Dilyniannu Darn Chwyddo Penodol-Locus (SLAF-Seq)
Manylion Gwasanaeth
Cynllun Technegol
Llif gwaith
Manteision Gwasanaeth
Effeithlonrwydd darganfod marciwr uchel- Mae technoleg dilyniannu trwybwn uchel yn cynorthwyo SLAF-Seq i ddarganfod cannoedd o filoedd o dagiau o fewn y genom cyfan.
Dibyniaeth isel ar y genom- Gellir ei gymhwyso i rywogaethau naill ai gyda genom cyfeirio neu hebddo.
Dyluniad cynllun hyblyg- Ensym sengl, ensym deuol, treuliad aml-ensym a gwahanol fathau o ensymau, gellir dewis pob un i ddarparu ar gyfer gwahanol nod neu rywogaethau ymchwil.Defnyddir rhag-werthusiad mewn silico i sicrhau dyluniad ensym optimaidd.
Treulio ensymatig effeithlon- Cynhaliwyd cyn-arbrawf i wneud y gorau o'r amodau, sy'n gwneud yr arbrawf ffurfiol yn sefydlog ac yn ddibynadwy.Gall effeithlonrwydd casglu darnau gyflawni dros 95%.
Tagiau SLAF wedi'u dosbarthu'n gyfartal- Mae tagiau SLAF wedi'u dosbarthu'n gyfartal ym mhob cromosom i'r graddau mwyaf, gan gyflawni cyfartaledd o 1 SLAF fesul 4 kb.
Osgoi ailadrodd yn effeithiol- Gostyngir dilyniant ailadroddus mewn data SLAF-Seq i lai na 5%, yn enwedig mewn rhywogaethau sydd â lefel uchel o ailddarllediadau, fel gwenith, indrawn, ac ati.
Profiad helaeth-Dros 2000 o brosiectau caeedig SLAF-Seq ar gannoedd o rywogaethau sy'n cwmpasu planhigion, mamaliaid, adar, pryfed, organebau dŵr, ac ati.
Llif gwaith biowybodeg hunanddatblygedig- Datblygwyd llif gwaith biowybodus integredig ar gyfer SLAF-Seq gan BMKGENE i sicrhau dibynadwyedd a chywirdeb yr allbwn terfynol.
Manylebau Gwasanaeth
| Platfform | Conc.(ng/gl) | Cyfanswm (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Cyfrol>15μl) | 1.6-2.5 |
Strategaeth Dilyniannu a Argymhellir
Dyfnder dilyniannu: 10X / Tag
| Maint Genom | Tagiau SLAF a Argymhellir |
| < 500 Mb | 100K neu WGS |
| 500 Mb- 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb -2 Gb | 200 K |
| Genomau anferth neu gymhleth | 300 - 400K |
| Ceisiadau
| Argymhellir Graddfa Poblogaeth
| Strategaeth a dyfnder dilyniannu
| |
| Dyfnder
| Rhif Tag
| ||
| GWAS
| Rhif sampl ≥ 200
| 10X
|
Yn ôl maint genom
|
| Esblygiad Genetig
| Unigolion o bob un is-grŵp ≥ 10; cyfanswm samplau ≥ 30
| 10X
| |
Cyflwyno Sampl a Argymhellir
Cynhwysydd: tiwb centrifuge 2 ml
Ar gyfer y rhan fwyaf o samplau, rydym yn argymell peidio â chadw mewn ethanol.
Labelu sampl: Mae angen i samplau gael eu labelu'n glir ac yn union yr un fath â'r ffurflen gwybodaeth sampl a gyflwynwyd.
Cludo: Rhew sych: Mae angen pacio samplau mewn bagiau yn gyntaf a'u claddu mewn rhew sych.
Llif Gwaith Gwasanaeth
Sampl QC
Arbrawf peilot
SLAF-arbrawf
Paratoi Llyfrgell
Dilyniannu
Dadansoddi data
Gwasanaethau Ôl-werthu
1. Ystadegau canlyniad map
2. Datblygu marciwr SLAF
3. Anodiad amrywiad
| Blwyddyn | Dyddlyfr | IF | Teitl | Ceisiadau |
| 2022 | Cyfathrebu natur | 17.694 | Sail genomig y giga-cromosomau a giga-genom peony coed Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Ffytolegydd Newydd | 7.433 | Mae olion traed domestig yn angori rhanbarthau genomig o bwysigrwydd agronomeg yn ffa soia | SLAF-GWAS |
| 2022 | Cylchgrawn Ymchwil Uwch | 12.822 | Mewnosodiadau artiffisial genom-eang o Gossypium barbadense i G. hirsutum datgelu loci uwch ar gyfer gwella ansawdd a chynnyrch ffibr cotwm ar yr un pryd nodweddion | SLAF-Geneteg esblygiadol |
| 2019 | Planhigyn Moleciwlaidd | 10.81 | Dadansoddiad Genomig Poblogaeth a Chynulliad De Novo yn Datgelu Tarddiad Chwyn Reis fel Gêm Esblygiadol | SLAF-Geneteg esblygiadol |
| 2019 | Geneteg Natur | 31.616 | Dilyniant genom ac amrywiaeth genetig y carp cyffredin, Cyprinus carpio | SLAF-Cysylltiad map |
| 2014 | Geneteg Natur | 25.455 | Mae genom cnau daear wedi'i drin yn rhoi cipolwg ar garyoteipiau codlysiau, polyploid esblygiad a dofi cnydau. | SLAF-Cysylltiad map |
| 2022 | Cylchgrawn Biotechnoleg Planhigion | 9.803 | Mae adnabod ST1 yn datgelu detholiad sy'n cynnwys bodio morffoleg hadau a chynnwys olew yn ystod dofi ffa soia | SLAF-Datblygiad Marciwr |
| 2022 | Cylchgrawn Rhyngwladol y Gwyddorau Moleciwlaidd | 6.208 | Adnabod a Datblygu Marciwr DNA ar gyfer Gwenith-Leymus mollis 2Ns (2D) Amnewid Cromosomau Disomig | SLAF-Datblygiad Marciwr |
