Dilyniannu-Illumina mRNA nad yw'n seiliedig ar gyfeiriadau

Delwedd Dan Sylw mRNA Seiliedig ar Ddi-gyfeiriad-Illumina

Mae dilyniannu mRNA yn mabwysiadu techneg dilyniannu cenhedlaeth nesaf (NGS) i ddal y negesydd RNA (mRNA) o Eukaryote ar gyfnod penodol y mae rhai swyddogaethau arbennig yn ei actifadu.Enw'r trawsgrifiad hiraf a oedd wedi'i rannu oedd 'Unigene' ac fe'i defnyddiwyd fel y dilyniant cyfeirio ar gyfer dadansoddiad dilynol, sy'n fodd effeithiol i astudio mecanwaith moleciwlaidd a rhwydwaith rheoleiddio'r rhywogaeth heb gyfeirio ato.

Ar ôl cydosod data trawsgrifio ac anodi swyddogaethol unigene

(1) Bydd dadansoddiad SSR, rhagfynegiad CDS a strwythur genynnau yn cael eu rhagffurfio.

(2) Bydd meintioli mynegiant unigene ym mhob sampl yn cael ei berfformio.

(3) Bydd unigeneau a fynegir yn wahaniaethol rhwng samplau (neu grwpiau) yn cael eu darganfod yn seiliedig ar fynegiant unigene

(4)Bydd clystyru, anodi swyddogaethol a dadansoddiad cyfoethogi o unigeneau a fynegir yn wahaniaethol yn cael eu perfformio

Cysylltwch â Ni

Manylion Gwasanaeth

Biowybodeg

Canlyniadau Demo

Astudiaeth Achos

Nodweddion

● Yn annibynnol ar unrhyw genom cyfeirio,

● Gellid defnyddio'r data i ddadansoddi strwythur a mynegiant trawsgrifiadau

● Nodi safleoedd torri amrywiol

Manteision Gwasanaeth

● Cyflwyno canlyniadau yn seiliedig ar BMKCloud: Cyflwynir canlyniadau fel ffeil ddata ac adroddiad rhyngweithiol trwy blatfform BMKCloud, sy'n caniatáu darllen allbynnau dadansoddi cymhleth yn hawdd i'w defnyddio a chloddio data wedi'i deilwra ar sail dadansoddiad biowybodeg safonol.

● Gwasanaethau ôl-werthu: Gwasanaethau ôl-werthu sy'n ddilys am 3 mis ar ôl cwblhau'r prosiect, gan gynnwys dilyniant prosiectau, datrys problemau, Holi ac Ateb canlyniadau, ac ati.

Gofynion Sampl a Chyflenwi

Gofynion Sampl:

Niwcleotidau:

Conc.(ng/μl)

Swm (μg)

Purdeb

Uniondeb

≥ 20

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Dangosir halogiad protein neu DNA cyfyngedig neu ddim o gwbl ar y gel.

Ar gyfer planhigion: RIN≥6.5;

Ar gyfer anifeiliaid: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

drychiad gwaelodlin cyfyngedig neu ddim drychiad gwaelodlin

Meinwe: Pwysau (sych): ≥1 g
* Ar gyfer meinwe llai na 5 mg, rydym yn argymell anfon sampl meinwe wedi'i rewi â fflach (mewn nitrogen hylifol).

Ataliad celloedd: Cyfrif celloedd = 3×10⁷
* Rydym yn argymell llongio lysate cell wedi'i rewi.Rhag ofn bod y gell honno'n cyfrif llai na 5 × 10⁵, argymhellir fflach wedi'i rewi mewn nitrogen hylifol.

Samplau gwaed:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRizol a 2mL gwaed (TRIzol: Gwaed = 3:1)

Cyflwyno Sampl a Argymhellir

Cynhwysydd:
Tiwb centrifuge 2 ml (Ni argymhellir ffoil tun)
Labelu enghreifftiol: Grŵp+ at ei gilydd ee A1, A2, A3;B1, B2, B3......

Cludo:
1.Dry-iâ: Mae angen pacio samplau mewn bagiau a'u claddu mewn rhew sych.
Tiwbiau 2.RNAstable: Gellir sychu samplau RNA mewn tiwb sefydlogi RNA (ee RNAstable®) a'u cludo yn nhymheredd yr ystafell.

