Bulked Segregant analyse
Service fordele
Takagi et al., The plant journal, 2013
● Nøjagtig lokalisering: Blanding af bulks med 30+30 til 200+200 personer for at minimere baggrundsstøj;ikke-synonyme mutatanter-baseret kandidatregion forudsigelse.
● Omfattende analyse: Dybtgående annotering af kandidatgenfunktioner, herunder NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG osv.
● Hurtigere ekspeditionstid: Hurtig genlokalisering inden for 45 arbejdsdage.
● Omfattende erfaring: BMK har bidraget til tusindvis af lokalisering af egenskaber, der dækker forskellige arter som afgrøder, akvatiske produkter, skov, blomster, frugter osv.
Service specifikationer
Befolkning:
Adskillelse af afkom af forældre med modsatrettede fænotyper.
fx F2-afkom, tilbagekrydsning (BC), rekombinant indavlet linje (RIL)
Blandingspool
For kvalitative egenskaber: 30 til 50 individer (minimum 20)/masse
For kvantitative tratis: top 5% til 10% individer med enten ekstreme fænotyper i hele populationen (minimum 30+30).
Anbefalet sekventeringsdybde
Mindst 20X/forælder og 1X/afkom individ (f.eks. for afkomsblandingspulje på 30+30 individer, vil sekventeringsdybden være 30X pr. bulk)
Bioinformatiske analyser
● Resekventering af hele genomet
● Databehandling
● SNP/Indel opkald
● Screening af kandidatregioner
● Annotation af kandidatgenfunktion
Prøvekrav og levering
Prøvekrav:
Nukleotider:
| gDNA prøve | Vævsprøve |
| Koncentration: ≥30 ng/μl | Planter: 1-2 g |
| Mængde: ≥2 μg (Volumn ≥15 μl) | Dyr: 0,5-1 g |
| Renhed: OD260/280= 1,6-2,5 | Fuldblod: 1,5 ml |
Service Work Flow
Eksperimentdesign
Prøve levering
RNA-ekstraktion
Biblioteksbyggeri
Sekvensering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
1.Associationsanalyse baseret på euklidisk afstand (ED) for at identificere kandidatregion.I den følgende figur
X-akse: Kromosomnummer;Hver prik repræsenterer en ED-værdi af en SNP.Den sorte linje svarer til den tilpassede ED-værdi.En højere ED-værdi indikerer en mere signifikant sammenhæng mellem stedet og fænotypen.Rød stiplet linje repræsenterer tærsklen for signifikant tilknytning.
2.Associationsanalyse baseret uden SNP-indeks
X-akse: Kromosomnummer;Hver prik repræsenterer SNP-indeksværdi.Den sorte linje står for tilpasset SNP-indeksværdi.Jo større værdien er, jo mere betydningsfuld er foreningen.
BMK sag
Major-effekten kvantitative egenskab locus Fnl7.1 koder for et rigeligt protein i sen embryogenese forbundet med frugthalslængde i agurk
Udgivet: Plantebioteknologisk tidsskrift, 2020
Sekvenseringsstrategi:
Forældre (Jin5-508, YN): Helgenom-resekventering for 34× og 20×.
DNA-puljer (50 langhalsede og 50 korthalsede): Resekventering for 61× og 52×
Nøgleresultater
I denne undersøgelse blev segregerende population (F2 og F2:3) genereret ved at krydse langhalset agurklinje Jin5-508 og korthalset YN.To DNA-puljer blev konstrueret af 50 ekstreme langhalsede individer og 50 ekstreme korthalsede individer.Major-effekt QTL blev identificeret på Chr07 ved BSA-analyse og traditionel QTL-kortlægning.Kandidatregionen blev yderligere indsnævret ved fin-mapping, genekspression kvantificering og transgene eksperimenter, som afslørede nøglegen i styring af halslængde, CsFnl7.1.Derudover blev polymorfi i CsFnl7.1 promotorregion fundet at være forbundet med tilsvarende ekspression.Yderligere fylogenetisk analyse antydede, at Fnl7.1 locus sandsynligvis stammer fra Indien.
 QTL-kortlægning i BSA-analyse for at identificere kandidatregion forbundet med agurkhalslængde |  LOD-profiler af agurk-hals-længde QTL identificeret på Chr07 |
Xu, X. et al."Det kvantitative hoved-effekt locus Fnl7.1 koder for et rigeligt protein i sen embryogenese forbundet med frugthalslængde i agurk."Plantebioteknologisk tidsskrift 18.7(2020).
