Map gwres
Defnyddir ffeil ddata matrics ar gyfer lluniadu mapiau gwres, a all hidlo, normaleiddio a chlystyru data matrics.Fe'i defnyddir yn bennaf ar gyfer dadansoddiad clwstwr o lefel mynegiant genynnau rhwng gwahanol samplau.
Anodiad Genynnau
Perfformir anodi swyddogaeth genynnau trwy fapio dilyniannau mewn ffeil FASTA yn erbyn cronfa ddata amrywiol.
Anodiad Genynnau
Offeryn Chwilio Aliniad Lleol Sylfaenol
CDS_UTR_Rhagfynegiad
Mae'r offeryn hwn wedi'i gynllunio i ragfynegi rhanbarthau codio (CDS) a rhanbarthau di-godio (UTR) mewn dilyniannau trawsgrifio penodol yn seiliedig ar ffrwydro yn erbyn cronfa ddata protein hysbys a rhagfynegiad ORF.
Plot Manhattan
Mae plot Manhattan yn galluogi arddangos data gyda nifer fawr o bwyntiau data.Fe'i defnyddir yn gyffredin mewn astudiaethau cysylltiad genom-eang (GWAS).
Syrcos
Mae diagram CIRCOS yn galluogi cyflwyniad uniongyrchol o ddosbarthiadau SNP, InDeL, SV, CNV ar genom.
GO_cyfoethogi
Offeryn yw TopGO a ddyluniwyd ar gyfer cyfoethogi swyddogaethol.Mae pecyn TopGO-Bioconductor yn cynnwys dadansoddiad mynegiant gwahaniaethol, dadansoddiad cyfoethogi GO a delweddu'r canlyniadau.Bydd yn cynhyrchu ffolder gydag allbwn o'r enw "Graph", sy'n cynnwys canlyniadau ar gyfer topGO_BP, topGO_CC a topGO_MF.
WGCNA
Mae WGCNA yn ddull cloddio data a ddefnyddir yn eang ar gyfer darganfod modiwlau cyd-fynegiant genynnau.Mae'n berthnasol i set ddata mynegiant amrywiol gan gynnwys data micro-arae a data mynegiant genynnau sy'n tarddu o ddilyniant cenhedlaeth nesaf.
RhyngProScan
Dadansoddiad a dosbarthiad dilyniant protein InterPro
GO_KEGG_Cyfoethogi
Cynlluniwyd yr offeryn hwn i gynhyrchu histogram cyfoethogi GO, histogram cyfoethogi KEGG a llwybr cyfoethogi KEGG yn seiliedig ar set genynnau a ddarperir ac anodi cyfatebol.