Llif Gwaith Gwasanaeth

Dyluniad arbrawf

Cyflwyno sampl

echdynnu RNA

Adeiladu llyfrgell

Dilyniannu

Dadansoddi data

Gwasanaethau ôl-werthu

Pâr o: Dilyniant hir di-godio-Illumina

Nesaf: mRNA ewcaryotig Dilyniannu-Illumina

Biowybodeg

1.mRNA(denovo) Egwyddor y Cynulliad

Gan y Drindod, mae darlleniadau wedi'u rhannu'n ddarnau llai, a elwir yn K-mer.Mae'r K-mers hyn wedyn yn cael eu defnyddio fel hadau i'w hymestyn yn contigau ac yna cydran yn seiliedig ar orgyffwrdd contig.Yn olaf, cymhwyswyd De Bruijn yma i adnabod trawsgrifiadau yn y cydrannau.

mRNA-(De-novo)-Trosolwg-o-Drindod

mRNA (De novo) Trosolwg o'r Drindod

2.mRNA (De novo) Dosbarthiad Lefel Mynegiad Genynnau

Mae RNA-Seq yn gallu cyflawni amcangyfrif hynod sensitif o fynegiant genynnau.Fel arfer, mae'r ystod canfyddadwy o fynegiant trawsgrifiadau FPKM yn amrywio o 10 ^ - 2 i 10 ^ 6

mRNA-(De-novo)-Dosbarthiad-o-FPKM-dwysedd-ym-bob-sampl

mRNA (De novo) Dosbarthiad dwysedd FPKM ym mhob sampl

3.mRNA (De novo) Dadansoddiad Cyfoethogi GO o DEGs

Mae cronfa ddata GO (Gene Ontology) yn system anodi biolegol strwythuredig sy'n cynnwys geirfa safonol o swyddogaethau genynnau a chynhyrchion genynnau.Mae'n cynnwys lefelau lluosog, lle po isaf yw'r lefel, y mwyaf penodol yw'r swyddogaethau.

mRNA-(De-novo)-GO-dosbarthiad-o-DEGs-ar-ail-lefel

mRNA (De novo) Dosbarthiad DEGs ar gyfer ail lefel

Achos BMK

Dadansoddiad Trawsgrifiadol o Metabolaeth Swcros yn ystod Chwydd Bylbiau a Datblygiad mewn Nionyn (Allium cepa L.)

Cyhoeddwyd: ffiniau mewn gwyddor planhigion， 2016

Strategaeth ddilyniannu

Illumina HiSeq2500

Casgliad sampl

Defnyddiwyd cyltifar Utah Yellow Sweet Spain “Y1351” yn yr astudiaeth hon.Roedd nifer y samplau a gasglwyd
15fed diwrnod ar ôl chwyddo (DAS) bwlb (diamedr 2-cm a phwysau 3-4 g), 30fed DAS (diamedr 5-cm a phwysau 100-110 g), a ∼3 ar y 40fed DAS (diamedr 7-cm a 260-300 gram).

Canlyniadau allweddol

1. yn y diagram Venn, canfuwyd cyfanswm o 146 DEG ar draws y tri phâr o gamau datblygiadol
2.Cynrychiolwyd “cludo a metaboledd carbohydrad” gan 585 unigene yn unig (hy, 7% o'r COG anodedig).
3. Dosbarthwyd Unigenes a gafodd ei anodi'n llwyddiannus i gronfa ddata GO yn dri phrif gategori ar gyfer y tri cham gwahanol o ddatblygu bylbiau.Y rhan fwyaf a gynrychiolir yn y prif gategori “proses fiolegol” oedd “proses metabolig”, ac yna “proses gellog”.Yn y prif gategori o “swyddogaeth foleciwlaidd” y ddau gategori a gynrychiolwyd fwyaf oedd “rhwymo” a “gweithgaredd catalytig”.

PB-hyd-llawn-RNA-Dilyniannu-astudiaeth achos

Histogram o ddosbarthiad clystyrau o grwpiau orthologaidd (COG).

Dosbarthiad histogram ontoleg genynnau (GO) ar gyfer unigeneau sy'n deillio o fylbiau mewn tri cham datblygiadol

Diagram Venn yn dangos genynnau wedi'u mynegi'n wahaniaethol mewn unrhyw ddau gam o ddatblygiad bylbiau nionyn

Cyfeiriad

Zhang C, Zhang H , Zhan Z , et al.Dadansoddiad Trawsgrifiadol o Metabolaeth Swcros yn ystod Chwydd Bylbiau a Datblygiad mewn Nionyn (Allium cepa L.)[J].Ffiniau mewn Gwyddor Planhigion, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425