Dilyniannu Genom De Novo Planhigion/Anifeiliaid
Manteision Gwasanaeth
Datblygu llwyfannau dilyniannu a biowybodeg ynde novocynulliad genom
(Amarasinghe SL et al.,Genom Bioleg, 2020)
● Adeiladu genomau newydd a gwella genomau cyfeirio presennol ar gyfer rhywogaethau o ddiddordeb.
● Cywirdeb, parhad a chyflawnrwydd uwch yn y cynulliad
● Adeiladu adnodd sylfaenol ar gyfer ymchwil mewn dilyniant polymorphism, QTLs, golygu genynnau, bridio, ac ati.
● Yn meddu ar sbectrwm llawn o lwyfannau dilyniannu trydydd cenhedlaeth: datrysiad cydosod genom un-stop
● Strategaethau dilyniannu a chydosod hyblyg sy'n cyflawni genomau amrywiol gyda nodweddion gwahanol
● Tîm biowybodegydd medrus iawn gyda phrofiad gwych mewn gwasanaethau genom cymhleth, gan gynnwys polyploidau, genomau enfawr, ac ati.
● Dros 100 o achosion llwyddiannus gyda ffactor effaith cronnus wedi'i gyhoeddi o dros 900
● Amser troi mor gyflym â 3 mis ar gyfer cydosod genom lefel cromosom.
● Cefnogaeth dechnegol gadarn gyda chyfres o batentau a hawlfreintiau meddalwedd yn yr ochr arbrofol a biowybodeg.
Manylebau Gwasanaeth
|
Cynnwys
|
Platfform
|
Darllen Hyd
|
Cwmpas
|
| Arolwg Genom
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Dilyniannu Genom
| PacBio Revio
| 15 kb Mae HiFi yn Darllen
| ≥ 30X
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Llif gwaith
Gofynion Sampl a Chyflenwi
Gofynion Sampl:
| Rhywogaeth | Meinwe | Ar gyfer PacBio | Ar gyfer Nanopore |
| Anifeiliaid | Organau visceral (yr afu, y ddueg, ac ati) | ≥ 1.0 g | ≥ 3.5 g |
| Cyhyr | ≥ 1.5 g | ≥ 5.0 g | |
| Gwaed mamaliaid | ≥ 1.5 mL | ≥ 5.0 mL | |
| Gwaed pysgod neu adar | ≥ 0.2 mL | ≥ 0.5 mL | |
| Planhigion | Dail ffres | ≥ 1.5 g | ≥ 5.0 g |
| Petal neu goesyn | ≥ 3.5 g | ≥ 10.0 g | |
| Gwreiddiau neu hadau | ≥ 7.0 g | ≥ 20.0 g | |
| Celloedd | Diwylliant celloedd | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Cyflwyno Sampl a Argymhellir
Cynhwysydd: tiwb centrifuge 2 ml (Ni argymhellir ffoil tun)
Ar gyfer y rhan fwyaf o samplau, rydym yn argymell peidio â chadw mewn ethanol.
Labelu sampl: Mae angen i samplau gael eu labelu'n glir ac yn union yr un fath â'r ffurflen gwybodaeth sampl a gyflwynwyd.
Cludo: Rhew sych: Mae angen pacio samplau mewn bagiau yn gyntaf a'u claddu mewn rhew sych.
Llif Gwaith Gwasanaeth
Dyluniad arbrawf
Cyflwyno sampl
Echdynnu DNA
Adeiladu llyfrgell
Dilyniannu
Dadansoddi data
Gwasanaethau ôl-werthu
*Mae canlyniadau demo a ddangosir yma i gyd o genomau a gyhoeddwyd gyda Biomarker Technologies
1.Circos ar cromosom-lefel cynulliad genom oG. rotundifoliumgan lwyfan dilyniannu Nanopore
Wang M et al.,Bioleg Foleciwlaidd ac Esblygiad, 2021
2.Ystadegau cydosod ac anodi genom rhyg Weining
Li G et al.,Geneteg Natur, 2021
Rhagfynegiad 3.Gene oSechium edulegenom, yn deillio o dri dull rhagfynegi:De novorhagfynegiad, rhagfynegiad seiliedig ar Homoleg a rhagfynegiad ar sail data RNA-Seq
Fu A et al.,Ymchwil Garddwriaeth, 2021
4. Adnabod ailddarllediadau terfynell hir cyfan mewn tri genom cotwm
Wang M et al.,Bioleg Foleciwlaidd ac Esblygiad, 2021
Map gwres 5.Hi-C o'rC. acuminatagenom yn dangos rhyngweithiadau genom-gyfan.Mae dwyster rhyngweithiadau Hi-C yn gymesur â'r pellter llinol rhwng contigau.Mae llinell syth lân ar y map gwres hwn yn dangos angori contigau yn hynod gywir ar gromosomau.(cymhareb angori contig: 96.03%)
kang M et al.,Cyfathrebu Natur,2021
Achos BMK
Mae cynulliad genom o ansawdd uchel yn amlygu nodweddion genomig rhyg a genynnau sy'n bwysig agronomeg
Cyhoeddwyd: Geneteg Natur, 2021
Strategaeth ddilyniannu:
Cydosod genom: modd CLR PacBio gyda llyfrgell 20 kb (497 Gb, tua 63 ×)
Cywiro dilyniant: NGS gyda llyfrgell DNA 270 bp (430 Gb, tua 54 ×) ar blatfform Illumina
Angori Contigs: llyfrgell Hi-C (560 Gb, tua 71 ×) ar blatfform Illumina
Map optegol: (779.55 Gb, tua 99×) ar Bionano Irys
Canlyniadau allweddol
1. Cyhoeddwyd cynulliad o genom rhyg Weining gyda chyfanswm maint genom o 7.74 Gb (98.74% o faint amcangyfrifedig genom yn ôl cytometreg llif).Cyflawnodd sgaffald N50 y cynulliad hwn 1.04 Gb.Llwyddwyd i angori 93.67% o contigau ar 7 ffug-gromosom.Gwerthuswyd y gwasanaeth hwn gan fap cyswllt, LAI a BUSCO, a arweiniodd at sgoriau uchel ym mhob gwerthusiad.
2. Perfformiwyd astudiaethau pellach ar genomeg gymharol, map cysylltedd genetig, astudiaethau trawsgrifomeg ar sail y genom hwn.Datgelwyd cyfres o nodweddion genomig yn ymwneud â nodweddion gan gynnwys dyblygu genynnau genom-eang a'u heffaith ar enynnau biosynthesis startsh;trefniadaeth ffisegol loci prolamin cymhleth, mynegiant genynnau yn cynnwys nodwedd bennawd cynnar sylfaenol a rhanbarthau cromosomaidd sy'n gysylltiedig â dofiad tybiedig a loci mewn rhyg.
 Diagram Circos ar nodweddion genomig genom rhyg Weining |  Dadansoddiadau synteni esblygiadol a chromosom o'r genom rhyg |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Mae cynulliad genom o ansawdd uchel yn amlygu nodweddion genomig rhyg a genynnau sy'n bwysig agronomeg.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
