang, X. et al.(2021) 'CPSF4 regulerer cirRNA-dannelse og mikroRNA-medieret gendæmpning i hepatocellulært karcinom', Oncogene 2021 40:25, 40(25), s. 4338-4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al.(2023) 'X oo-responsivt transkriptom afslører rollen af det cirkulære RNA133 i sygdomsresistens ved at regulere ekspression af OsARAB i ris', Phytopathology Research, 5(1), s. 1-14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURE/6.
Y, H. et al.(2023) 'CPSF3 modulerer balancen mellem cirkulære og lineære transkripter i hepatocellulært karcinom'.doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al.(2023) 'Omfattende evaluering af circRNA'er i cirrhotisk kardiomyopati før og efter levertransplantation', International Immunopharmacology, 114, s.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
